如何上传质谱数据到 ProteomeXchange 官网

Original michelle 老俊俊的生信笔记 2022-08-15

收录于合集 #RNA-seq 39个

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1引言

目前较为常用的上传蛋白质组学数据的公共数据库有两种，ProteomeXchange 和 iProX。

iProX 是国内的上传蛋白质组学质谱数据的存储平台，是在 ProteomeXchange 协会制定的数据共享指导方针的指导下建立的，包括数据上传系统和蛋白质组数据库。用户可以将自己的蛋白质组数据以公开或者私密的方式上传，不需要下载和安装软件。

ProteomeXchange 网站旗下包括有 PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, and jPOST 等子平台。上传数据需要下载提交工具 PX Submission tool。今天我们学习将质谱数据上传到 PX 上。

2主要内容

1、下载提交工具

提交工具 PX Submission tool 运行基于 Java 开发环境，首先需要确保电脑已安装 Java。

我们可以去控制面板-程序-程序和功能中查看自己是否已安装 java。

如果没有安装，可以在这个地址里面下载程序包 https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#java8

选择合适的版本，下载，安装。

java 安装成功后，我们下载 PX Submission tool 软件包。在 https://www.ebi.ac.uk/pride/ 这里。下载之后解压缩，双击其中 px-submission-tool-2.5.4.jar 打开工具。

这里，我第一次安装的时候遇到了问题，进入工具之后发现不能注册账号，并显示报错 “ file checksum error”，在网上搜索了一下，重新调整电脑的时间、日期，重启电脑之后，工具恢复正常。

2、注册账号

点击 Register New User 注册账号，注册成功后登录。

3、提交数据

step1 选择提交方式:

这里选择数据的上传方式，一般来说选 Partial Submissions。

Complete Submissions，完整的提交确保处理后的结果和相应的质谱可以被 PRIDE 解析、整合和可视化，将识别数据连接到相应的质谱。为此，需要以 PSI 开放标准格式（mzIdentML 或 mzTab）提供处理后的识别结果。

Partial Submissions，在这种情况下，处理后的识别结果以其他数据格式提供，而不是上述完整提交的数据格式。这种方式允许将从不能导出为支持的格式的软件或从不太成熟/新颖的蛋白组学实验方法生成的数据存储在 PRIDE 中。

接下来，确认自己手中已有这些数据。

质谱输出文件（RAW）：是两种提交所必须的。每个 RAW 文件需要与至少一个 SEARCH 文件相关联。包含以下类型的数据。

肽、蛋白质识别文件（SEARCH）：是部分提交所必须的。这些是用于执行数据分析的软件输出的文件，每个 SEARCH 文件需要与至少一个 RAW 文件相关联。包含以下类型。

峰列表文件（PEAK）：是部分提交推荐上传的，不强制。如果提供了 mzTab 或 mzIdentML,则必须提供相应的峰列表文件，对应于可用于验证相应肽段鉴定的 MS/MS 文件。

mzTab 或 mzIdentML 结果文件（RESULT）：是完整提交所必须的，mzTab 和 mzIdentML 是大多数分析软件工具提供的标准文件格式，mzIdentML 文件仅包含标识信息，而 mzTab 文件可以包含标识和量化结果。这些文件需要与至少一个“PEAK”（峰值列表）文件相关联。

step2 填写实验细节:

包含项目的标题、关键词、项目描述、样品准备方法、数据处理方法和质谱实验类型（注意字数限制）。

step3 添加本地文件:

包含我们之前提到过的 RAW、SEARCH 文件。RAW 文件可以自动识别出文件类型，SEARCH 文件需要我们选择一下。

step4 系统校验文件:

这一步之前要求文件里有 checksum.txt 文件，一般在下载提交工具 px-submission-tool 的文件夹里。

检验成功后如下图。

step5 添加文件关联:

此处需要添加 SEARCH 文件和 RAW 文件之间的关联，点击 Relation 后勾选添加。

step6 添加实验细节:

填入一些必要的样品和仪器信息，比如物种、组织类型、所用质谱仪型号。

如果我们的某个类型在已给的选项中没有找到，那么可以自己添加。在选项的最后一行选择“other”，之后在 Term Name 中搜索，找到后选择，点击 Use Selected Term。

step7 填写负责人信息:

包括姓名、邮箱地址、所在机构。

step8 额外的信息填写:

如果上传的数据属于某个大项目，则填写，如果没有，则跳过。

step9 核对上传的数据:

确认好了之后，勾选最下方的 license，点击提交，会自动弹出 submission.px,为所填写的上传信息，以便保存与修改。

然后等待数据上传完成，完成后得到的编号不是最终的序列号，数据经过审核后，会将最终序列号发到登录的邮箱账号中。

补充

默认情况下，数据集会在稿件被接受后或者在 PX 官网收到指示后公开。PX 官方网站一般会在文章被接受后收到期刊的接受通知，但最好我们也提醒 PX 官网。

方法 1.登录 PRIDE 网站，点击右边的发布按钮。

方法 2.如果不是数据提交者，如果文章已发布，可以进入网址进行发布 https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXDxxxxxx/publish。

方法 3.项目公开后，项目页面将在 PRIDE 中发布，也可在 ProteomeCentral 上找到。

3结语

整个数据上传过程还是非常方便的，只要提前准备好数据以及数据描述文件，过程很快。数据提交上去之后，官方网站需要 5 个工作日以上来对数据进行审核，但实际上，两天左右就审核完毕并回复了序列号。此外，可以补充提交数据，但分两种情况，一种情况是提交 csv、纯文本文件、电子表格、脚本，另一种情况是提交 RAW 文件和 RESULT 或 SEARCH 文件，我目前还没有经验。

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