老大在群里出的题，说感觉这个热图很诡异，然后中间我自己没有用boxplot查看数据的表达量，对于数据不能有正确的认识，导致一开始的deg的logFC都没有达到正负1的，最重要的是：1.是因为我知道什么情况下用log函数，然后我还在这里面错误的用了log函数；2.不能用[1:4,1:4]查看数据集机构；3.normalizeBetweenArrays和removeBatchEffect函数的用处。老大帮助修改了代码，结果才清晰明了。原文图片GSE83521/GSE89143中的tup下载数据+准备数据rm(list

关于用getGEO下载数据后，会得到一个list，取出第一个列表中的元素后，再查看这第一个元素的数据类型后，发现他是一个对象（"ExpressionSet"），然后我们就会用exprs来提取表达矩阵信息，用pData来提取临床信息。代码过程如下，数据集是GSE54939，其实是哪个数据集都一样，我们都要经历这样的一个提取过程。最一开始就有这个疑问，这个exprs和pData是如何知道的呢？先看下获得表达矩阵和临床信息的代码如下#在下载GEO数据时,是这么下载的rm(list