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clusterProfiler 的 shiny 版

JunJunLab 老俊俊的生信笔记 2022-08-15


学海无涯苦作舟


1、介绍

前不久 余老师clusterProfiler 进行了版本更新和升级,升级为 4.0 版本,增加了更多的功能和可视化,在这里非常感谢余老师给大家带来的富集分析的利器!

我在之前实现了 clusterProfiler 包的部分主要功能和一些可视化,并把它做成了一个小的 shiny 版本,目的是方便自己平时的富集分析。现在跟大家分享介绍一下相关使用和功能,以下是主界面:

目前只支持 小鼠大鼠 物种。

主要包括了:

  • 1、GO 和 KEGG 富集分析
  • 2、gseGO 和 gseKEGG 富集分析及 GSEA 可视化
  • 3、提供了一个绘制条形图的小工具

2、输入数据格式

以下是数据格式示例,在主界面下面:

1.GO 和 KEGG 富集分析 只需要一个基因列表即可,2.gseGO 和 gseKEGG 富集分析 则需要基因和对应的表达量的列表,3.绘制条形图 只需要 GO 名称和 P 值即可。

3、GO 和 KEGG 富集

首先上传基因列表,需要选择 对应的物种基因的 ID 类型 ,右边是转换为 ENTRIZ ID 的表格,下面表格是上传基因列表的表格:

支持下面几种 ID:

上传完后点击侧边栏的 GO Enrichment 进入富集分析页面,点击红色按钮,可以根据需要选择 富集类型(BP、CC、MF)pvalueqvalue,然后点击 submit 即可:

富集结果出来后可以点击 Go results download 下载富集表格,也可以下载精简,去冗余的富集结果(点击 Go simplify results download),最下面的 Plot 按钮表示是否显示 绘制 barplotdotplotemaplotcnetplot 图:

默认绘图,:

KEGG 分析也是类似的,需要选择一下物种:

话可以输入 kegg 的 id 查看具体的通路,直接跳到 kegg 官网:

submit 提交:

4、gseGO 和 gseKEGG 富集

需要上传带有数值的基因列表:

上传后有 3 个表格,右边第一个是 上传的数据显示,下面两个分别是转为 ENTRIZ IDID 过滤后合并的表格

接下来到 GSEA GO Enrich 分析页面,选择好 富集类型pvalue 就可以提交,数据可以点击下面下载按钮下载:

富集好以后,可以对 GSEA 结果进行可视化,有两个版本的可视化,输入相应的 富集 ID,点击 submit

绘图:

换颜色和绘图类型:

gseaplot2:

默认绘图:

多个通路绘图,以 ID 以下划线连接

出图:

自定义颜色,添加 p 值:

去掉下面的图形:

5、绘制 barplot

可以根据下载的富集结果画条形图:

美化一下:

6、总结

App 放到 shiny 官网,我试了一下分析会很容易断掉,所以暂时没有放上去。还需要慢慢改进,后面再看看能不能放到国内的服务器上试试,当然有服务器的会部署 shiny 的欢迎联系我。


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