LncRNA保守性和可靠性分析 | 分析技能

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LncRNA的研究正在如火如荼地进行，越来越多的lncRNA被发现，并且越来越多的lncRNA数据库被建立并完善。

在分析lncRNA过程中，很多老师会遇到两个问题：

1. 对于已知的lncRNA，想预测lncRNA的保守性，比如在人和小鼠中某条lncRNA是否保守（当然我们知道lncRNA是很不保守和很不稳定的）。

2. 很多老师现在会做lncRNA测序，会有许多新预测的lncRNA，那么我们知道基于生物信息学预测会有许多假阳性的数据，如果挨个用q-pcr或者克隆的方法进行验证，肯定太耗费时间。当然，实验验证肯定是要的，但是在实验之前，我们如何判断某条lncRNA可靠性？我想很多老师都知道去跟已经报道的lncRNA比对一下不就好啦！Bingo！

今天我们就基于一个很强大的lncRNA数据库——NONCODE进行lncRNA保守性分析以及lncRNA同源性分析。

一、针对一条已知的lncRNA（被NONCODE收录），例如lncRNA-ATB.

打开：

输入需要查询的lncRNA名称：

点击Search之后出现如下页面：

点红框的转录本ID后出现如下页面，可以看到这个转录本的基因ID：

点击这个基因ID，会出现如下页面：

此页面包含以下模块：

1. Transcripts in Gene：此基因包含的lncRNA的转录本信息

2. Expression Profile：此lncRNA在各组织中的表达情况，并有统计柱状图展示

3. Conservation Info：此为lncRNA的保守性信息

4. Disease related：疾病相关信息，某些lncRNA是被预测或者证实与疾病相关的

那么这条lncRNA的相关信息都已一一呈现，我们所关注的保守性信息也在Conservation Info出现，示例图如下：

如果在某一物种中有保守的lncRNA信息，则会加粗显示，如上图。

二、如果是测序获得的某一条新的lncRNAlncRNA，并且此物种没有系统全面的数据库，前提是必须要有序列（废话，做了测序了，肯定有序列的），我们也可以通过NONCODE进行保守性分析：

点击主页面的BALST选项：

点击之后出现如下页面，把序列粘贴进去（也可以上传fasta文件），点击Search：

搜索一条lncRNA序列大概只需要10秒钟，得到如下结果：

大家是不是觉得很熟悉，这结果跟NCBI中blast的结果类似，最左边就是按照跟我们需要blast的序列相似度从高到低排序得到的结果，其中Score和E-Value就是我们blast中常见的打分值和E值（打分值越高、E值越小越可信）。

接下来就是复制相似度最高的那条lncRNA的ID，记住，复制的时候不要包含小数点和后面的数字，例如NONHSAT168138.1只复制NONHSAT168138，再去NONCODE进行查询相关信息，根据同源的lncRNA大致判断此条lncRNA的可信度以及功能。这样可以为我们后续的验证实验以及文章写作提供有力保障啦！

当然了，小编不得不说一句，lncRNA存在易降解、表达丰度低的特点，在筛选验证的时候除了利用数据库先佐证一下（比对不上数据库的并不一定是假阳性的，比对上的就是提高了真阳性率），还是要尽量选择表达丰度高的噢！

这周我们的分析技能小课堂就结束啦~

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Piccolo（运营部）丨文案

媛&荧丨编辑

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