BGISEQ真核转录组测序V2.0，不只是PE150

“核心技术自己掌握”，多年前看似一句不可能的口号，经过时间的检验，华大自主测序平台从无到有，从有到优，背后是团队秉持信念的坚持，是夜以继日的打磨。

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从首台测序仪，到首款量产测序仪，再到日生产能力最强测序仪。自主测序仪的性能在不断精进，测序结果更加准确。

从首款RNA-Seq的SE50，到真核转录组PE100，再到今天的PE150。产品的品质不只是一个读长的改变，从样品建库到上机测序，从下机数据到信息分析，每个环节丝丝相扣，都被我们一一攻克——

BGISEQ真核转录组PE150测序产品，搭配优化后的长片段文库和Dr. Tom交互式报告系统，建库+测序+分析的1站式组合升级，打造产品5A品质：优质/稳定/高效/安心/自由：

优质：数据质量全方位对标，更优质；

稳定：多物种重复性能如一，更稳定；

高效：建库2天，测序4天，更高效；

安心：无index hopping，更安心；

自由：Dr. Tom个性化分析，更自由。

高品质，用数据告诉您↓↓↓↓

一

BGISEQ真核转录组PE150测序集合多重优点，全方位测评无死角

PE150测序对结构检测和组装长度都有益处。对于有参物种、可变剪接、基因融合鉴定等针对转录本结构的检测更敏感更准确，可检测到更多的变异数目；对于无参物种，转录本组装长度更长，有效减少了碎片片段的数量。

可是长读长带来好处的同时，也可能会引发一些问题。为匹配长读长，就需要延长插入片段，减少测到接头的比率，提高数据有效利用率，但简单地延长插入片段往往会使测序引入随机性偏向等问题。

为此，我们进行了严谨的优化研发，试验各种建库参数，充分检测每个指标，测试了人标品UHRR、大鼠、小鼠、鸡、拟南芥和玉米等多个物种，设置样品建库重复2次，与N平台在同等读长与数据量下进行比较，对下机数据进行全方位测评，结果如何呢？

1、基因组和基因比对率高。多个物种BGISEQ PE150平均基因组比对率89.37%，比N平台高3.02个百分点；基因比对率76.18%，比N平台高0.19个百分点（图1）。

图1 多个物种基因组和基因比对率统计

2、基因与转录本检出数高，检测灵敏度高。多个物种BGISEQ PE150平均比N平台多检出193个基因，956个转录本（图2）。

图2 多个物种基因和转录本检出数统计

3、与qPCR相关性高，定量准确性高。BGISEQ PE150人标品UHRR两个重复与qPCR相关性都高，均大于0.88（图3）。

图3 人标品UHRR两个建库重复与qPCR相关性

4、可变剪切检出数多。PE150读长有利于获得更好可变剪结果，以人标品UHRR、大鼠、小鼠及拟南芥为例，BGISEQ PE150平均比N平台多检出471个可变剪切事件（图4）。

图4 人标品UHRR、大鼠、小鼠及拟南芥可变剪切检出数

5、组装长度和完整性优。PE150读长有利于获得更好组装结果，BGISEQ PE150组装长度与完整性优于N平台，以人标品UHRR为例，组装总长度多15%，N50长度多5%。Duplicate reads比例仅是N平台的一半不到（图5）。

表1 人标品UHRR组装结果统计

表2 Duplication统计表

图5 人标品UHRR组装完整性评价

6、技术重复性高，与N平台间相关性高。各样本BGISEQ PE150均表现很高。以大鼠为例，一个样品建库两次，分别上机测序，建库与测序的技术重复性近乎100%，与N平台相关性高达0.982（图6）。

图6 以大鼠为例的技术重复性和与N平台间相关性

小结：

长文库完美匹配长读长，质量上，多物种多项评测结果均表现优异且稳定；而且，周期上更高效，自动化建库只需2天，PE150测序只需4天。

二

BGISEQ测序平台，安心之选——无index hopping担忧，百余篇文章共同见证

1、道不同，BGISEQ无index hopping担忧

基于ExAmp（排他性扩增）的测序平台（例如HiSeq 3000/4000、HiSeq X Ten以及NovaSeq）的index hopping问题总会让样本戴错帽子^[1-7]，尤其是对那些低表达基因定量、低频突变检测，结果影响更剧烈。对于转录组这种数据量小、一条lane 混合样本数多的产品来说，可能更是一个大问题！且目前转录组尚无很好的改善办法。

从原理上不同，华大自主测序系列平台BGISEQ，利用独特的DNA纳米球（DNB）技术，基于滚环复制（RCR）进行文库扩增，以一个单链模板DNA进行环化建库，在环化步骤中，所有那些非环化的DNA将被消化，且采用线性扩增，扩增错误不会累积，众多拷贝来源于一个模板，不会像桥式PCR一样累积呈指数型放大。

2018年6月11日《bioRxiv》发表了文章^[8]指出BGISEQ仅使用单个index就实现了0.0001％至0.0004％低样本错误分配率。BGISEQ平台的趋于0的index hopping比例，不仅可以有效避免样本的“张冠李戴”，还可保证低表达基因定量的准确性。

图7 文章中图3 BGISEQ平台的index hopping结果

2、百余篇文章发表，顶级期刊认可，共同为BGISEQ测序打Call

BGISEQ平台发表文章已超过115篇，其中转录组和RNA-Seq在《Nature》、《Cell》、《Immunity》、《Nature Neuroscience》、《Cell Research》等顶级期刊都发表了多篇文章。

图8 BGISEQ转录组和RNA-Seq发表过的顶级期刊

三

BGISEQ 真核转录组PE150优质数据，用Dr. Tom做个性化分析，自由有深度

使用Dr. Tom交互式系统，做个性化分析，不仅更自由便捷，更能解决做个性化分析的终极问题——助您更轻松地发现解释生物学问题的核心基因。

图9 Dr. Tom交互式系统特色

文末福利

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全都免费升级！

新组合免费升级：长片段文库+PE150测序+标准及高级信息分析+Dr. Tom 交付和6个月使用权

说明：新签项目价格同BGISEQ PE100。已签BGISEQ PE100项目提供合同编号，可在样品建库前免费升级PE150新组合。

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【参考文献】

[1] Illumina. Effects of Index Misassignment on Multiplexing and Downstream Analysis (white paper). 4 (2017). doi:10.1101/125724.

[2] Macconaill L E, Burns R T, Nag A, et al. Unique, dual-indexed sequencing adapters with UMIs effectively eliminate index cross-talk and significantly improve sensitivity of massively parallel sequencing[J]. BMC Genomics, 2018, 19(1):30.

[3] Sinha, R, Stanley G, Gulati GS, et al. Index Switching Causes “Spreading-Of-Signal” Among Multiplexed Samples In Illumina HiSeq 4000 DNA Sequencing. bioRxiv,125724 (2017). doi:10.1101/125724.

[4] Costello M, Fleharty M, Abreu J, et al. Characterization and remediation of sample index swaps by non-redundant dual indexing on massively parallel sequencing platforms. BMC Genomics, 2018 May 8;19(1):332.

[5] Griffiths J A, Lun A T L, Richard A C, et al. Detection and removal of barcode swapping in single-cell RNA-seq data:[J]. Nature Communications, 2018, 9.

[6] Vodák D, Lorenz S, Nakken S, et al. Sample-Index Misassignment Impacts Tumour Exome Sequencing.[J]. Scientific Reports, 2018, 8(1):5307.

[7] Van der Valk, T, et al. Low rate of index hopping on the Illumina HiSeq X platform. bioRxiv 179028 (2018). doi:10.1101/179028.

[8] Li Q, Zhao X, Zhang W, et al. Reliable Multiplex Sequencing with Rare Index Mis-Assignment on DNB-Based NGS Platform. bioRxiv, 2018: 343137.

撰稿：赵   青

编辑：市场部

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