干货丨Materials Studio性质计算：静电势分布的计算及出图方法！

催化反应中经常需要分析结构的静电势分布，其正确名称叫做静电势在电子密度等值面上的分布。

本文以CHA三维八元环结构分子筛为例，为大家介绍静电势分布的计算及出图方法。

1.导入CHA结构

首先在MS(Material Studio)软件中右键Import在Examples/Documents/3D Model中导入CHA结构文件。

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2.改变CHA显示方式

右键打开Display style，单击Polyhedron选项（结构显示样式不影响静电势的计算）

3.优化CHA结构，并计算静电势

1)打开Modules-DMol³-Calculation

2) Task设置为Geometry Optimization. Functional更改为LDA, VMN。

3) Electronic选项.k-point set设置为Gamma, Orbital cuttoff quality设置为Coarse。单击More 按钮。Orbital Cutoff选项卡中，设置orbital cutoff的值为3.5 Å。（具体计算精度，根据需求来选择）

4) 在Properties中勾选Electron density 和Electrostatics 。

5) Job Control中选择合适的核数，点击run开始计算

4.处理静电势图

1)在输出的文件夹中打开CHA.xsd，之后右键打开Display style，单击Stick或Ball and stick选项，将CHA的显示变成棍或球棍形式。

2)打开Modules-DMol³-Analysis：

l选中Electron density，并勾选View isosurface on import，然后单击import；

l然后，选中Potentials，不勾选View isosurface on import， 单击import

3)等值面调整：

l右键打开Display style，在Isosurface-Mapped field中选中DMol³ electrostatic potential ；

lDisplay style-Isosurface- Transparency：调整透明度

lDisplay style-Isosurface- isovalue：调整等值面数值

4)右键打开Color Maps：

l From选择Mapped Minimum，To选择Mapped Maximum。

l Spectrum: 调整配色方案

l Bands: 调整色带

l Color Maps-Legend: 修改图例

5.绘制静电势切面图

1)View-Toolbars-Volume Visualization，打开工具栏

2)从打开Best Fit，打开Choose Fields to Slice对话框。选择DMol3 electrostatic potential，单击OK按钮。

3) 查看切面覆盖的指定区域的最大值和最小值:单击Color Maps按钮,选择切面。单击From旁边的右箭头,选择Mapped Minimum。单击To旁边的右箭头,选择Mapped Maximum。将Spectrum更改为Blue-White-Red。

4)单击色条中的红色右箭头。所有大于平均值的点都被从切面上移除。单击色条右侧的||按钮,重新显示大于平均值的颜色。在Display Style对话框中的Slice选项卡中,调整Transparency，改变透明度。

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