神秘嘉宾亲译！空间转录组样本准备指南官方说明书-Part 1（内含中文字幕视频教程） | 空间转录组专题

之前我们揭秘了空间转录组样本准备过程，但今天小编邀请到了神秘嘉宾来为我们翻译了10x Genomics官方样本准备指南！在接来的几天中我们会从样本冷冻包埋--切片--组织透化时间的摸索--以及FFPE样本的准备、脱蜡--建库等等方面系统剖析空间转录组的实验流程。

有没有很激动！！！

我们根据10x Genomics操作指南CG000240，整理了空间转录组样本冻存、包埋的操作流程。

方法一：先冷冻后包埋

如没有包埋条件，可先对组织样本进行冻存，储存在-80℃冰箱中。

1. 样本冻存

（1）实验开始前，将药匙、冻存盒等在干冰中预冷。

（2）在250ml钢制烧杯中加入约2/3体积的异戊醇。将钢制烧杯放入盛有液氮的容器中（小型杜瓦罐最佳），液氮的液面不低于异戊醇液面以达到充分降温的效果。异戊醇速冻约15分钟，直至异戊醇液面周边略微出现冰晶。

（3）将新鲜组织样本放在培养皿上，用吸水纸吸去表面的液体（体液、血液、PBS溶液等）。用预冷的药匙将组织样本浸入在预冷的异戊醇中。速冻约1min或直至组织完全冷冻。

（4）将速冻好的样本放入预冷的冻存盒中，用封口膜封好（或将冻存盒装入束口袋），放入干冰盒内，转移至-80℃冰箱速冻，以备下一步冷冻样本的包埋。

注：若直接在液氮中直接冻存，组织会因巨大的温度差而被破坏，故不推荐直接液氮冷冻。

保存的冷冻样本继续包埋用于冷冻切片。

2. 冷冻样本包埋

（1）提前将OCT在冰盒中预冷30min，将镊子、冻存盒等工具提前在干冰中预冷30min（干冰最好提前处理成粉末状）；

（2）提前在包埋盒上标记好组织的方向，在包埋盒中填满预冷的OCT，避免引入气泡；

（3）从-80℃冰箱中取出带有样本的冻存盒中，放入干冰盒中；

（4）将包埋盒置于干冰上，用镊子从冻存盒中取出冻存组织，放入填满OCT的包埋盒中，如有组织暴露，继续加入OCT直至组织块被完全包裹；

（5）待OCT完全硬化变白，从包埋盒中取出包埋块，用刀片修剪到合适大小，放入预冷的冻存盒中，可用于后续的组织冷冻切片。如不立即使用，可用装入束口待中封存，用干冰盒转移至-80℃冰箱保存。

10x Genomics官方网站视频教程（先冷冻后包埋）

更推荐的做法是对新鲜的组织样本直接进行包埋。

方法二：新鲜的组织样本直接进行包埋

新鲜样本直接样本包埋

（1）按1（1）和1（2）准备实验工具、异戊醇和液氮；提前准备好粉状干冰，可用块状干冰在研钵中研磨；

（2）按1（3）处理新鲜组织；

（3）在干净的培养皿中，小心地用OCT完全覆盖组织块样本，确保OCT表面没有气泡；

（4）在大小合适的包埋盒（一般大小为15x15mm）上标记好方向，用药匙将覆盖好OCT的样本转移到包埋盒中；

（5）在包埋盒中加入足量的OCT使组织块样本被完整覆盖，确保尤其是组织块周围没有气泡产生；

（6）用预冷的镊子将包埋盒放入预冷的异戊烷中，不要将包埋盒完全浸入异戊烷。保持包埋盒与异戊烷接触，直至OCT完全冷冻变硬（此时OCT完全变为白色）。

（7）用刀片修剪冷冻的组织块至合适的大小，放入冻存盒中。

（8）将冻存盒装入放入干冰盒中，转移至-80℃冰箱保存。或直接进入冷冻切片步骤。

10x Genomics官方网站视频教程（ 新鲜样本直接样本包埋）

得到包埋块后，就可以进行后续的冷冻切片操作。

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