1+1大于2！RIP-seq与其他组学的搭配你值得拥有 | RIP专题

RIP-seq是对RNA结合蛋白结合的RNA分子进行测序分析的一种组学，通常在研究中都不是单一的使用，会搭配其他组学一起对研究的深度和广度进行扩充。

01与RNA-seq搭配

这是目前最为常见的一种搭配。我们以这篇发表在《Genome Biol》上的文章The RNA binding protein SORBS2 suppresses metastatic colonization of ovarian cancer by stabilizing tumor-suppressive immunomodulatory transcripts为例，作者锁定了SORBS2这个RNA结合蛋白，发现它能抑制卵巢癌的转移，进一步作者进行了机制探究。首先，经过RIP-seq，作者鉴定了与SORBS2结合的RNA转录本。

为了从这些结合的转录本中筛选出SORBS2的作用靶标，作者采用RNA-seq技术从SORBS2敲低后稳定性降低的转录本中筛选出WFDC1和IL-17D，后续工作证实了WFDC1和IL-17D可以抑制卵巢癌细胞转移灶定殖。

这项工作说明了将RNA-seq应用到RIP-seq下游验证中，可有效地筛选得到靶标。

02与miRNA-seq搭配

在miRNA研究中，我们时常会看到RNA结合蛋白结合了miRNA，并发挥了相应生物学功能。以这篇发表在Molecular Cancer上的文章为例，作者发现KHSRP这个RBP可调控肿瘤生成。KHSRP还是一种单链核酸结合蛋白，在转录和mRNA降解中起作用；它也是Drosha-DGCR8复合物的一个组成部分，可促进miRNA的生物发生。因此，很容易想到用RIP-seq确定KHSRP结合的miRNA，再加上miRNA-seq鉴定是哪些miRNA在介导KHSRP的作用。

如图所示，经过RIP-seq和miRNA-seq的联合测序分析，发现与KHSRP结合的miRNA是富含TL-G的miRNA，例如let-7家族。此外，进一步的分析表明KHSRP调控了miRNA的成熟。

03与RNA pull-down搭配

RNA pull-down是研究RBP和RNA结合关系的有力试验手段之一。在原理上，RNA pull-down和RIP相反，它是将目标RNA结合的蛋白拉下来，再结合蛋白质谱鉴定出蛋白种类的实验方法。RIP-seq和RNA pull-down可相互进行验证，灵活巧妙应用到研究中。在这篇文章中（《Circular RNA FOXP1 promotes tumor progression and Warburg effect in gallbladder cancer by regulating PKLR expression》），作者研究circRNA（circFOXP1）在胆囊癌进展中的功能。作者用RNA pull-down结合LC-MS技术，鉴定了circFOXP1结合PTBP1蛋白。该蛋白可调节丙酮酸激酶，进而促进肿瘤的Warburg效应，加剧肿瘤生长。

为了进一步验证PTBP1蛋白结合了circFOXP1，作者进行了RIP实验。结果表明PTBP1蛋白确实是结合了circFOXP1。这样从两方面都证实了circFOXP1和PTBP1蛋白相互作用，促进胆囊癌进展。

04与m6A-seq搭配

m⁶A作为这几年火热的表观遗传研究，也可以和RIP-seq进行有机联合。以这篇联川用户文章《YTHDF1 links hypoxia adaptation and non-small cell lung cancer progression》为例，作者研究YTHDF1在肺非小细胞癌进程中的功能。YTHDF1本身是m⁶A的一个阅读蛋白，作者联合运用了RIP-seq和m⁶A-seq，鉴定出细胞周期因子CDK2和CDK4的m⁶A修饰发生了变化，且被YTHDF1所识别和结合。CDK2和CDK4表达的紊乱也导致细胞周期的紊乱，使得癌细胞增殖加速。

总结：RIP-seq和其他组学的搭配，其实最重要的是取决于实验设计，让测序和分析为实验所服务，而不是跟着实验手段走，这才是让你的文章增资添彩的关键。

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