10项更新，好懂好用好看的宏基因组报告火热出炉！
听说今天还有比杭州气温40度更让人“热”血沸腾的事情？
原来是联川全新的宏基因组报告要跟大家见面啦！
小编好激动，
本人及微生物线的小伙伴们，
上半年的重点工作终于要告一段落了！
废话不多说，跟着小编一起看看
新版的宏基因组报告到底新在哪里？
宏基因组学Metagenomics是微生物组学研究常用方法之一，能够直接对样本中所有微生物基因组进行研究，可以获得包括细菌、古菌、病毒和真菌在内的所有微生物信息。主要分析内容包括两部分，首先是群落结构组成，宏基因组测序具有更高的分类学分辨率，能够进行种或菌株水平的讨论。再者是功能基因组成，不同与扩增子只针对特定基因，宏基因组测序可以获得微生物群落所有基因，通过与不同功能基因数据库比对得到尽量多的功能注释，可进行整体/特定微生物类群的基因功能、代谢通路等研究。
基于当前的宏基因组数据分析进展，用户使用宏基因组数据的现实需求，以及更好的报告使用体验，我们历时数月对宏基因组分析流程和报告结果进行了一次大幅度的优化和升级。这是一份懂微生物组学的从用户研究需求出发的宏基因组报告。
十项主要更新向你一一汇报：
全新的分析流程图，从生物学角度出发，重新划分模块，简洁明了，让你的宏基因组数据更易上手。内容编写上，我们从用户角度出发，用更贴近生物学的语言来介绍各项结果和意义。
分析软件对于项目的分析结果至关重要，不同的软件之间，结果也会有所不同。为了保持主流性和通用性， 我们针对分析中使用的多款软件进行了版本更新或是替换。为了得到更好的组装结果，我们停用了上版流程中的IDBA-UD组装软件，取而代之的是最新版的MEGAHIT组装软件，因为它的组装速度更快，组装效果也更好，而且一定程度提高了read利用率。
在售后服务过程中，我们发现以往的TPM归一化方式，由于其得到的基因丰度数值非常大，对丰度数值的读取和可视化展示不会特别友好，所以本次进行了优化，丰度占比总和为100，读取更加的便捷。
注：r为比对上Unigene的reads数目，L为Unigene的长度。
宏基因组研究最关心的就是菌群组成结构。物种注释主要有组装和非组装（直接比对）两种策略，不同的分析方式有不同的适用场景。为了用户能得到更多可挖掘的数据信息，我们宁可采用更占用运算资源的序列组装方式进行物种注释。只有这种方式，才能将物种信息和基因功能信息联系在一起。同时，如果用户需要采用序列比对进行物种注释，我们也可以提供。
另外，物种注释部分，我们不仅有提供按照所有物种的分析结果，还分别提供了按照细菌、真菌、古菌和病毒单独进行统计的分析结果，满足用户对各类微生物进行研究的需求。
对于菌群，基因和功能的三部分的差异分析，我们在之前非参数检验和LEfSe差异分析的基础上增加了参数检验和MetagenomeSeq差异分析，满足用户更多元的差异分析需求。同时，也配上了更多样的展示形式，例如，曼哈顿图、stamp图和箱线图等。
曼哈顿图
stamp图
不同于16S测序和ITS测序，宏基因组测序是直接对菌群的基因组进行测定，因而可获取丰富的菌群基因信息。进一步对基因的功能进行多维度的注释，可以帮助用户揭示菌群发挥功能的潜在机制。我们提供了8款不同的功能数据库进行菌群基因的功能注释，满足不同方向的研究需求。新版报告中大部分数据库的版本都进行了更新，让用户获取最新最全的功能注释结果。我们发现有许多用户都感兴趣MGEs可移动基因元件数据库的注释结果，这次也把它加入进来。
在文章中，Alpha多样性一般的展示形式为稀释曲线或是统计差异分析，新版报告中不仅有各指数的统计表格，还有组间差异分析，同时，也为你提供了箱线图和小提琴图的展示形式，想用哪种就用哪种！
Beta多样性分析，我们提供了6种分析结果，不仅能得到所有组间的分析结果，不同比较组之间的结果也都全部提供，文章中，你想讨论哪个比较组的差异，都能找到结果。不仅如此，为方便用户后续进行离群样本的筛选，我们还提供的带点标签的降维分析结果，哪个是离群样本看的清清楚楚，解决你的后顾之忧！
考虑到越来越多的用户习惯使用云工具自主分析数据和调整图表结果，在报告主体部分，我们对可在云工具中绘制的图片，增加了相应的云工具链接和绘图输入数据的路径，解决了用户绘图找不到数据的困扰。其次，对于有些分析，我们还增加了使用建议，方便用户从中挑选出适用于文章写作的图片和结果。另外，在附录部分增加材料与方法、软件版本、数据上传指南和引用示例文部分，文章写作需要的资料集中展示，便于查找。
我们优选了SCI文章高阶配色，从视觉上给用户不一样的体验。在新版报告中，我们对所有的图片都进行了优化，图和图注布局更合理，配色层次更鲜明。报告中的图片可以直接用于发表文章。
如此优秀的宏基因组报告，我们已为你备好，就等你来使用。
不知道怎么用宏基因组测序？
没事！看这一篇《宏基因组测序这么用，让你的微生物研究芜湖起飞》就够了。
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