怎么在 UCSC 官网下载基因组和注释文件?

星星之火可以燎原

1、引言

高通量测序数据分析上游，一般需要下载相应的 基因组 和 注释文件 ，方便后续的 比对（mapping） 步骤，基因组主要用来 构建索引 文件，用于 fastq 数据的比对，注释文件主要用来对基因进行 定量 。

今天介绍一下如何从 怎么在 UCSC 官网下载基因组和注释文件? 官网下载自己物种的基因组和注释文件。

2、下载

首先进入 UCSC 官网：http://genome.ucsc.edu/ ：

然后点击 Downloads — genome data ：

然后就可以看到不同物种的链接：

我们选择相应物种进入，比如选择 人 ，进入后可以看到有不同版本的，如 hg38、hg19 等等，其中主要关注的是 第一个 ，第二个主要是分别每个染色体的 fasta 文件，点击星号标记的选项进入：

拉到最下面，红色标记的为我们下载的基因组文件，二选一即可，其它文件的具体区别上面有具体说明，大家可以去查看：

我们点击 genes 查看注释文件，有 4 种注释文件 ，具体区别可以看画横线的网址：https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQgenes.html#ensRefseq ：

3、注释文件使用

不同数据库注释文件的差异：

Ensembl， GENCODE 和 RefSeq 之间的区别：

NCBI RefSeq 和 UCSC RefSeq 的区别：

4、记夏日的栖霞山

• 时代在变，人也在变。

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