沉浸式体验DNA提取小哥的一天 |实验技术专题
微生物DNA提取分为以下几个步骤：安排实验，核对样本，取样，样本处理，自动化上机，核酸保存，完善提取信息，核查当天实验工作。
根据实验任务制作提取安排表，由于客户样本名称比较复杂，实验员赋予每个样本提取记号笔编号，方便实验室进行操作。
提取安排表上的主要信息包含客户名、产品名称、保存介质、样本类型、实验工序、样本名称、客户备注以及样本存放位置。
实验室接触的样本类型主要有土壤、肠道内容物、粪便、动物组织、植物组织、菌液、发酵物、拭子、滤膜等。其中粪便样本、土壤以及组织样本是扩增子项目中最常接触到的三种样本类型。
不同的样本类型对应不同的实验工序，实验员需要根据样本类型选择最优的实样工序安排实验；
粪便和肠道内容物采用肠道微生物提取工艺；
动物组织以及植物组织采用组织样本提取工艺；
土壤、水体沉淀等样本为另一工艺。
实验员在提取过程中也会接触到某些疑难样本。
“疑”如堆肥样本，目前实验室提取的堆肥样本有生活垃圾、腐烂的叶根和土壤。这三种样本实验工序也会各不同。
“难”如发酵物中的酒曲酒醅，样本中存在发酵后产生的乙醇，需要生理盐水富集处理。牧草样本由于本身微生物含量过于分散，按照普通植物组织的取样量不能达到实验结果，要求增大取样量，使用生理盐水进行富集，用富集出的微生物进行后续实验。
打印提取安排表，在样本库指定冰箱找寻样本。应当注意的是，样本库冰箱存放有同一客户多个批次样本，找寻到样本后，需要检查是否为当天实验样本；拿到样本后，根据提取安排表对样本进行排序并检查样本是否出现问题。
实验员拿到样本经常出现的问题有样本名称不符、少样、空管和样本名称模糊等，如若出现问题，实验员需要联系收样人员以及项目管理做确认，内部无法处理的问题需要与客户沟通解决。
当所有样本确认无误后，擦拭实验台，准备好写有提取记号笔编号的离心管以及磨样管。
随后对样本进行处理，判断实验样本是否需要打磨，打磨需要使用钢珠、玻璃砂或是研磨珠，打磨的时间频率以及取样量需要酌情调整。
然后根据实验SOP，加入裂解液，开始取样。实验员在实验操作时旁边应放置实验操作SOP，并严格按照SOP进行所有实验操作。取样时用到剪刀镊子，需要紫外消毒以及酒精擦拭后使用，且不能交叉使用。取样时要求勤换手套，防止污染后续的样本。
实验员给客户的送样量的建议：
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样本量不是越多越好，过大的样本量一方面会给保存、寄送、提取增加难度，另一方面会失去代表性，核酸提取时有可能取样偏差导致实验失败。
为了保证样本的裂解完全，裂解通常需要花费1—2个小时的时间，合理利用中午时间，可以加快下午的工作进度。
裂解完成后，实验员对裂解后的样本进行上机前处理。在前处理操作中，需要实验员进行多次转管操作，转管操作要求实验员规范书写提取记号笔编号，方便实验过程中复核实验。
样本前处理完成，制备反应模块，取出对应方案的提取试剂盒并在各模块加入对应试剂，进行自动化核酸提取。
在仪器自动化提取过程中，准备好96孔板或pcr管，规范书写提取编号，放入自封袋，等待提取结束且时刻关注自动化提取仪，防止出现故障并及时解决问题。当自动化仪器提取结束后，拿出提取好的DNA样本，转入96孔板或pcr管，密封好放入冰箱保存。
复核当天实验，未用完的实验样本统一保存在指定冰箱，方便后续样本的处理。最后，擦拭工作台，对剪刀镊子移液枪等进行紫外灯消毒，打开实验室风扇以及紫外灯管全方位消毒。
实验员回到工位，对当天样本进行信息登记，将项目上传至审核人，审核人确认无误后，将项目流转到下一个工序。
至此，一天的提取工作全部完成！
如果时间尚早，就可以泡上一杯咖啡，为下一天的实验工作更好的开展做准备。
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