热心肠日报500期巨献——50篇必读综述！

今天是第500期日报。

NEJM：一文彻底读懂肠道菌群的超强影响（必读综述+长图）

The New England Journal of Medicine[IF:72.406]

《新英格兰医学杂志》关于肠道菌群的重量级综述：① 开篇解释学术名词并列示菌群分析技术，随后简要介绍人的一生中肠道菌群的变化规律；② 通过图表和文字，充分介绍菌群对健康和疾病特别是免疫力的影响，并阐述饮食和其他环境因素对菌群的作用；③ 附图并详细介绍“共同点”假说，阐述肠道菌群失衡如何影响生理功能和疾病；④ 介绍通过菌群预防和治疗疾病的原理、基础研究和临床实践，列表说明相关领域进展；⑤ 最后强调膳食干预是根本解决之道。

The Human Intestinal Microbiome in Health and Disease

2016-12-15  DOI: 10.1056/NEJMra1600266

一图读懂：肥胖和有效减肥方法（迄今最权威，没有之一）

The New England Journal of Medicine[IF:72.406]

① 当下美国，排名前10的死亡和失能原因中，有7个是肿瘤、糖尿病等慢性疾病，预防和治疗这些疾病必须充分考虑它们与肥胖的关联；② 一些专业组织定义25≤BMI≤30为超重，BMI≥30为肥胖症（疾病），按此标准，有2/3的美国人超重或肥胖，在基层医疗实践中比例则更高；③ 本文系统性介绍：肥胖的危害、原因、应对方法（包括各种饮食、生活方式调整，药物治疗，减肥手术等）；④ 特别关注在临床实践中，如何单独或与慢性疾病结合以应对和管理肥胖。

Mechanisms, Pathophysiology, and Management of Obesity

2017-01-18  DOI: 10.1056/NEJMra1514009

YJBM：肠道菌群影响人体健康的分子机制（综述）

Yale Journal of Biology And Medicine[IF:N/A]

① NIH资助的人类微生物组计划对人类健康十分重要；② 人类微生物组计划的第一阶段完成的初步任务包括：鉴定人体微生物组，并鉴定出人类疾病与微生物多样性之间的联系；③ 在下一步的研究中，需要找到微生物组与疾病相关性的背后机制；④ 本综述关注最新的研究中，肠道菌群影响人体健康的分子机制；⑤ 这些机制包括：共生细菌诱导的氧化还原依赖性细胞信号活化、细胞对细菌产生的短链脂肪酸产生的反应、细菌释放的细菌素的抗致病菌活性。

The Influence of the Gut Microbiota on Host Physiology: In Pursuit of Mechanisms

一图读懂：菌群+生化+分子，开天辟地！(超强Science文，必读)

Science[IF:37.205]

① 肠道微生物对外来化合物的代谢至关重要，它们将各种各样的膳食成分、工业化合物和药物代谢成不同活性、毒性和寿命期的代谢产物；② 这其中的化学机制往往与人体自身的酶有所不同，但以往人类对此知之甚少；③ 随着技术的进步，一些科学家开始进行相关机制的系统性研究，并取得了一系列重要进展；④ 对肠道微生物代谢外来化合物的分子机制的理解，将最终引导个体化医学和营养，指导毒理学风险评估并推动药物发现和研发。

Chemical transformation of xenobiotics by the human gut microbiota

2017-06-23  DOI: 10.1126/science.aag2770

Cell：细菌怎样控制大脑和行为？(长图+综述)

Cell[IF:30.410]

① 神经发育同时受内外信号调控，很多外周信号影响精神疾病的发生；② 在焦虑、抑郁、认知缺陷和自闭症中，肠道与大脑联系密切；③ 在产前和产后，来源于肠道菌群的分子信号等关键环境因素，影响健康且功能健全的大脑发育；④ 肠道菌群影响血脑屏障、髓鞘、神经形成，小胶质细胞成熟等基础性神经发育进程，调控动物的多种行为；⑤ 本文系统讨论神经发育与菌群的生物学交集，探讨肠道细菌如何参与神经系统发育和功能并平衡精神健康与疾病。

The Central Nervous System and the Gut Microbiome

2016-11-03  DOI: 10.1016/j.cell.2016.10.027

Cell：到底怎样能长寿？4张图教你改善代谢！(长图+必读综述)

Cell[IF:30.410]

① 人和微生物组成的超个体是复杂代谢系统，营养素摄入、体力活动和废物利用推动合成和分解反应，并最终决定发育、成熟和衰老；② 代谢产物对生理和病理性衰老起决定作用，随年龄增长，“代谢时钟”的作用会累积，生物适合度降低；③ 先天性缺陷加剧衰老，而极长寿相关基因座也影响代谢，衰老九大标志都与不良代谢改变有关；④ 高热量营养和久坐等西化生活方式，带来不良代谢后果并加剧衰老；能量限制等策略则有多重代谢好处并延长寿命。

Metabolic Control of Longevity

2016-08-11  DOI: 10.1016/j.cell.2016.07.031

Nature医学：菌群与肠外器官的连接机制及影响（长图+综述）

Nature Medicine[IF:29.886]

① 肠道生态系统里数以万亿计的细菌形成一个生物反应器，由饮食中的营养素驱动并生成生物活性物质；② 代谢产物将信号传导到远端器官，使细菌与免疫和激素系统、大脑、宿主代谢及其他生理功能相连接；③ 微生物-宿主通讯对维持生理功能至关重要，菌群与肥胖、炎症性疾病、神经发育障碍有关生理异常等疾病相关；④ 本文系统介绍菌群-宿主相互作用及肠道菌群如何与肠外器官通讯，探讨这对宿主生理学的影响机制，及错误信号如何促成不同疾病。

Signals from the gut microbiota to distant organs in physiology and disease

2016-10-06  DOI: 10.1038/nm.4185

Gut：新的临床前沿——肠道菌群与健康（综述）

Gut[IF:16.658]

这是2015年发表在Gut的经典综述，适合于临床医生阅读：① 肠道菌群像是我们的一个器官，提供了治疗性干预的新路径；② 但更准确的说，肠道菌群更像是免疫系统的一部分，与宿主之间一唱一和，促进健康或是发起疾病；③ 本综述总结代谢及肥胖相关的肠道疾病、肝病、IBD以及大肠癌与肠道菌群的相关性；④ 评估使用抗生素、益生菌、益生元、多元酚以及粪菌移植等方法改变肠道菌群组成的治疗方法。

The gut microbiota and host health: a new clinical frontier

2015-09-02  DOI: 10.1136/gutjnl-2015-309990

NEJM：一图彻底读懂肠易激综合征（IF: 72.4，超级综述）

The New England Journal of Medicine[IF:72.406]

① 肠易激综合征（IBS）是慢性疾病，有时引起失能，严重影响病人生活质量和工作效率；② 传统认为IBS无明显结构或生化异常，新证据表明其具备不同病理生理紊乱，不太可能只是单一疾病或精神（躯体感觉）障碍；③ 罗马IV标准认为IBS是与排便疼痛、粪便次数或形态相关的复发性腹痛，普遍伴有腹胀，有特定发作时间规律；④ 在美国，发病率为7-16%，女性及年轻人居多，其带来巨大医疗负担，准确诊断、减少侵入性检查、推荐有效治疗方法，都很必要。

Irritable Bowel Syndrome

2017-06-29  DOI: 10.1056/NEJMra1607547

一图彻底读懂：利用菌群精准诊疗癌症 (必读)

Frontiers in Physiology[IF:4.134]

① 尽管针对癌症的高通量测序技术蓬勃发展，但癌症的个体化治疗仍面临巨大挑战；② 肠道菌群失调已被证明与癌症等复杂性疾病的成因与演化有关，这被认为是精准诊断和治疗癌症的可靠新方向；③ 微生物组研究整合了临床认知、高通量测序数据、生物信息学和系统生物学策略，拓展了精准医学概念中个体化治疗癌症的新视野；④ 本文系统性总结相关领域最新进展：揭开微生物和癌症相关性的测序和代谢组分析技术、计算方法和系统生物学解决方案。

Host-Microbiome Interaction and Cancer: Potential Application in Precision Medicine

2016-12-09  DOI: 10.3389/fphys.2016.00606

Nature：肠道菌群到底如何调节人体的代谢？(综述)

Nature[IF:40.137]

① 通过动物模型和人身上的研究，肠道菌群与肥胖有关的机制已近浮出水面；② 越来越多研究说明肠道菌群是饮食影响宿主代谢状态的调节子；③ 目前，人类关注的焦点是：建立相关因果关系，探索个体化营养等干预疗法的前景；④ 本文介绍膳食纤维、短链脂肪酸、菌群代谢产物、炎症和饮食、干预手段等内容。

Diet–microbiota interactions as moderators of human metabolism

2016-07-06  DOI: 10.1038/nature18846

Nature Reviews：一图读懂食物+菌群如何影响大肠癌（综述）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF:13.678]

① 越来越多证据表明，肉类增加大肠癌风险，而膳食纤维抑制风险；② 肠道菌群发酵食物残留并产生丁酸等短链脂肪酸，这为它们自己提供能量，也满足结肠和人身体的代谢所需；③ 丁酸通过对免疫力、基因表达和表观遗传调节的影响，维持肠黏膜紧密度并抑制炎症和癌变；④ 菌群也代谢蛋白质残留和脂肪刺激的胆汁酸，生成炎症和/或致癌代谢物，增加肿瘤风险；⑤ 本综述系统性讨论这些微生物代谢产物作用的背后机制，并探讨通过饮食预防大肠癌的可能性。

Diet, microorganisms and their metabolites, and colon cancer

2016-11-16  DOI: 10.1038/nrgastro.2016.165

Nature Reviews：一图读懂呼吸道菌群（必读综述）

Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]

① 从鼻孔到肺泡，呼吸道的每个特定位置上都定殖有细菌群落；② 呼吸道菌群扮演着抵抗病原体定殖的看门人角色，也可能参与呼吸道生理学和免疫功能成熟与稳态维持；③ 驱动呼吸道微生物群落发育的生态和环境因子、群落如何影响呼吸道健康以及呼吸道菌群在宿主生理学中的功能是当下研究热点；④ 本文系统性介绍支持在维持人体健康中呼吸道菌群的生理作用的流行病学、生物学和功能证据。

The microbiota of the respiratory tract: gatekeeper to respiratory health

2017-03-20  DOI: 10.1038/nrmicro.2017.14

Cell：少吃点，别营养不良，能健康长寿！（综述）

Cell[IF:30.410]

① 减少食物摄入并防止营养不良在各种动物模型及人类中可缓解衰老及衰老相关疾病；② 近期研究发现，进食时间十分关键，在不改变营养摄取的情况下，间断式禁食及调整后的 31 48533 31 15288 0 0 1948 0 0:00:24 0:00:07 0:00:17 3064 31 48533 31 15288 0 0 1738 0 0:00:27 0:00:08 0:00:19 3074 31 48533 31 15288 0 0 1494 0 0:00:32 0:00:10 0:00:22 2703 31 48533 31 15288 0 0 1442 0 0:00:33 0:00:10 0:00:23 3171 31 48533 31 15288 0 0 1305 0 0:00:37 0:00:11 0:00:26 3101符合昼夜节律的饮食对健康有益；③ 减少摄入某些特定营养成分（例如蛋白质及某些特定氨基酸）比减少总卡路里摄入更关键；④ 营养对体内菌群的调节也十分重要，饮食对菌群有着长期（包括代际间）的效应；⑤ 介导对饮食的响应的代谢、分子、细胞机制还有待研究。

Promoting health and longevity through diet: from model organisms to humans

2015-03-26  DOI: 10.1016/j.cell.2015.02.020

Cell：膳食纤维和短链脂肪酸，相当重要！(综述)

Cell[IF:30.410]

膳食纤维和短链脂肪酸的纲领性综述：① 越来越多研究表明微生物产生的代谢产物，是影响宿主的关键性因素；② 短链脂肪酸无疑是其中最主要的一类细菌代谢产物；③ 它们能直接激活G蛋白偶联受体，抑制组蛋白去乙酰化酶，并能作为能量物质；④ 由此它们能影响许多生理学进程并对健康和疾病产生影响。

From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites

2016-06-02  DOI: 10.1016/j.cell.2016.05.041

自然综述：肠道菌群、代谢产物与宿主免疫（必读！）

Nature Reviews Immunology[IF:39.932]

肠道菌群与免疫重要综述：① 新技术发展使得越来越多免疫学家进入到宿主-菌群相关研究；② 菌群的组成、代谢产物不仅影响免疫稳态，也影响宿主对许多免疫介导疾病的敏感性；③ 本综述充分介绍了各种研究菌群的新技术和计算方法；④ 特别关注特定的微生物代谢产物、细菌组分与免疫系统的关系。

Gut microbiota, metabolites and host immunity

2016-05-27  DOI: 10.1038/nri.2016.42

Nature子刊：菌群如何促癌或抗癌（长图+综述）

Nature Microbiology[IF:N/A]

① 越来越多研究关注菌群（尤其指肠道菌群）如何为宿主系统提供微环境以促进或阻止肿瘤生成；② 菌群在宿主生理中行使核心作用，而生活方式、饮食和炎症等已知的肿瘤风险因素可直接影响菌群；③ 菌群在癌变中的广泛影响及对立角色，有助于描绘微生物和宿主之间复杂而又矛盾的关系，并可能有利于有效疗法的开发；④ 本综述系统介绍菌群的促癌和抗癌作用，并强调微生物在抑制肿瘤生成中的治疗潜力。

Carcinogenesis and therapeutics: the microbiota perspective

2017-02-22  DOI: 10.1038/nmicrobiol.2017.8

TM：人如何改善饮食，才能与微生物和谐共生？(长图+综述)

Trends in Microbiology[IF:11.020]

① 西方生活方式的流行伴随着微生物的改变，这是慢性、非传染性、免疫相关疾病的诱因；② 了解个体菌群有助于最优化饮食干预，个性化饮食定制是获得最佳效果的首要前提；③ 肠道微生物组的新技术和方法，促进鉴定出源于微生物并与健康相关的代谢产物；④ 这些分子将引导下一代益生菌的选择和膳食推荐，也可最优化原住肠道菌群的效率；⑤ 维持肠道生态系统运行良好和促进健康的解决方案应该是个体化的、美味可口并且是尽可能广泛适用的。

Rethinking Diet to Aid Human–Microbe Symbiosis

2016-10-27  DOI: 10.1016/j.tim.2016.09.011

Nature Medicine：幼儿菌群如何影响健康？(必读综述)

Nature Medicine[IF:29.886]

新生儿菌群纲领性文献：① 基因、胎内环境、分娩方式等塑造菌群；② 抗生素、饮食、益生菌、膳食补充剂、环境及基因影响菌群；③ 菌群对免疫系统发育至关重要，并与各种代谢和自身免疫性疾病发生有关；④ 在疾病发生不同阶段，分别可用预防接种、饮食干预、抗生素、微生物移植等方法来预防和治疗。

The microbiome in early life: implications for health outcomes

2016-07-07  DOI: 10.1038/nm.4142

Cell子刊：一图读懂免疫-代谢-菌群对话的分子机制（必读）

Cell Metabolism[IF:18.164]

① 免疫系统不仅在抗感染和抗肿瘤保护中发挥作用，而它在调节系统性代谢平衡中的作用被越来越多了解；② 在人的一生中，免疫和代谢系统之间的对话对促进代谢健康很关键，并在适应变化莫测的的环境和营养条件时发挥基础性作用；③ 扰乱免疫-代谢之间的复杂相互作用，会促进代谢状态的改变趋势，并可能发展成营养不良、2型糖尿病以及其他代谢综合征特征；④ 宿主基因、营养状况以及肠道菌群都是免疫-代谢相互作用的调节因素。

The Role of the Immune System in Metabolic Health and Disease

2017-03-07  DOI: 10.1016/j.cmet.2017.02.006

Circulation：一图读懂肠道菌群到底如何促进心血管疾病

Circulation[IF:19.309]

① 肠道菌群失调与众多慢性病相关，被充分研究的三甲胺/氧化三甲胺通路已被证明与心血管疾病发生有关；② 本文是这方面研究的开拓者，美国克利夫兰医学中心心血管内科的W. H. Wilson Tang和Stanley L. Hazen对自身和其他团队相关工作的简要总结；③ 其中的图清晰地展示了食物中的胆碱、卵磷脂等如何被一步步代谢为三甲胺和氧化三甲胺并影响巨噬细胞、内皮细胞和血小板的活性并进而引起终端器官病变；④ 也简要介绍了研究局限性和未来的方向。

The Gut Microbiome and Its Role in Cardiovascular Diseases

2017-03-13  DOI: 10.1161/CIRCULATIONAHA.116.024251

Nature子刊：一图读懂菌群-免疫-神经互作（必读综述）

Nature Neuroscience[IF:17.839]

① 肠道菌群在调节大脑发育和行为中起核心作用，免疫系统是这些相互作用的重要调节因素；② 肠道微生物调节驻留于中枢神经系统的免疫细胞的成熟和功能，且影响能调节神经炎症反应、大脑损伤、自身免疫和神经生成的外周免疫细胞的活化；③ 肠道微生物和免疫系统都涉及自闭症、抑郁症和阿尔兹海默症等神经发育、精神性和神经退行性疾病的发病机理和表现；④ 本文系统阐述在菌群-肠道-大脑之间通讯中，驻留在中枢神经系统或外周的免疫通路。

Interactions between the microbiota, immune and nervous systems in health and disease

2017-01-16  DOI: 10.1038/nn.4476

一图读懂：坏营养促癌！好营养防癌抗癌！！(Nature子刊必读综述)

Nature Immunology[IF:21.506]

① 能量过剩和久坐的生活方式、高脂高糖的西式饮食易致癌，其中机制错综复杂，包括但不限于：增加炎症反应、减少免疫监视、增加致病代谢产物或营养因子等；② 改善营养质量和数量或利用特定的宏量/微量营养素，或都有助于肿瘤的预防和治疗；③ 在以往，相关机制研究主要是体外实验，或采用有免疫缺陷的小鼠作为模型；④ 未来，应重视构建定殖了人源化菌群的免疫活性小鼠模型，临床试验也应采用先进的免疫检测方法来获得令人信服的结果。

Nutrition, inflammation and cancer

2017-07-19  DOI: 10.1038/ni.3754

CR：最新最全的菌群入门读本（吐血推荐）

Cancer Research[IF:9.122]

这是迄今为止，最全面介绍菌群的单一文章：① 从菌群如何维持宿主健康和菌群分类学相关内容开始，全面介绍婴儿期菌群以及菌群与衰老、免疫功能、肥胖和心血管疾病等慢性疾病、行为和精神健康的关系；② 强调幼儿早期的菌群建立对之后的健康至关重要，在这其中对免疫系统的训练和宿主免疫耐受极为关键；③ 介绍有益微生物如何抵御病原体，菌群如何影响肠黏膜屏障和肠道炎症；④ 特别重篇幅介绍菌群与肿瘤的关系、通过细菌治疗肿瘤的方法等内容。

The Host Microbiome Regulates and Maintains Human Health: A Primer and Perspective for Non-Microbiologists

2017-03-14  DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-16-2929

40分强文：一图读懂母亲菌群&营养如何塑造孩子免疫系统！

Nature Reviews Immunology[IF:39.932]

① 未出生的胎儿暴露在大量母亲菌群的代谢产物中；② 肠道菌群组成表现出很强的个体化特征，且受到包括营养在内的环境因素影响；③ 母亲菌群可代谢饮食组分、药物及毒素，代谢产物可被传递给发育中的胎儿或母乳期的新生儿；④ 本综述讨论了营养、母亲菌群及摄入的化学物质之间的复杂互作，总结了这些因素对后代免疫系统的影响；⑤ 例如，母亲受到的压力（包括LPS、营养不良等）通过诱导促肾上腺皮质激素的释放而弱化后代的免疫系统。

How nutrition and the maternal microbiota shape the neonatal immune system

2017-06-12  DOI: 10.1038/nri.2017.58

Cell：一图读懂代谢控制中的肠脑轴（必读综述）

Cell[IF:30.410]

关于肠脑轴影响代谢控制的必读综述：① 人类的能量代谢偏爱于肥胖而非瘦弱，美味、易得和高热量食物导致前所未有的的肥胖及相关代谢疾病共流行，而传统生活方式干预似乎对此束手无策；② 近期的一些研究，鉴定出一些帮助大脑和胃肠道系统通讯以控制能量平衡的分子信号通路，同时对减肥手术效果相关分子机制也有了新见解；③ 或许可以乐观地认为：模拟、增强和/或调节肠-脑信号的精准新药会在阻止肥胖和2型糖尿病流行中具有前所未有的潜力。

Gut-Brain Cross-Talk in Metabolic Control

2017-02-23  DOI: 10.1016/j.cell.2017.01.025

Cell子刊：一图读懂研究营养-菌群-生理的方法（必读）

Cell Metabolism[IF:18.164]

① 营养学对塑造任何一方面的动物生物学都是最重要的，此外，肠道菌群对生理学的影响也被广为认知；② 假定饮食也塑造肠道菌群，那么关于营养环境和菌群如何一起影响动物生理学的研究会成为全新领域的核心问题；③ 本文总结近期利用动物模型和人身上的相关研究，并提出能定义饮食-生理学-菌群系统研究界限并最终与人体健康相关联的整合性框架；④ 营养几何学在这个框架中占据核心地位，并提供了定义最适于个体和人群的饮食组成的手段。

Integrative Physiology: At the Crossroads of Nutrition, Microbiota, Animal Physiology, and Human Health

2017-03-07  DOI: 10.1016/j.cmet.2017.02.001

Nature Reviews：菌群到底如何影响动脉硬化？(长图+综述)

Nature Reviews Cardiology[IF:14.299]

系统总结菌群影响动脉粥样化形成的三条路径：① 病灶处或远端的感染可能造成有害炎症响应，加剧斑块发展或触发斑块破裂；② 肠道菌群代谢胆固醇和脂肪会影响动脉粥样硬化斑块发展；③ 被菌群代谢的饮食和特定成分可能会对动脉粥样硬化有不同影响，如膳食纤维是有益的，而细菌代谢产物三甲胺则被认为是有害的；④ 尽管一些特定细菌分类被认为与动脉粥样硬化有关，但关于肠道菌群是如何促进动脉粥样硬化和心血管疾病的几个关键性问题仍待解答。

Role of gut microbiota in atherosclerosis

2016-12-01  DOI: 10.1038/nrcardio.2016.183

NRI：一图读懂菌群如何塑造免疫系统（综述）

Nature Reviews Immunology[IF:39.932]

关于肠道菌群（失调）与免疫系统的纲领性文献：① 肠道菌群失调与众多疾病有关，但阐述其间的机制以及因果性的宿主-菌群关联都还不算明确；② 本文探讨微生态失调的概念以及它们与免疫学的关联、细菌失调的原因与后果以及它们在常见疾病分子病因学中的作用、对合理设计新疗法的影响；③ 对生态失调缘起、它的内生和外在调节进程、其对下游通路影响的分子水平理解，有助于开发靶向微生物组以应对许多常见自身免疫性疾病的疗法。

Dysbiosis and the immune system

2017-03-06  DOI: 10.1038/nri.2017.7

Nature Reviews：肠肺相连，靶向肠道菌群治疗肺部疾病（必读综述）

Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]

① 菌群对免疫系统发育和体内稳态至关重要；② 呼吸道和肠道微生物组成和功能的改变（被称为“失调”），近来被认为与免疫响应的变化和肺部疾病的发生和发展有联系；③ 本文综述总结了：在健康的胃肠道和呼吸道中常见的微生物物种，它们在疾病中的失调以及与肠-肺轴的相互作用；④ 虽然肠-肺轴才刚刚开始被认识和理解，新的证据表明存在靶向操控肠道菌群以治疗肺部疾病的潜力。

Emerging pathogenic links between microbiota and the gut–lung axis

2016-10-03  DOI: 10.1038/nrmicro.2016.142

Science：一图读懂糖尿病和肥胖的发生机制（综述）

Science[IF:37.205]

① 社会与经济因素影响二型糖尿病及肥胖在人群中的分布情况；② 这些因素在易感人群中起作用，遗传因素与环境因素共同影响个人易感性；③ “西方化”的生活方式可能是罪魁祸首，但找到最关键的与疾病有因果关系的环境因素十分重要；④ 本综述介绍了对二型糖尿病及肥胖的遗传基础的研究，可通过这些研究找到引起疾病的非遗传因素。

Exposing the exposures responsible for type 2 diabetes and obesity

2016-10-07  DOI: 10.1126/science.aaf5094

Nature Reviews：一图读懂细菌影响化疗的所有已知机制（必读）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF:13.678]

① 肠道菌群通过促进药效、清除和损害抗癌效果及降低毒性来调节宿主对化疗药物的响应；② 肠道细菌与化疗药物（5-氟尿嘧啶、环磷酰胺、伊立替康、奥沙利铂、吉西他滨、氨甲喋呤）、抗PD-L1和抗CTLA-4等靶向性免疫疗法的药理作用关系密切；③ 可用TIMER总结相关机制：易位（T）、免疫调节（I）、代谢（M）、酶降解（E），多样性降低与生态变化（R）；④ 肠道菌群将在个体化治疗策略中占重要地位，是改善化疗疗效并降低化疗药物毒性的良好靶标。

Gut microbiota modulation of chemotherapy efficacy and toxicity

2017-03-08  DOI: 10.1038/nrgastro.2017.20

李松林+陈虎彪等：草药与菌群如何互作？(综述)

MEDICINAL RESEARCH REVIEWS[IF:8.763]

① 草药对人体健康、治疗和预防疾病有很大潜在作用，但人们对相关科学基础知之甚少，这可能堙没它们的价值并阻碍草药现代化；② 越来越多证据表明肠道菌群通过与草药成分的互作，在草药疗法中起重要作用；③ 草药可能改变肠道菌群的组成，改善肠道菌群失调；④ 肠道菌群可能将草药中的化学成分转化为有不同生物活性/毒性及不同生物利用度的代谢产物，也可能介导草药的不同成分之间的相互作用；⑤ 本文首次对草药与肠道菌群的互作进行系统阐述。

Understanding the Molecular Mechanisms of the Interplay Between Herbal Medicines and Gut Microbiota

2017-01-04  DOI: 10.1002/med.21431

TM：研究肠道微生物组，都有哪些新兴技术？(必读综述)

Trends in Microbiology[IF:11.020]

① 系统总结90年代以来肠道菌群研究的技术发展历程；② 下一代测序技术：彻底改变了确定微生物种类、它们在健康和疾病中角色的研究方法；③ 新培养技术：许多之前不能培养的微生物现在得以培养，得以洞察群落的动态和网络关系；④ 干细胞和组织工程技术：类器官构建成为现实，助力经济的、高通量的微生物组研究；⑤ 菌群干预技术：益生元、益生菌、噬菌体、粪菌移植等成为塑造微生物群落组成和功能、预治疾病的新工具。

Emerging Technologies for Gut Microbiome Research

2016-07-15  DOI: 10.1016/j.tim.2016.06.008

Nature Reviews：彻底理解粪菌移植的机制（综述）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF:13.678]

① 粪菌移植治疗艰难梭菌感染的可能机制有：移植的细菌直接与艰难梭菌进行竞争；结肠次级胆汁酸代谢的恢复；通过促进粘膜免疫系统而对肠道屏障进行修复；② 粪菌移植也对其他疾病有潜在的应用前景，比如对抗在抗生素治疗的选择压力下其他难治的病原体；③ 在一些特定的失衡条件下，粪菌移植也可以考虑用于多种慢性疾病；④ 仍需大量研究以证明粪菌移植的方法和效果。

Understanding the mechanisms of faecal microbiota transplantation

2016-06-22  DOI: 10.1038/nrgastro.2016.98

Nature Reviews：全新的益生元定义和范围！(必读综述)

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF:13.678]

① 2016年12月，国际益生菌与益生元科学协会（ISAPP）发布共识声明，更新了益生元的定义和范围；② 对益生元的新定义是：能够被宿主体内的菌群选择性利用并转化为有益于宿主健康的物质；③ 新的定义扩展了益生元的概念，包括可能的非碳水化合物物质，可应用于胃肠道外的身体其它部位，并且益生元的类型不再仅限于食物；④ 共识声明的目的在于促使利益相关者合理地使用“益生元”这一用语；⑤ 最后，本文回顾了益生元的发展、益生作用及相关立法。

Expert consensus document: The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of prebiotics

2017-06-14  DOI: 10.1038/nrgastro.2017.75

一文读懂：菌群代谢产物如何影响健康及免疫系统（综述）

Cell Metabolism[IF:18.164]

① 免疫细胞的发育及行为很大程度上依赖于菌群代谢产物；② 肠道细菌可将饮食中的组分转化为免疫调节代谢产物：降解纤维素产生的短链脂肪酸具有抗炎症作用；③ 肠道细菌可对宿主的代谢产物进行生化修饰：将初级胆汁酸转化为次级胆汁酸，转化过程中产生的牛磺酸可提升粘膜上皮的完整性，而胆汁酸可抑制促炎症因子的释放；④ 肠道菌群从头合成的代谢产物ATP及多糖A对免疫系统也有关键的调节作用。⑤ 本综述重点关注调控肠道-免疫轴的分子机制。

Understanding the Holobiont: How Microbial Metabolites Affect Human Health and Shape the Immune System

2017-07-05  DOI: 10.1016/j.cmet.2017.05.008

TEM：全面解析菌群、慢性病和免疫（必读综述）

Trends in Endocrinology and Metabolism[IF:10.893]

① 慢性炎症性疾病是如今世界上造成死亡的最重要原因；② 免疫系统引起的炎症在疾病的发病中起到关键作用，环境因素及细胞机制在疾病发展中也扮演了重要角色；③ 许多慢性炎症性疾病与菌群的失调相关，菌群失调导致的菌群代谢产物改变可诱发局部及全身性炎症；④ 本综述讨论了菌群的变化通过对免疫系统的影响而在慢性疾病中的作用。

Linking the Microbiota, Chronic Disease, and the Immune System

2016-09-09  DOI: 10.1016/j.tem.2016.08.003

Nature Reviews：菌群是肿瘤治疗的关键组织者（必读综述）

Nature Reviews Cancer[IF:37.147]

这是关于菌群与肿瘤治疗的阶段性纲领性文献：① 菌群参与肿瘤的起始、发展和扩散三个阶段，这不仅在上皮屏障也在无菌器官中发生；② 菌群尤其是肠道菌群能调节肿瘤治疗的响应和对毒副作用的敏感性，这已经在近期变得越来越明确；③ 本综述讨论菌群调节化疗、放疗和免疫疗法的能力的相关证据，特别关注其间涉及的微生物物种；④ 并介绍相关作用机制以及靶向菌群以提高抗癌疗效而防止毒性的可能性。

Microbiota: a key orchestrator of cancer therapy

2017-03-17  DOI: 10.1038/nrc.2017.13

Nature Reviews：菌群用于临床，还远未成熟（长图+重磅观点）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF:13.678]

① 新技术带来微生物组特别是肠道微生物组（菌群）研究的蓬勃兴起，动物实验表明菌群可能与疾病和健康密切相关；② 但除少数例外，现在下菌群改变与人体疾病发病机理的因果性结论还为时尚早；③ 健康菌群应该是怎样的仍不明确，所谓的异常微生物特征可能夹带了众多混杂因素；④ 将菌群用于临床还远未成熟，为此本文除了介绍从临床角度如何认识菌群与疾病和健康的关系，还特别提出未来研究的方向，以及在临床建立菌群与疾病发生因果关系的实现方法。

Gut microbiome as a clinical tool in gastrointestinal disease management: are we there yet?

2017-03-30  DOI: 10.1038/nrgastro.2017.29

Martin J Blaser：一文读懂母婴菌群的特点（最新，必读）

Cell Host & Microbe[IF:14.946]

① 人类与微生物共进化，进化让适应性增强，生态破坏降低人和微生物组的适应性；② 孕早期和晚期，肠道菌群明显变化，顺产婴儿出生后有三类先锋细菌在肠道占优；③ 未怀孕妇女阴道中一般有4种乳酸杆菌的一种为优势菌，怀孕后优势更明显；④ 子宫里是否有细菌仍不确定，最新一项严格设计的研究认为没有；⑤ 剖腹产和孕期抗生素会破坏婴儿菌群的正常建立；⑥ 很多研究在美国，未来还需要有更多地区的研究，也需要有更多能帮助后代建立菌群的研究。

The Human Microbiome before Birth

2016-11-09  DOI: 10.1016/j.chom.2016.10.014

Gut：一文彻底读懂菌群研究带给营养科学的革命！(必读综述)

Gut[IF:16.658]

① 菌群研究带来营养科学的革命，促进流行病学观察走向机制研究；② 代表性研究有：膳食纤维对疾病的预防、高度限制饮食的危害及菌群与营养过剩和不良的联系；③ 菌群向宿主传递营养信号，而食物组成和多样性决定哪些微生物会定殖、繁衍、持续或灭绝；④ 单一化饮食致菌群多样性下降，而这与非正常衰老及虚弱、感染和炎症风险相关；⑤ 菌群研究促使人类重新审视膳食指南的制定，促进婴儿和其他配方食品的开发，并可能真正使个体化营养成为现实。

Feeding the microbiota: transducer of nutrient signals for the host

2017-04-27  DOI: 10.1136/gutjnl-2017-313872

TFST：肠道菌群及代谢物如何影响肥胖和糖尿病？(综述)

Trends in Food Science & Technology[IF:5.191]

① 肠道菌群组成及代谢产物的改变影响了宿主的代谢，是许多代谢疾病（如肥胖及2型糖尿病）的基础；② 肠道内分泌细胞（EEC）感知肠腔内物质并分泌激素来调节葡萄糖及脂质代谢进而影响饱腹感；③ 肠道菌群代谢产物显著影响了EEC的功能；④ 本综述讨论了肠道菌群及其代谢产物在肥胖及2型糖尿病发病中的作用；⑤ 越来越多的证据表明肠道菌群及其代谢产物可调节EEC的激素分泌功能，从而调节食欲及胰岛素分泌。

Interplay between gut microbiota, its metabolites and human metabolism: Dissecting cause from consequence

2016-08-26  DOI: 10.1016/j.tifs.2016.08.009

Cell子刊：肝脏对宿主-菌群互作有何核心作用？(长图+前景展望)

Cell Host & Microbe[IF:14.946]

① 肝脏从肠道、脾脏、心脏接收血液，对中间代谢、胆汁分泌、维持血液无菌、血清内稳态、异生物质解毒和免疫活动等生理功能有核心作用；② 肝脏清除渗透进血的微生物，代谢肠道微生物合成或改造的异生物质，同时菌群调节胆汁酸传递的信号；③ 作为激素的胆汁酸，结合其他不同微生物分子对代谢控制无处不在的影响，强力塑造了肝脏代谢；④ 此外，肠道微生物代谢产物能被定居在肝脏的免疫细胞感知，这可能破坏肝脏稳态，导致纤维化和肝癌。

The Liver at the Nexus of Host-Microbial Interactions

2016-11-09  DOI: 10.1016/j.chom.2016.10.016

Science：抗生素是一把“四刃剑”！（综述）

Science[IF:37.205]

抗生素是一把“四刃剑”；前两者在抗生素刚被发现时就为人所知：① 帮助对抗细菌的感染；② 防止病原菌在人群和环境中扩散；而后两者则是危机：③ 细菌对抗生素产生抗性，减弱抗生素的治疗效果；④ 而且最近人们才意识到，抗生素的使用对人体内的正常肠道菌群也带来负面作用，进而影响人体健康。

Antibiotic use and its consequences for the normal microbiome

2016-04-29  DOI: 10.1126/science.aad9358

Cell：菌群和和抗肿瘤免疫监视（必读综述）

Cell[IF:30.410]

纲领性综述：① 抗肿瘤免疫反应是自身免疫力，被菌群深度影响；② 菌群直接参与抗肿瘤免疫监视，也能通过全身性作用影响远端；③ 机制可能涉及三因素的交叉响应：菌群、能塑造T细胞角色的肿瘤抗原、能刺激模式识别受体（影响免疫反应类型和强度）的微生物产物；④ 菌群也影响治疗带来的免疫反应。

Microbiome and Anticancer Immunosurveillance

2016-04-07  DOI: 10.1016/j.cell.2016.03.001

Nature Reviews：肠道菌群如何调节动物食欲？(必读综述)

Nature Reviews Endocrinology[IF:18.318]

① 动物们喂养它们的肠道细菌，这些细菌完全依赖于宿主来提供营养素，以维持生长及保持细菌群落；② 进食后，头部反射介导的营养素分泌到肠道，并通过肠道荷尔蒙的分泌激活肠道-大脑饱腹通路；③ 向常规培养的细菌提供营养素，或在营养物质进入到结肠后，会刺激细菌快速生长，并能维持20分钟；④ 营养素引起的细菌生长动力学，类似于食物引起的肠道饱腹荷尔蒙（如PYY）的分泌动力学；⑤ 依赖于生长期的细菌分子和代谢产物，调节饱腹荷尔蒙的肠道分泌；⑥ 全身性细菌分子直接激活中枢食欲通路，这可能使宿主和肠道菌群的能量状态一体化。

Role of the gut microbiota in host appetite control: bacterial growth to animal feeding behaviour

2016-09-12  DOI: 10.1038/nrendo.2016.150

Cell：人和微生物，和谐共生的好伙伴？

Cell[IF:30.410]

阐述有益微生物如何与人和谐共生携手进化：① 它们寻求自己的适合度，同时促进人的健康和适合度；② 它们有如病原体的模式和行为，但实际在推动宿主的耐受抵抗策略；③ 方式有：占据特定生态位、满足宿主代谢需求、调节炎症等；④ 免疫状态、基因、食物以及在身体的分布，决定了微生物能否致病。

Cooperative Microbial Tolerance Behaviors in Host-Microbiota Mutualism

2016-06-02  DOI: 10.1016/j.cell.2016.05.049

Nature Reviews：植物和蘑菇对抗肥胖和糖尿病的分子机制（综述）

Nature Reviews Endocrinology[IF:18.318]

① 许多植物和蘑菇（如灵芝）在传统中医中被应用，在保健品中也常见，它们包含抗氧化剂、纤维和其他植物化学物质，并通过对不同细胞和生理通路的调节以实现抗肥胖和抗糖尿病效果；② 这些效果包括：降低食欲，调节脂质吸收和代谢，增强胰岛素敏感性，生热作用和改变肠道菌群；③ 本综述系统介绍这些植物和蘑菇能够抗肥胖和抗糖尿病的分子机制，并提出将这些食物与已有的抗肥胖方法结合有助于减少肥胖及其并发症。

Anti-obesogenic and antidiabetic effects of plants and mushrooms

2016-09-16  DOI: 10.1038/nrendo.2016.142

TM：婴儿发育，要经过哪些细菌和病毒里程碑？(必读综述)

Trends in Microbiology[IF:11.020]

① 比起成年人，婴儿肠道细菌和病毒组更为动态，跨物种交流频繁，这影响婴儿发育过程，也决定健康或疾病；② 肠道细菌定植增殖过程，伴随着噬菌体群体的收缩；③ 细菌和病毒都受饮食、环境和母体条件的影响；④ 幼年微生物组发展轨迹可预判后期发育过程，早年菌群发育不良可能带来后期众多不良健康后果。

The Bacterial Microbiome and Virome Milestones of Infant Development

2016-06-28  DOI: 10.1016/j.tim.2016.06.001

感谢本期日报的创作者：热心肠先生，沈志勋，花开，高学敏

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