安西自然保护区主要保护对象：荒漠生态系统；以中亚四大荒漠（合头草、泡泡刺、红砂、珍珠）为代表的植被类型；亚洲中部特有种和濒危植物及其生长地；珍稀野生动植物及其繁衍地和栖息地；名胜古迹和特殊地质地貌。