python 查找字符串

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1引言

分享一下 python 里查找特定字符串的笔记。

2find 函数查找

序列:

seq = 'ATGTGACCCTGATTTTGAATGatgAtgAtGaTGaTg'

find 函数查找指定字符串 第一个 出现位置的下标索引:

seq.find('ATG')
0

若找不到则返回 -1:

seq.find('ATB')
-1

如果我们想寻找多个字符串,可以写个循环,每次指定上一次出现的位置向后寻找,给定 start 参数,参考自 https://mp.weixin.qq.com/s/VCXtONFEeWPdhbiaj00Nng:

def find_all(string, sub):
    start = 0
    pos = []
    while True:
        start = string.find(sub, start)
        if start == -1:
            return pos
        pos.append(start)
        start += len(sub)

find_all(seq,'ATG')
[0, 18]

3re 库函数查找

返回的是查找到的字符串:

import re

re.findall('ATG',seq)

获取每个字符串的索引:

[pos.start() for pos in re.finditer('ATG',seq)]
[0, 18]

如果需要忽略大小写进行查找,则可以加上 flags=re.IGNORECASE 参数:

re.findall('ATG',seq,flags=re.IGNORECASE)
['ATG', 'ATG', 'atg', 'Atg', 'AtG', 'aTG', 'aTg']

索引:

[pos.start() for pos in re.finditer('ATG',seq,flags=re.IGNORECASE)]
[0, 18, 21, 24, 27, 30, 33]

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