号外！云工具可以画进化树啦

最近收到不少老师绘制进化树的需求，不少小伙伴反映不适应iTOL和EvolView输入文件格式，因此我们特地推出进化树云工具，助老师绘制漂亮的进化树图。在此特别感谢Y叔团队研发的ggtree系列R包使进化树绘制更加简易。

接下来将以下图为例，教大家如何使用进化树云工具绘制高分文献图。

1.树文件上传

该图不需按组别对分支上色，因此直接上传树文件。树文件目前仅支持Newick格式文件。该格式将相邻内部节点放在一对括号内并以括号分隔，括号外为其父节点。

2.基本参数调整

此处对树的基本情况进行调整，布局选择环形（fan）,不设置树开角，分支长度按比例，比例尺选择标尺并对比例尺位置及颜色进行调整。调整后可以点击开始绘制按钮，观察图形（可通过拖拽图片右下角小黑三角控制图片大小）。

3. 功能添加

3.1高亮功能突出分类

由于该功能需通过节点名称调节，故需选择【基本参数】选项卡内显示节点名称选项。该树分支较多，导致节点名称叠加，越靠末端越难辨认。此时可通过查看分支功能（需更改树形为矩形），查看某一分支情况，确定分类节点。

在【高亮分支】选项卡内选择确定分类的节点，并调节区域颜色，透明度及区域大小。还可通过+/-按钮增加/减少高亮区域。

3.2彩条注释功能添加分类注释

在【彩条注释】选项卡对高亮的区域添加对应的类别注释，需注意此选项卡需要填写的是起始注释和终止注释，而后添加的注释将出现在这两个注释区域中间位置。通过调整注释位置和彩条位置（注释位置是相对于彩条位置的，因此即便注释位置参数不变，调整彩条位置参数也可调整类别注释位置）使各位置注释不重叠，并调节角度，颜色，字体美化图形。由于此处不需要彩条，因此将彩条大小调整为0。

4.关联图形

例图叠加了三层图形：末端点图，热图和柱状图，我们将依次添加。

4.1 末端点图

选择关联图形功能，在【关联图形】选项卡选择末端点图关联类型，下载示例文件，将数据整理成示例文件格式并上传。

选择点形状（基因名称，类别等离散型数据），点大小（数字等连续型数据），点颜色（基因名称，类别等离散型数据）数据，并调整形状及颜色。

由于形状及大小的图例标题是固定的，因此修改的图例标题为颜色图例标题。

由于添加了末端点图，再显示末端注释，图片不太美观，因此将【基本参数】选项卡内末端注释取消。点击开始绘制按钮，观察绘制图片，对高亮区域及注释大小、位置进行微调。

4.2 热图

通过【关联图形】选项卡 + 按钮叠加关联图形，选择相应的叠加图片类型，按下载的示例文件格式整理数据上传，调整颜色。

4.3 柱状图

通过【关联图形】选项卡 + 按钮叠加关联图形，选择相应的叠加图片类型，按下载的示例文件格式整理数据上传，选择柱状图数据（柱数据为连续型数据，柱颜色为离散型型数据），调整颜色。

5. 图片下载

在【结果下载】选项卡选择需要下载的图片类型，更改图片名称，点击结果下载按钮进行图片压缩包下载。

以上就是进化树云工具绘图的简单介绍了（详细介绍可见云工具使用手册），老师可以通过扫描下方二维码获取绘图数据进行测试。

如果老师有想要上新的云工具（想要实现的图片或分析）请在下方留言，助力科研，责无旁贷。

参考资料：

1. Asnicar, Francesco, George Weingart, Timothy L Tickle, Curtis Huttenhower, and Nicola Segata. 2015. “Compact Graphical Representation of Phylogenetic Data and Metadata with Graphlan.” PeerJ 3: e1029.

2. Morgan, Xochitl C., Nicola Segata, and Curtis Huttenhower. 2013. “Biodiversity and Functional Genomics in the Human Microbiome.” Trends in Genetics 29 (1): 51–58.

3. Ggtree：https://yulab-smu.top/treedata-book/

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