单细胞亚群重新分析云平台操作指南 | 单细胞专题

A老师：我的单细胞数据分析结果中除了免疫细胞外，还有上皮细胞，成纤维细胞等其他细胞类型，我想提取免疫细胞重新聚类，但是我不会写代码怎么办？

B老师：我的单细胞数据分析一共得到了15个cluster，我觉得cluster数量偏少，有个别cluster在鉴定时可以看到有两种细胞亚型，可不可以获得更多的细胞cluster？

C老师：我的单细胞数据分析采用的是tSNE降维方法，能否用umap的降维方法进行分析？

D老师：我的单细胞数据2个样本间异质性非常大，是否可以去除2个样本间的批次效应？

您是不是也有这样的需求呢（点击查看应用场景：细胞类型太多不用写代码就能感兴趣的细胞重新分群 | 单细胞专题）？别担心，联川云平台上线了单细胞云分析“10X单细胞转录组部分cluster再分群分析”，不用您写代码，只需要手动点点参数就可以完成上述的需求了。

网址：https://www.omicstudio.cn/analysis

分析内容

这个云分析都能做什么呢？我们先来看下云分析的报告内容：1）参数选择信息，您本次分析采用的所有参数信息记录，便于您后续文章发表时相关信息的填写。2）基于筛选的细胞重分类结果，包含各个样本中各亚群细胞数目统计及相关图表展示，以及聚类的tSNE或UMAP图。3）重聚类后各cluster差异marker分析以及各cluster-top10基因可视化图形展示。4）重聚类后各cluster差异基因GO和KEGG富集分析5）其他单细胞云工具联合作图分析，当您数据分析完成后，如果需要对分析的结果进行更深入的挖掘，可以直接点击报告这一步的链接直接进入基于该分析结果的云工具调图界面。
使用方法

1）创建分析条目（按照以下步骤创建条目）条目创建完成后，点击运行进入参数调整界面进行参数选择及数据分析。
2）数据分析界面数据分析界面分为两部分，左侧栏为功能选择面板，右侧为对应展示的信息。功能选择面板默认为视频讲解，您在数据分析之前，花几分钟时间学习上如何使用。3）输入数据和参数选择

所有细胞对应的信息


参数选择

细胞筛选参数：根据需要选择需要筛选的cluster或样本聚类及降维分析参数：
差异分析参数：选择差异分析算法及差异阈值设置4）开始分析，待以上参数设置完成后，点击开始分析按钮，如果您选择的细胞数目过少出现以下提醒界面：正常点击开始分析后，会出现以下的界面，然后点击“分析进展查看”，进入分析进展查看界面。分析进展查看界面：只有分析状态为“完成”时可以点击数据下载按钮。如果您进行了多次分析，有些条目创建有误，您可以点击垃圾框的按钮进行条目的删除，请注意，一旦删除相应条目无法找回。
5）分析完成邮件：如果您提交的任务分析完成，您会收到数据分析完成的邮件，您可以进入云平台进行数据下载。6）数据下载：点击相应条目的下载按钮进行数据下载，由于下载的数据文件名为summary.zip，如果您分析了多个条目，请注意下载时保存到不同的文件夹以免相互覆盖。7）结果说明：summary.zip共包含以下3个文件夹和报告文件Report.html，各结果对应的信息您可以查看网页版报告说明。

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