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上门解离是最优选?no,细数寄送公司的几大优势(含测试数据) | 单细胞专题

市场部-SLZ 联川生物 2024-03-27

联川小编接到单细胞实验小组一位同事的电话,说这次上门又有几个样本无法完成上机。于是乎小编问了下原因,结果令人感到十分震惊。

比如,联川单细胞实验小组的小伙伴在上门的过程中,临时被告知PCR仪已损坏,加热板温控芯片罢工。最后跨越了半个校区,才在凌晨1点终于找到了一间还未熄灯坚持营业的实验室借到了PCR仪,成功反转录成cDNA。

噔!车祸现场



其实这样的案例仍然有许多,上门实验确实是会遇到各种计划外的突发情况。只是每次都是各种急中生智,使用各种应急的方法会让实验本身徒增不少风险因素,最终体现在测序数据上,就是挖掘数据的过程中未必有我们想象的那么好。

当然前面提到的这些案例,后面都有一个happy ending,只是这种骚操作无论对老师还是对我们联川单细胞小组的同事们来说,每次都是惊吓>惊喜。

第一个案例中的客户,后期只能把未完成解离的样本放入美天旎专用的组织保存液(货号:130-100-008)中,由我们同事带回公司继续解离上机。第二个案例,cDNA寄回公司构建文库后进行测序,好在…………大家后期数据分析结果还不错。

当然曾经作为一名苦逼的实验党,我非常理解老师为何想第一时间在现场对组织进行解离。这种感觉就像是人们觉得野生的比家养的营养成分要高一样。

但是凡事讲证据,今天我们就简单来讲一下为何把组织寄送回公司做,要比在现场做要来得好。当然这边为了防止杠精们突然ETC一下,觉得所有样本都要寄回公司。我们只是就大部分样本而言进行解析,不代表所以组织/样本类型。

在文章最后,我们将show出最强的证据,用详实的数据证明组织保存液性能卓越性可以媲美当场解离的效果。因为解离除了老师概念里的“新鲜”和“及时”外,解离条件、解离环境、临时补救等原因也是诸多要纳入综合考量因素条件中去的,并不是一个单一的维度。

废话不多说,我们直接开讲!



优势1公司内解离,所有设备都是完好无损的



这点无需再次强调其重要性!上门解离,我们经常会碰到老师所在实验场地部分仪器设备罢工,或需要准备的耗材突然出现各种意外等情况。上图列表,就是联川单细胞实验小组的同事们需要客户提前准备好的仪器和部分耗材,如果一个环节出现问题,就会让实验本身陷入被动,原本上门解离所谓的第一时间“新鲜”样本所带来的优势荡然无存。

而在公司内部解离,老师们就不会有这种顾虑了。首先公司单细胞实验室内,配备了8台高速冷冻离心机、6台功能完好的PCR仪、4台恒温水浴锅、8台细胞自动计数仪、8台10X Genomics单细胞捕获仪以及其他各种完好无损的仪器设备。

这些功能完好的设备保证了联川,能够同时并行同时完成大量样本的组织解离。除了上门的同事外,内部还有10多位组织解离经验非常丰富的同事为老师的样本保驾护航。



优点2公司内,试剂耗材是最全的



无需再啰嗦,公司内的试剂耗材肯定会比上门场地中的种类,来的更全更多。组织解离本身是一个非常复杂的过程,极其依赖解离人员本身的知识储备和丰富的项目经验。

在解离的过程中,所使用的试剂耗材,尤其是解离的酶以及去死的步骤把控等细节,需要解离人员在当场根据样本状况临时做出各种调整。

如果在公司内部,联川的小伙伴除了配备了最全的试剂耗材外,还能临时根据情况,做出各种最优方案的调整,保证实验能够顺利进行。



优点3

流式的保驾护航,确保单细胞实验的高成功率



在样本寄送到公司开展单细胞/细胞核悬液制备,实验过程中,如果出现活率低、细胞碎片率高、背景污染等情况,会给后续分析引入“低质量”、“无用”的测序数据信息,妨碍“细胞/细胞核”高质量数据挖掘工作。公司有流式细胞仪,可以解决这一难题,将细胞/细胞核悬液通过流式细胞分选仪,设置好参数进行分析和筛选目标区域,背景更干净,后续得到单细胞测序数据更准确。

 

详见:单细胞专题干货 | 为什么联川单细胞数据质量那么高?答案在这里 | 单细胞专题

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优点4上门解离/上机成功率低于公司内部




未上机个数

成功上机个数

解离总数

成功上机比例

公司内部解离

345

1294

1639

78.95%

预约上门解离

254

414

668

61.98%

总计

599

1708

2307

74.03%

我们照例用数据和事实说话,如上图所示,我们统计一段时间的上机信息,显示公司内部解离后能够成功上机的比例高于预约上门解离的比例。优点除了前面提到的,公司内部试剂耗材最全、仪器设备都完好无损外,另一个重要原因是公司内高手云集。大家都能群策群力把遇到的困难想办法解决掉。

老师的样本如果来到公司,您的样本不是一个人或两个人在战斗,而是一群高手在与您的样本做斗争。



优点5美天旎组织保存液强大的性能



美天旎MACS Tissue Storage Solution(货号:130-100-008)是一款十分强大的组织保存液。这款保存液已经是许多单细胞高分文章中必备的神器。

请大家不要担心保存时间过长是不是会影响组织活性,如果使用美天旎官方推荐的组织保存液,可以保存48小时,实际上许多样本在保存液中存放一天后解离的效果和活性,包括后期单细胞测序数据所呈现的结果都具有很高的重复性,请老师不用担心。

在上期的微信稿中,我们已经就组织保存液一些细节问题进行了简单的解释,详情请点击 小技巧:单细胞样本两天分开取,真的需要每天都解离吗?。

接下来,我们直接上最硬核的证据,来双向证明,美天旎组织保存液的卓越性能。

 

2019年,一篇名为A Single-Cell Atlas of the Tumor and Immune Ecosystem of Human Breast Cancer cited的乳腺癌肿瘤免疫微环境的单细胞测序论文,发表在了顶级期刊Cell上。这篇文章目前被引用次数已经接近170次。

在这篇文章中,作者并未对新鲜样本直接进行解离,而是使用了美天旎组织保存液,将手术组织在保存液中存放24小时后再进行后续的实验。由于这个实验本身研究的是免疫微环境,所以面对脆弱的免疫细胞,美天旎保存液展现出了其强大的性能。

接下来我们会跟各位老师展示美天旎组织保存液具体的一些数据。

首先,我们将CT26肿瘤组织切成小块,大小不超过1cm,然后将这些已经切碎的肿瘤组织保存在15mL的离心管中,每个离心管都含有>5mL的组织保存液。

接下来将这些浸润在组织保存液的离心管,保存在2-8℃环境下,设置3个条件组,分别为0h、24h和48h。0h为fresh组,即新鲜样本当场进行解离。其他样本均在24h和48h后解离。解离的试剂盒均为美天旎肿瘤组织解离试剂盒(Miltenyi Tumor Dissociation Kit)。

肿瘤浸润淋巴细胞本身凋亡速度较快,所以对解离好的组织会使用CD45+的磁珠进行分选检测其活细胞比例。



结果1:组织保存液48h存放TIL群体未发生较大变化




CT26新鲜样本,与美天旎保存液24h及48h保存,使用流式细胞仪或免疫磁珠(CD45+)进行分选后表明,三种方法解离后细胞活率都>85%。

此外随着时间推移,TIL比例本身也变化不大。通过分析特定的表面markers,即CD25、CD65、CD69、CD80和CD86的表达,细胞的激活状态也被发现被全部保留了下来。



结果2:细胞凋亡或应激相关基因均无表达




随着时间推移,常规保存条件会诱导细胞产生诸如凋亡及其他应激状态等非正常生理条件的一些基因发生上调。但是美天旎组织保存液强大的性能再次证明,即便是48小时,细胞一些应激相关基因仍未出现显著上调。

我们使用转录组测序来验证24h和48h,一些常见的应激相关基因(正常情况下不表达或低表达)都处于显著抑制状态,

并未出现显著上调,基因表达与新鲜样本中的细胞表达相当。






结论与总结

总之,上述总原因已经悉数罗列,请各位老师放心把样本寄到联川来做吧,为了您的实验成功率有所提高,请各位老师相信科学相信数据。最后祝各位老师单细胞实验顺利,多多发表高分文章!



最后公告一下,联川出版社发布的《单细胞测序研究一本通3.0》已经上架预售,欢迎各位登陆微店“联川驿站”,或者扫描以下二维码预购新书:




关于联川生物


杭州联川生物为全球各地的科研用户提供基因组、转录组、蛋白组、代谢组及最新的单细胞测序服务。单细胞测序作为联川战略发展方向,在组织解离和单细胞生信分析方面充分发挥自身优势,为客户提供优质的服务。目前已经与100多个国家及地区的科研院校、医院、制药公司建立起了长期的合作伙伴关系,累计发表单细胞测序相关的SCI论文近50篇,影响因子平均15+。


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