R绘图模板——小提琴图的绘制！

 

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代码如下：

1、加载R包：

library(ggplot2)#绘图包
library(ggpubr)#基于ggplot2的可视化包，主要用于绘制符合出版要求的图形
library(ggsignif)#用于P值计算和显著性标记
library(tidyverse)#数据预处理
library(ggprism)#提供了GraphPad prism风格的主题和颜色，主要用于美化我们的图形
library(vioplot)#小提琴图绘制包
library(RColorBrewer) # ColorBrewer Palettes
library(grid) # The Grid Graphics Package
library(scales) # Scale Functions for Visualization

2、构造数据：

df <- data.frame(
  A_1 = c(2,5,6,5,4,8,6,3,8,9),
  A_2 = c(5,8,6,3,4,7,9,3,6,4),
  B_1 = c(15,10,5,18,12,13,16,14,10,9),
  B_2 = c(25,20,23,15,14,24,20,22,25,26),
  C_1 = c(1,3,6,5,2,3,6,2,4,1),
  C_2 = c(7,8,9,6,7,8,9,6,7,10)
)
#预览数据
head(df)
#使用tidyverse包对数据进行处理
df <- df %>% 
  gather(key = 'samples',value = 'values') #gather()函数可以把多列数据合并成一列数据

#添加分组信息
df$group = rep(c("A","B","C"), each = 20)
head(df)#预览数据

3、颜色：

#背景色
color <- colorRampPalette(brewer.pal(11,"BrBG"))(30)
#配色
col <- colorRampPalette(brewer.pal(9,"Set1"))(6)

4、绘图

vioplot(values~samples, data = df, 
        main = "vioplot", # 设置标题
        col=c("#000000", "#be0027", "#cf8d2e","#e4e932","#2c9f45","#371777"),# 设置小提琴颜色
        xlab="Samples", ylab="values")

ggplot(df, aes(x=samples, y=values, fill=samples))+#指定数据
  geom_violin(trim = T,position = position_dodge(width = 0.1), scale = 'width')+#绘制小提琴图函数
  geom_boxplot(alpha=1,outlier.size=0, size=0.3, width=0.2,fill="white")+#添加箱线图
  stat_summary(fun="mean",geom="point",shape=21, size=2,fill="blue")+#均值点
  labs(x=NULL,y=NULL)+#标题
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(), #背景
        axis.line=element_line(),#坐标轴的线设为显示
        legend.position="none",#图例位置
        axis.text=element_text(color='#003b64',size=12),
        legend.text = element_text(color='#003b64',size=12),
        axis.title= element_text(size=12),
        axis.text.x=element_text(angle = 45,vjust = 1,hjust = 1))+
  scale_fill_manual(values = col)+
  geom_signif(comparisons = list(c("A_1","A_2"),#显著性
                                 c("B_1","B_2"),
                                 c("C_1","C_2")),# 设置需要比较的组
              map_signif_level = T, #是否使用星号显示
              test = "t.test", ##计算方法
              tip_length = c(c(0.01,0.01),
                             c(0.01,0.01),
                             c(0.01,0.01)),#横线下方的竖线设置
              size=0.8,color="black")

#添加背景
grid.raster(alpha(color, 0.2), 
            width = unit(1, "npc"), 
            height = unit(1,"npc"),
            interpolate = T)

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