热心肠日报 | 超强3文，突显闪耀在致病/耐药基因领域的中国人！

今天是第449期日报。

黄海亮等Nature发文：精准定位IBD致病基因突变！

Nature[IF:40.137]

① GWAS分析鉴定出200个IBD相关基因座；② 对67852名个体进行高密度基因分型，精确定位94个IBD相关基因座；③ 精确鉴定出18个相关基因座为单一因果性变异，确定性超过95%，另有27个相关基因座为单一因果性变异的确定性超过50%；④ 上述45个变异中的13个导致蛋白编码改变，3个直接破坏转录因子结合位点，10个是组织特异性的表观遗传标记；⑤ 表观遗传标记型变异在与克罗恩病密切相关的特异性免疫细胞及与溃疡性结肠炎密切相关的肠道黏膜中富集。

Fine-mapping inflammatory bowel disease loci to single-variant resolution

2017-06-28  DOI: 10.1038/nature22969

浙大冯友军等：中国人及猪体内携带耐药基因的细菌新质粒

Microbiome[IF:8.496]

① MCR-1导致的粘菌素耐药性对粘菌素的临床应用造成了极大挑战；② 从中国人及猪的体内分离大肠杆菌中鉴定mcr-1基因，发现了超过10种携带mcr-1基因的质粒，并获得了质粒的完整基因组信息，这些质粒具有多样化的复制不兼容性；③ 在从猪体内分离出的一个菌株中发现了一种新的IncI2/IncFIB混合质粒pGD17-2，该菌株具有粘菌素耐药性；④ ISEcp1与ISApl1两个插入序列造成了mcr-1基因的传播，ATG起始密码子在mcr-1基因中冗余。

Expanding landscapes of the diversified mcr-1-bearing plasmid reservoirs

2017-07-06  DOI: 10.1186/s40168-017-0288-0

中科院土壤所：长期使用粪肥，土壤中耐药基因明显增加！

JOURNAL OF HAZARDOUS MATERIALS[IF:6.065]

① 分别将小麦秸杆、牛粪肥、猪粪肥与化肥联用，在播种小麦-大豆的土地上持续施肥30年；② 与使用化肥相比，长期使用猪粪肥，38种抗生素耐药性基因（ARG）的发生率及7个ARG的丰度明显增加，整合酶基因I1（intI1）明显增加且与土壤ARG丰度高度正相关；③ 厚壁菌门、丙型变形菌纲和拟杆菌的相对丰度与土壤ARG明显相关；④ 粪肥处理的土壤中铜、锌、铅的浓度升高，与intI1及土壤ARG的相对丰度正相关；⑤ 长期使用粪肥（尤其是猪粪肥）可能污染土壤。

Prevalence of antibiotic resistance genes in soils after continually applied with different animal manure for 30 years

2017-06-27  DOI: 10.1016/j.jhazmat.2017.06.059

NEJM：提高饮食质量，降低死亡率！

The New England Journal of Medicine[IF:72.406]

① 选取47994名女性与25745名男性，历时12年，采用交替健康饮食指数、地中海饮食指数、DASH饮食指数评价膳食质量的改变；② 根据三种不同评价指数，相比于膳食质量稳定的个体，膳食质量改善较大的个体全因死亡率的风险比分别为0.91、0.84、0.89；③ 膳食分数每升高20个百分点，3种不同评价指数下的全因死亡率下降8%-17%，心血管疾病死亡风险下降7-15%；④ 12年都保持高质量饮食习惯的人群，3种评价指数下的全因死亡率分别降低了14%、11%和9%。

Association of Changes in Diet Quality with Total and Cause-Specific Mortality

2017-07-13  DOI: 10.1056/NEJMoa1613502

Hepatology：肠道菌群调节老年痴呆药物的肝毒性

Hepatology[IF:13.246]

① 大鼠药代动力学实验证实，反应强烈且转氨酶升高的个体，他克林全身性暴露升高至3.3倍，说明去葡糖醛酸化他克林的肝肠循环增加；② 代谢组学研究提示，肠道菌群活性的改变反映他克林诱导的转氨酶升高；③ 宏基因组学提示，反应强烈的个体去葡糖醛酸化能力更强，与无反应个体相比，β-葡糖醛酸酶的基因丰度增加9%；④ 验证性研究中，口服大肠杆菌来源的β-葡糖醛酸酶，并用万古霉素及泰能预处理，可显著调控他克林诱导的转氨酶升高的敏感性。

The Liver-Gut Microbiota Axis Modulates Hepatotoxicity of Tacrine in the Rat.

2017-06-23  DOI: 10.1002/hep.29327

JP：一文通晓坏死性小肠结肠炎的所有潜在标记物（综述）

The Journal of Pediatrics[IF:3.874]

① 介绍最新发现的坏死性小肠结肠炎（NEC）的生物标记物；② 人类微生物组计划完成后，潜在的NEC生物标记物增加，这些生物标记物的机制可能是：急性期反应体/炎症、组织损伤/保护、脂质代谢/信号转导、混凝/血管损伤、肠道菌群；③ 相比于足月出生的婴儿，早产婴儿的粪便菌群丰度及多样性降低，变形菌门（包括γ-变形菌纲）过度表达，厚壁菌门及拟杆菌门丰度降低，提示肠道菌群组成可作为NEC的生物标记物；④ 尚无NEC生物标记物被应用于临床。

The Microbiome and Biomarkers for Necrotizing Enterocolitis: Are We Any Closer to Prediction?

2017-06-29  DOI: 10.1016/j.jpeds.2017.05.075

IJGC：治疗或剧烈改变恶性妇科肿瘤患者的肠道/阴道菌群！(综述)

INTERNATIONAL JOURNAL OF GYNECOLOGICAL CANCER[IF:2.369]

① 文献检索未发现检验妇科癌症手术或化疗对肠道或阴道菌群的可能影响的研究；② 3个前瞻性队列研究中，有2个评价了胃肠道毒性，8名女性在放疗期间发生了2或3级的腹泻，提示肠道菌群变化和放疗的关系，并显示肠道菌群种类丰富度和多样性下降；③ 在接受放疗前，拟杆菌属、小类杆菌属及韦永氏球菌属丰度较高的患者在放疗后可能发展出腹泻症状；④ 亟需关于妇科癌症治疗的女性阴道和肠道菌群的大型研究，探索癌症治疗与长期胃肠毒性的关系。

Systematic Review: The Impact of Cancer Treatment on the Gut and Vaginal Microbiome in Women With a Gynecological Malignancy

2017-06-06  DOI: 10.1097/IGC.0000000000000999

TG：远古时代的基因，如何才能准确鉴定？(综述)

Trends in Genetics[IF:10.844]

① 古DNA在考古学样本中存在比例极低，环境中的其它物质是较大的干扰因素，需要新的DNA数据获取及分析鉴定方法；② 对最新的DNA鉴定方法进行总结，这些方法可成功分辨出宏基因组数据集中的内生DNA序列及非内生DNA序列；③ 需要选择合适的原始材料，并利用正确的分子生物学实验步骤，使用阴性对照；④ 古DNA中存在大量的C-T转换，是古DNA中最常见的DNA破坏；⑤ 这些方法不仅限于检测古人类及古致病菌的DNA，还可扩展至其它微生物研究领域。

Mining Metagenomic Data Sets for Ancient DNA: Recommended Protocols for Authentication

2017-07-05  DOI: 10.1016/j.tig.2017.05.005

感谢本期日报的创作者：沈志勋，花开，兵兵，Archie

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