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给毛肚开个药方,活成单细胞的样子

技术部-HTL 联川生物 2022-05-21

每次查阅资料,寻找解离方案的过程,都仿佛对组织进行了一次“望闻问切”,得到好的单细胞悬液也证明了开的药方是合适的。

10X Gemonics单细胞测序,真是一个“加分项”,诸如关键词“异质性~微环境~细胞转录本表达~免疫功能~”这里不再赘述。

10X Gemonics单细胞测序,也真没那么贵,在杭州凑个首付得做20个样本而已。

所以在科研工作者的视线里,如何体现单细胞测序的性价比才最重要。

制约因素往往是“选材”与”单细胞悬液的制备”。

单细胞测序第一股浪潮过去之后,更独特的实验设计,更完善的故事情节,更诡谲莫测的结果应是下一波大浪。 一个好的故事情节,都会有一个铺垫,一个好的实验材料也是如此。

米粒般大小的50只大鼠的耳蜗样本,

艰难活了半年的模型小鼠,

1.5万人民币每克的毛肚(杀了一头牛),

终于,取到了样本,可以为伟大科研事业献身,但如果解离失败了~

那老师不得用iphoneX把我砸死~为了不失败,所以:

110x官网查找是否已有成功案例?
如果有,copy文献中的protocol !
如果没有,怎么办?
接着找!
2https://www.protocols.io
如果有,copy  protocol!
如果没有,怎么办?
继续找!
3http://www.worthington-biochem.com/default.html
如果有,但不能直接用!Worthington 统计的文献更多的是应用于原代培养的实验方法,并不都能满足单细胞测序的活率高,结团率低,无细胞碎片等高质量细胞悬液的要求。那么这些文章有什么用呢?首先可以大致了解到使用什么酶/酶的组合能在相应组织中分离出细胞,其次文章中有介绍各类器官组织的特性以及各类组织细胞的最适培养基与培养条件。最后针对性的使用蛋白酶解离单细胞。
但,万一还是找不到,怎么办?
继续找!
4百度百科,Google,维基百科,微信搜一搜
1)了解组织的组成结构
2)了解酶的特性
胶原酶 I:含有平均量的测定活性(胶原酶、酪蛋白酶、梭菌痛和胰蛋白酶活性)。一般推荐用于上皮、肝、肺、脂肪和肾上腺组织细胞制剂。
胶原酶 II:含有更强的梭状芽胞杆菌活性。它通常用于心脏、骨骼、肌肉、甲状腺和软骨。
胶原酶III:低蛋白水解活性。它通常用于乳腺细胞。
胶原酶IV:较低的胰蛋白酶活性,它通常用于胰岛。
Dispase(中性蛋白酶):常被用作与胶原酶和/或其他蛋白酶结合的次级酶,用于许多初级细胞分离和组织分离。中性蛋白酶能把上皮样细胞更有效地分离成纤维细胞样细胞。
弹性蛋白酶:弹性蛋白在结缔组织的弹性纤维中含量最高,所以弹性蛋白酶常被用来分离含有大量细胞间纤维网络的组织。
胰蛋白酶:胰蛋白酶是已知的最高度特异性的蛋白酶之一,单纯纯化的胰蛋白酶对细胞外蛋白的选择性较低,通常对组织的解离效果不佳。纯化的胰蛋白酶和其它酶如弹性蛋白酶或胶原酶的组合对解离更有效。
1、2、3、4步,约等于中医的望闻问切,多方面的有机结合才能开出更合适的解离药方。
并且同样的病,在不同的人身上,开出对症的药方也有可能不一样。我们为了解细胞的异质性,但组织间也是有异质性的,即使是同样的组织必定也是有差异的,或病变程度,或年龄,或运输温度,等等。因此一劳永逸在单细胞悬液的制备上肯定是不存在的。
获取样本不易,每个样本来之前我们都会严谨对待,确保客户的样本一次成功,有些样本真的没有失败的机会。但也希望客户给我们机会,多一次接触,多一次望闻问切都能提高确诊的机会,确保开出合适的药方!

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