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2月份最亮
单细胞测序相关文献
二月份搜集到单细胞测序相关文献43篇（IF>9），下面列出具体信息，一起看看有没有您关注的研究方向，可提供相关原文。
精选高分文献
Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids. Nature. 2020.
摘要：
类原肠胚是胚胎干细胞的三维聚集体，在着床后表现出哺乳动物发育的关键特征，包括胚层分化和轴向组织。目前为止，只有少数基因在原肠胚中的表达模式在显微镜下得到研究，并且还不清楚类原肠胚中的全基因组表达模式在多大程度上模仿了胚胎中的表达模式。在这里，作者使用单细胞RNA测序和空间转录组学来比较小鼠类原肠胚和小鼠胚胎，鉴定了各种先前未知的类原肠胚细胞类型，并表明体节发生的关键调控因子在胚胎和类原肠胚之间表达相似。利用活体成像技术，作者证明了体节发生钟在类原肠胚中是活跃的，并且具有与活体相似的动力学。因为类原肠胚可以大量生长，所以作者进行了一个小筛选，揭示了FGF信号的降低是如何诱导胚胎出现短尾表型的。最后，作者证明了在基质胶中包埋会诱导类原肠胚产生具有正确头尾模式的体节，这些体节随着时间的推移以从到后的方向依次出现。因此，这项研究显示了类原肠胚作为模型系统的能力，其能够以高通量方式研究体外发育和体节发生。
Peripheral T cell expansion predicts tumour infiltration and clinical response [published online ahead of print, 2020 Feb 26]. Nature. 2020.
摘要：
尽管阻断PD1与其配体PDL1相互作用的抗体在癌症治疗中取得了巨大的临床成功，但所涉及的机制仍不清楚。了解T细胞在肿瘤免疫中的起源和命运的一个主要限制是缺乏关于癌症患者个体克隆型T细胞分布的定量信息。在这里，通过对不同类型癌症患者的RNA和T细胞受体进行深入的单细胞测序，作者调查了癌、癌旁和外周血中不同群体的T细胞和T细胞受体的分布情况。作者发现效应型T细胞不仅在肿瘤内而且在正常邻近组织中呈克隆性扩张的明确证据。具有这种克隆型扩增基因特征的患者对抗PDL1治疗反应最好。值得注意的是，在肿瘤和正常邻近组织中发现的扩增克隆型通常也可以在外周血中检测到，这表明这是一种方便的患者识别方法。作者对自己的数据和几个外部数据集的分析表明，肿瘤内的T细胞（特别是有反应的患者）被来自肿瘤外部位的新鲜的、未耗尽的替代细胞所补充，这表明这些患者的癌症免疫周期持续活跃，其加速可能与临床反应有关。
A cell atlas of human thymic development defines T cell repertoire formation. Science. 2020.
摘要：
胸腺为T细胞的分化和选择提供了培育环境，这个过程涉及它们与多种类型的胸腺细胞相互作用。作者对跨越整个生命周期的人类胸腺细胞进行单细胞测序，重建了T细胞分化轨迹和T细胞受体(TCR)重组动力学。利用这种方法，作者在原位鉴定并定位了CD8αα+ T细胞亚群、胸腺成纤维细胞亚型和激活的树突状细胞状态。此外，作者还揭示了TCR重组和选择上的偏向，这归因于基因组位置和谱系定型的动力学。综上所述，本研究的数据为人类胸腺的整个生命周期提供了一个全面的图谱，为人类T细胞的发育提供了新的见解。
Lymphoma Driver Mutations in the Pathogenic Evolution of an Iconic Human Autoantibody. Cell. 2020
摘要：
致病性自身抗体出现在许多自身免疫性疾病中，但尚不清楚它们如何逃避细胞免疫检查点的控制。作者通过单细胞多组学分析发现，淋巴样恶性肿瘤与由常见类风湿因子自身抗体引起的混合型冷球蛋白血症有共同的机制。通过将单细胞DNA和RNA测序与血清抗体肽测序和抗体合成相结合，发现产生致病性自身抗体的稀有循环B淋巴细胞构成了产生累积突变的克隆树。在产生致病性自身抗体的流氓B细胞中存在淋巴瘤驱动基因突变和V(D)J突变(CARD11、TNFAIP3、CCND3、ID3、BTG2和KLHL6)。抗体V（D）J突变通过在低温度下使抗原结合的自身抗体发生相变成为不溶性聚集物而赋予其致病性。该结果揭示了人类淋巴瘤肿瘤形成的前阶段一系列导致标志性致病性自身抗体的体细胞突变。
Single-Cell Transcriptomic Atlas of Primate Ovarian Aging. Cell. 2020
摘要：
卵巢衰老和女性与年龄相关的生育力下降的分子机制仍不清楚。我们调查了年轻人和老年人的非人类灵长类动物（NHP）卵巢的单细胞转录组学情况，并鉴定了七种具有不同基因表达特征的卵巢细胞类型，包括卵母细胞和六种类型的卵巢体细胞。卵母细胞基因表达动力学的深入解剖揭示了在顺序和逐步发展阶段的四个亚型。细胞类型特异性衰老相关的转录变化的进一步分析揭示了早期卵母细胞和颗粒细胞特有的抗氧化剂信号传导的紊乱，表明氧化损伤是卵巢功能下降的关键因素。另外，老年妇女的颗粒细胞中发现了失活的抗氧化途径，活性氧增加和凋亡。这项研究以单细胞分辨率全面了解了灵长类动物卵巢衰老背后的细胞类型特异性机制，揭示了新的诊断性生物标记物以及与年龄相关的人类卵巢疾病的潜在治疗靶标。
An immune-cell signature of bacterial sepsis. Nat Med. 2020.
摘要：
对细菌感染的免疫应答失调会导致脓毒症，这是一种死亡率很高的情况。多项全血基因表达研究已经确定了脓毒症相关的分子标记，但还没有解决特定细胞类型转录状态的变化。在这里，作者使用单细胞RNA测序技术，通过三个临床组以及相应的对照（n = 36）对脓毒症患者（n = 29）的血液进行了分析。作者对所有受试者的外周血单核细胞（PBMC，106,545个细胞）和树突状细胞（19,806个细胞）进行了分析，并根据其基因表达谱的进行聚类，确定了16种免疫细胞状态。作者确定了一种在脓毒症患者中扩大的独特的CD14 +单核细胞状态，并利用来自不同疾病病因和多个地理位置(18个队列，n = 1,467个受试者)的公共转录数据验证了其在区分这些个体和对照组方面的能力。作者确定了一组用于分离和量化单核细胞状态的表面标志物，并对其表观和功能表型进行了表征，提出了一个从人骨髓中诱导单核细胞状态的模型。这项研究证明了单细胞测序在发现疾病相关细胞学特征方面的作用，并为细菌性脓毒症免疫失调的细胞学基础提供了见解。
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