RNA提取中28S断裂现象简要描述 | RNA专题

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编者按

迄今为止，小编已经向大家分享了好几期的RNA提取那些事儿：

今天，小编将会对RNA提取中28S断裂现象进行一个简要描述。希望能对大家平常的工作、学习、实验中能够有所帮助。话不多说，那就——

一、昆虫样本（单峰）

Total RNA 70℃，2min（ 2100 Bioanalyzer 要求），热变性诱发了28S发生断裂，产生了2个小片段：28Sα和28Sβ，28Sα和28Sβ与18S重叠在一起形成了单峰趋势。Total RNA未经70℃，2min加热变性，28S和5.8S重叠组成了我们所见的28S峰图，28SrRNA由28Sα和28Sβ组成，热变性使得28Sα和28Sβ之间的氢键发生断裂，释放出了大小相似的2个片段。

二、哺乳类动物：（单峰或多峰）

脊椎动物中rRNA的断裂和拼接现象在啮齿类动物的研究中被发现，28srRNA片段为4.4kb,但是研究中发现在某些情况下28S rRNA 断裂成了2种片段： 2.6 and 1.8 kb ，“ hidden break”, 对应的是一段位于D6间隔区的长度为106bp的内含子区，该内含子区左右两侧分布有9bp的正向重复序列，该断裂基因常表达于肝、肺、心脏、脾脏、初级成纤维母细胞等成熟的rRNA中，这种新的rRNA加工策略在更高等的生物进化中起到重要作用。（注：目前造成该类28S rRNA 断裂的条件尚不清楚）。

因此，并不能将28S的断裂现象理解为“降解”，这是在RNA质量评估中很容易被忽视的一点。

虽total RNA出现“28S rRNA 断裂”，但18S rRNA和其它类型的RNA仍然保持完整，该现象对于后续的文库构建以及数据质量不会造成任何影响。

注意：

遇到此种类型质检图，初步认定为RNA中有杂质污染，对RNA进行琼脂糖电泳可以看到胶图中有杂质污染的样品除了可见5S、18S、28S条带外还有2条亮带位于28S条带的上方，通常有蛋白质污染的样品可见点样孔处有亮带，该亮带为蛋白质，因为蛋白质构象较大，电泳时无法跑到胶中；而通常有基因组污染的样品，在28S条带的上方20-30kb处有亮带，该亮带即为基因组DNA。

1.LCB提供的RNA抽提方案保留了RNA的所有片段，包括<200nt的片段，除非样本本身较特殊无5SrRNA，一般由LCB抽提的RNA其质检图中通常可见<200nt处有一组峰存在，这一组峰包括5SrRNA、tRNA、miRNA等小片段RNA。

2.通常会通过<200nt处的这一组峰的存在与否来反应miRNA的保留情况，若<200nt处有一组峰，说明miRNA存在； 若<200nt处无峰，说明miRNA有可能有，只不过量太少检测不到，也有可能miRNA根本就没有，遇到这种无法确认的情况，可能与抽提RNA所用的试剂盒是否有保留<200nt的RNA有关，或是是用氯化锂沉淀RNA，氯化锂沉淀RNA最大的问题是<200nt的RNA全部会丢失。

3.如果不做miRNA项目或是不做<200nt的RNA项目，即使total RNA中没有200nt以下的片段也没关系，只要质检图中的峰型比较锐利无拖带，可正常做其它类型的服务项目，这与LCB独特的文库构建方案有关。

典型样本降解质检图

好了，本期RNA提取专题小课堂就到这里了。

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