查看原文
其他

你问我答:高通量测序相关问题微问答-20210129

市场部-SLZ 联川生物 2022-06-07

从今天开始,原本属于联川生物内部技术支持针对客户群体的服务内容,即针对简单问题进行回答的服务,尝试性对所有关注本公众号的小伙伴们,试运行开放一段时间。

无论您是育种专家、动物科学研究人员还是基础医学和生物化学专业的研究人员,凡是与高通量测序及多组学分析有直接关系或间接关系的问题都可以发给我们。如单细胞测序、m6A、非编码RNA测序、宏基因组、蛋白代谢等涉及到样本准备、简单的实验设计、实验技术原理、生信分析等任何想得到的问题,都可以发送过来。

编辑好问题和内容,给我们market@lc-bio.com发送邮件,标题开头加入“微问答”即可。示例范文如下:

邮件标题:微问答:转录组结果与PCR验证相反怎么解释

邮件正文:联川的老师您好,请问我做了6个样本的转录组,每组3个生物学重复,挑选了10个差异较大的基因进行qPCR验证,发现吻合率只有20%,请问该如何解释?

好了,接下来开始进入我们的正题,微问答环节!

01 固体培养基的单菌样本,做细菌重测序,如何收集?
答:如果是细菌的话,把这些菌先刮下来,再用预冷PBS冲洗一下刮刀和培养皿,然后10000离心搜集沉淀,丢弃上清液,重复前面的操作,总共用PBS洗两次收集沉淀,丢弃培养基和上清液,将细菌沉淀迅速置于冻存管中,液氮速冻1h后,转-80℃冰箱保存。如果是真菌,一次反应所需真菌的量≤50mg,将真菌称重,分装多管;将称重后的真菌置于预冷的耐-192℃冻存管中,迅速投入液氮,速冻时间>1h,转入-80°C长期保存或用干冰直接寄出。

02  小鼠精子样本,做miRNA和piRNA测序,联川能做么?这种需要多少样本量啊
答:这边更多是精液样本,通常一次性采样的量大约在2-4mL,做miRNA测序或piRNA测序问题不大。

03  用小麦做ATAC测序,一般做几个生物学重复比较合适,深度多少?
答:由于小麦的基因组非常大,在14G以上,加上目前几乎很少看到论文直接测小麦的ATAC-seq,根据小麦已发表的ChIP-seq的结果来看,PE150模式至少要测30M reads以上,也就是9G以上的数据,以此类推的话ATAC-seq建议测12G以上比较保险。不过这边由于物种特殊性,组蛋白ChIP一般IP下来的DNA量够建库测序,但是转录因子难度较大,至于ATAC就更难了。

04  大鼠股骨远端只能取下来约1/3的样子,够做同时做转录组+全基因组DNA甲基化测序吗?
答:一般骨头的RNA和DNA得率较低,200mg左右重量的骨头RNA得率可能在1-3μg左右。所以想要做全转录组,最低需要3-5μg的total RNA,至于WGBS(全基因组甲基化测序)或RRBS(简化甲基化测序)需要的DNA量建议在3-5μg起。那就需要更多的骨组织。

05  皮肤组织里面免疫细胞的话,T细胞居多还是B细胞居多?客户做10X单细胞5’VDJ免疫组库的话,那就是做TCR了?
答:皮肤组织中绝大部分细胞为上皮细胞(如角质细胞等)、内皮细胞、成纤维细胞等,但是也会有少量的免疫细胞。撇去特殊研究,如果皮肤组织中出现大量免疫细胞,可能存在以下的可能,即裂红不充分或者血液没有冲洗干净导致皮肤组织上残留的血液会有部分属于血液中的免疫细胞混入,另外一种就是真皮层甚至是大量皮下组织跟皮肤黏连一起带下来被解离。所以如果只是严格意义上的表皮,如那些角质化特别严重以角质细胞为主的皮肤组织,一般不太推荐做单细胞免疫组库测序,因为免疫细胞比例太少了,做10X的3’转录组测序即可。

06  大鼠如果想做蛋白组,比如TMT或者DIA等方式,需要提供多少体积的血清或血浆?如果是血清或血浆中的外泌体检测蛋白,有需要多少体积?
答:如果不涉及外泌体,直接做蛋白组,血清或血浆只需要几百μL即可。如果是外泌体中的蛋白检测,建议2mL的血清或血浆样本是最低要求。

点击下方图片进入OmicStudio资料汇总(整合了B站和公众号中的精品资源,及时更新,永久有效)

云平台网址:https://www.omicstudio.cn

云平台特点:

  • 免费免费免费

  • 所见即所得

  • 生信人员直接开发

  • 可下载PPT格式

  • 绘图带数据处理功能 

  • 分析参数多样(结合多年售后经验提供) 

  • 一键分析 

联川生物云平台OmicStudio至今已帮助28000+科研伙伴处理各类组学数据,点击量累计超77000+。目前提供多种云工具、生信分析流程以及各种干货资料和用户文章,已被Theranostics,Bioresource Technology Reports等杂志的多篇文章引用。




您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存