继《Nature》《Cell》后，BGISEQ RNA-Seq三登《Immunity》| 文献解读

BGISEQ RNA-Seq 最新文章

继《Nature》和《Cell》之后，BGISEQ RNA-Seq继续在打卡大牌期刊的路上狂奔，这次是《Immunity》，而且是多次上墙！

今天科技君和大家一起看看，BGISEQ RNA-Seq在《Immunity》上最新一篇文章的优质数据。👇👇

文章题目：《CCR7 Chemokine Receptor-Inducible lnc-Dpf3 Restrains Dendritic Cell Migration by Inhibiting HIF-1α-Mediated Glycolysis》

发表期刊：《Immunity》

发表时间：2019年2月

影响因子：19.734

研究单位：第二军医大学、中国医学科学院等

文章由第二军医大学的曹雪涛院士团队发表，RNA-Seq和lncRNA测序都由华大提供，其中RNA-Seq采用了BGISEQ平台。

这不是曹院士团队第一次采用BGISEQ平台测序及发文，此前团队在曾《Cell》和《PNAS》发表的文章中，就分别应用过BGISEQ RNA-Seq以及BGISEQ RNA-Seq、ChIP-Seq等产品及相关数据（详情👉 那个当年被嘲笑成小灵通的测序仪，现在怎么样了？）。

研究概述

树突状细胞（DC）是一类重要的天然免疫细胞，其迁移紊乱可导致在炎症部位的过度聚集及活化，引发组织过度炎症或疾病。

此前对于DC迁移的表观调控机制尚缺乏了解，特别是长链非编码RNA在DC迁移及炎症性疾病中的作用未见报道。

曹雪涛院士团队发现天然免疫及炎症调控新靶标——长链非编码RNA lnc-Dpf3，通过抑制树突状细胞糖酵解过程，从而抑制树突状细胞体内迁移及炎症性疾病的发生发展。

图1 研究概要图解

研究结果

主要研究结果有以下3点：

1. 研究团队发现一条新的lncRNA lnc-Dpf3在DC迁移及其介导的炎症性疾病中发挥关键性调控作用。

通过华大提供的lncRNA测序，研究人员发现CCR7刺激12小时的DC中检测到18个lncRNA上调表达（图2A），qRT-PCR验证测序结果（图2B）。RNAi筛选通过qRT-PCR验证出6个上调lncRNA，发现沉默lnc-Dpf3，CCR7介导的DC迁移有力地增强（图2C）。所以，lnc-Dpf3在趋化因子受体CCR7介导的DC迁移过程中表达上调，并能反馈性抑制炎症状态下DC向刺激淋巴组织的迁移。

图2 lnc-Dpf3负调控CCR7依赖的DC迁移

2. 通过制备条件性敲除小鼠，发现lnc-Dpf3基因缺失能导致CCR7介导的DC迁移增强，继而引发小鼠在接触性超敏反应过程中T细胞介导的适应性免疫过度活化及组织炎症损伤加剧。CCR7能抑制DC中lnc-Dpf3 RNA m6A修饰，解除RNA降解从而上调其表达。

3. lnc-Dpf3通过抑制HIF-1α依赖的糖酵解，抑制DC迁移。

CCR7刺激下DC中lnc-Dpf3 沉默或缺陷增强了HIF-1α核转运，但没有影响细胞间总丰度（图3A-D）。研究人员通过BGISEQ RNA-Seq，分析了在CCR7刺激下，沉默lnc-Dpf3的DC与对照的差异，证实了一系列HIF-1α靶标的糖酵解基因，例如Hk1、Ldha和Slc2a1，但不包括Vegfa和Pgk1（图E）。qRT-PCR证实了Ldha结果（图F），并通过代谢组学证实了RNA-Seq结果。所以通过RNA-Seq和代谢组学等研究证实，lnc-Dpf3能够负反馈抑制CCR7介导的HIF-1α活化及糖酵解基因Ldha表达，从而抑制DC的糖酵解水平，最终负向调控CCR7介导的DC迁移和炎症反应。

图3 lnc-Dpf3通过抑制HIF-1α诱导的Ldha转录，抑制DC迁移

该研究有助于解释与树突状细胞过度迁移相关的炎症性疾病的发生机制，为设计和探索疾病新型治疗方法提供了新的思路与依据。

  科技君说  

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撰稿：赵    青

编辑：市场部

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