RiboChat 一键分析 Ribo-seq 数据

人在江湖,身不由己

1引言

2022 年 3 月份在期刊 Briefings in Bioinformatics 发表了一篇文章,文章提供了一个 在线网页,以聊天互动的方式 可以分析 Ribo-seq 数据,还挺好玩的。

文章标题:

RiboChat: a chat-style web interface for analysis and annotation of ribosome profiling data

在线网址:

https://db.cngb.org/ribobench/chat.html

2使用

网址有两个学习视频可以看看,就几分钟,教你怎样快速学会使用。右边配有测试数据。

询问分析数据并选则物种:

选择要分析的类型:

上传 fastq 测序数据:

选择样本分组信息:

可以调整具体参数:

提供邮件地址方便发送结果:

时时观察分析进度:

结果文件:

GO 富集结果:

kegg 富集结果:

在线 IGV 查看基因:

数据质控结果:

单个样本的 ribo 质控:

3结尾

结果还是非常的全面,感兴趣的小伙伴可以试试。

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