百元外显子，一网打尽才威武！
有人说，全基因组测序已经这么便宜了，
还做什么外显子？那或许是因为……
您还没见过我们的威武（V5）外显子。
全面覆盖
华大外显子捕获V5探针
一网打尽，全面覆盖——传统外显子区域+经过验证的40个华大医学临床检测panel区域
华大外显子捕获探针（MGI V5）区域69Mb，覆盖2万多个基因。除涵盖传统外显子区域外，还针对性地对探针进行优化，并覆盖了40个华大医学临床检测panel区域。这些区域为华大自主收集的特殊疾病位点区域，位点信息经过测序验证。全面覆盖生育健康、新生儿、心脑血管、遗传性肿瘤、单基因病、安全用药、个人基因组、遗传性耳聋、免疫缺陷、线粒体缺陷等临床研究致病基因(表1)。
表1 MGI V5 包含的疾病基因panel
对ClinVar数据库的覆盖度高
作为一个公开的数据库，ClinVar收集了许多与疾病相关的遗传变异。ClinVar将基因突变对健康影响的多方面性质都考虑在内，并有自己的分类，“可能致病性（likely pathogenic）”就是一种更清楚的定义和标准化。MGI V5有针对性地对医学关注的区域进行设计，其对ClinVar数据库的覆盖度最高，达到85%以上（图1）。
图1 ClinVar数据库份覆盖统计
大量基因被完全覆盖
基因覆盖率高低关系到疾病相关的变异位点能否被全部找到。MGI V5对refGene数据库中的455个基因实现完全覆盖，其中160个基因是独有完全覆盖，是竞品A和R数据的总和（见图2）。
图2 完全覆盖的基因数目统计
以BBS10基因为例，该基因是巴比二氏综合征的致病基因。只有MGI V5完整涵盖了基因区和内含子区，比其它试剂盒多覆盖约20%的已知临床突变位点（图3）。
图3 BBS10基因覆盖情况
数据利用率高
MGI V5杂交捕获效果好，碱基的捕获效率达到60%以上。BGISEQ测序仪采用独特的DNA纳米球（DNB）技术，基于滚环复制（RCR）进行文库扩增，这种线性扩增可以避免常规PCR带来的错误累积。使得测序环节的Duplicate rate和错误率更低，一般Duplicate rate在10%以下（表2）。
表2 MGI V5在BGISEQ测序平台上比对定位后的数据表现
MGI V5基因覆盖均一性更好。测序深度达到100x时，96%的区域覆盖度均能达到20X以上。和竞品的共有区域中，MGI V5的覆盖均一性更优（图4）。
图4 深度分布图
变异检测准确性高
同比竞品，BGISEQ MGI V5测序产品能找到更多的阳性位点（5.7万个SNP，4.8千个InDels）。SNP的F-measure值（精确度和敏感度综合表现）在99.3%，InDels的F-measure值高达90%，和竞品A在同一水平。
图5SNP检测结果评估
广受好评
BGISEQ测序平台
发表文章超过106篇
自2015年正式上市以来，BGISEQ以精准、灵活、快速等特点迅速赢得客户的青睐。2016年11月，基于BGISEQ-500的首篇RNA-Seq文章正式发表，此后，自主平台迎来文章密集发表期，并在今年呈井喷式增长，目前已达到68篇之多。
已发表文章中影响因子最高达到30.41分，此外不乏《PNAS》、《Nature Communications》、《Nature Neuroscience》、《Immunity》等高分期刊，大部分文章影响因子分布在5-10分。
一致性高&稳定性好
BGISEQ平台和H平台的一致性和特异性比较结果（见下图8）。从图中我们可以清晰地看到，两个平台的SNP一致性高达97%，InDel一致性高达81%。BGISEQ自身SNP的重复性高达98%，InDels重复性高达85%，处于国际领先水平，同时也表明该平台测序结果稳定、可靠。
图6 与H测序平台的一致性比较
高深度
V5 Plus助力肿瘤研究
肿瘤样品往往会存在纯度不足、非整倍体、克隆异质性、低频突变等情况。而常规测序深度，难以检测出这些复杂的突变。提高测序深度可以提高敏感度和准确度，从而准确的找到更多极低丰度的突变，更加清楚地了解肿瘤的亚克隆结构。深度越深，克隆的边界就越明显，更能清楚地描绘克隆的结构（图9）[1]。
图7 不同的测序深度对亚克隆描绘的影响
以对多发性骨髓瘤（multiple myeloma，MM）的亚克隆进化研究为例：高深度全外显子组测序（恶性浆细胞200X(最低140X) vs 非肿瘤对照细胞平均138X）可以清晰的看到有趣的亚克隆进化模式——亚克隆2（紫色）从初始克隆进化，随后是显著的分支进化，产生6个子亚克隆参与MM进展（图10）[2]。
图8 与MGUS（单克隆丙种球蛋白病相关）MM的肿瘤亚克隆进化（患者P04）
促销活动
标准版V5外显子
10G（~70X有效深度），≥48个样品，
999元/样品
适合多种已知疾病的已知基因的筛查、遗传性疾病新基因的探索及大规模复杂类多基因疾病在外显子区域的深入挖掘。
Plus版V5外显子
30G（≥200X有效深度），≥48个样品，
1999元/样品
适合所有标准版的研究内容，更适合肿瘤的低频突变[3]、纯度分析、瘤内亚克隆[4]、及动态进化过程[5]、研究，以及衰老性复杂疾病（如心脑血管疾病[6]、糖尿病、神经系统类疾病[7]等）的体细胞突变研究。
样品类型：
血液、唾液、gDNA、细胞系等；
服务内容：
建库+测序，送提取，送标准分析；
活动时间：
2018年10月8日-11月30日
老客户福利
MGI V4(BGI V4)老客户可免费升级V5版本，
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（截至10月10日14点）
【参考文献】
1. Griffith M, Miller C A, Griffith O L, et al. Optimizing cancer genomesequencing and analysis[J]. Cell systems, 2015, 1(3): 210-223.
2. Dutta A K, FinkJ L, Grady J P, et al. Subclonal evolution in disease progression from MGUS/SMMto multiple myeloma is characterised by clonal stability[J]. Leukemia, 2018:1.
3. Zhang J,Fujimoto J, Zhang J, et al. Intratumor heterogeneity in localized lungadenocarcinomas delineated by multiregion sequencing[J]. Science, 2014, 346(6206): 256-259.
4. Andor N, Harness J V, Mueller S, et al. EXPANDS: expanding ploidy and allele frequencyon nested subpopulations[J]. Bioinformatics, 2013, 30(1): 50-60.
5. Ding L, Ley T J,Larson D E, et al. Clonal evolution in relapsed acute myeloid leukaemiarevealed by whole-genome sequencing[J]. Nature, 2012, 481(7382): 506.
6. Jaiswal S,Natarajan P, Silver A J, et al. Clonal hematopoiesis and risk ofatherosclerotic cardiovascular disease[J]. New England Journal of Medicine, 2017, 377(2): 111-121.
7. Wei W, Keogh M J, Aryaman J, et al. Frequencyand signature of somatic variants in 1461 human brain exomes[J]. Genetics inmedicine: official journal of the American College of Medical Genetics, 2018.
撰稿：雷一鸣
编辑：市场部
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