clusterProfiler 的 shiny 版上线了!

男儿当志在四方!

之前发的推文后，曾老师 联系了我，说愿意免费把我这个 App 放到他们服务器上使用，在这里非常感谢曾健明老师的支持和肯定以及夏哥的帮忙部署!真的非常 nice! 最后感谢 余老师 给我们提供了这样一个强大的工具!

网站的网址在文章末尾!

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1、介绍

前不久 余老师 对 clusterProfiler 进行了版本更新和升级，升级为 4.0 版本，增加了更多的功能和可视化，在这里非常感谢余老师给大家带来的富集分析的利器！

我在之前实现了 clusterProfiler 包的部分主要功能和一些可视化，并把它做成了一个小的 shiny 版本，目的是方便自己平时的富集分析。现在跟大家分享介绍一下相关使用和功能，以下是主界面：

目前只支持 人、小鼠、大鼠 物种。

主要包括了：

• 1、GO 和 KEGG 富集分析
• 2、gseGO 和 gseKEGG 富集分析及 GSEA 可视化
• 3、提供了一个绘制条形图的小工具

2、输入数据格式

以下是数据格式示例，在主界面下面：

1.GO 和 KEGG 富集分析 只需要一个基因列表即可，2.gseGO 和 gseKEGG 富集分析 则需要基因和对应的表达量的列表，3.绘制条形图 只需要 GO 名称和 P 值即可。

3、GO 和 KEGG 富集

首先上传基因列表，需要选择 对应的物种 和 基因的 ID 类型 ，右边是转换为 ENTRIZ ID 的表格，下面表格是上传基因列表的表格：

支持下面几种 ID：

上传完后点击侧边栏的 GO Enrichment 进入富集分析页面，点击红色按钮，可以根据需要选择 富集类型（BP、CC、MF），pvalue 和 qvalue，然后点击 submit 即可：

富集结果出来后可以点击 Go results download 下载富集表格，也可以下载精简，去冗余的富集结果（点击 Go simplify results download），最下面的 Plot 按钮表示是否显示 绘制 barplot、dotplot、emaplot、cnetplot 图：

默认绘图，：

KEGG 分析也是类似的，需要选择一下物种：

话可以输入 kegg 的 id 查看具体的通路，直接跳到 kegg 官网：

submit 提交：

4、gseGO 和 gseKEGG 富集

需要上传带有数值的基因列表：

上传后有 3 个表格，右边第一个是 上传的数据显示，下面两个分别是转为 ENTRIZ ID 和 ID 过滤后合并的表格。

接下来到 GSEA GO Enrich 分析页面，选择好 富集类型，pvalue 就可以提交，数据可以点击下面下载按钮下载：

富集好以后，可以对 GSEA 结果进行可视化，有两个版本的可视化，输入相应的 富集 ID，点击 submit：

绘图：

换颜色和绘图类型：

gseaplot2：

默认绘图：

多个通路绘图，以 ID 以下划线连接 ：

出图：

自定义颜色，添加 p 值：

去掉下面的图形：

5、绘制 barplot

可以根据下载的富集结果画条形图：

美化一下：

6、总结

App 放到 shiny 官网，我试了一下分析会很容易断掉，所以暂时没有放上去。还需要慢慢改进，后面再看看能不能放到国内的服务器上试试，当然有服务器的会部署 shiny 的欢迎联系我。

网址: http://139.186.136.72:3838/Enrichtool2.3/

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