文献锦集|11月单细胞测序高分文献汇总

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       11月份单细胞测序相关文献共收集到42篇（IF>9），文末列表中列出文献发表期刊、研究方向和技术平台等信息，接下来先看看其中5篇。

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【标题】人类肺单细胞RNA测序的分子细胞图谱【平台】Smart-seq2，10X【期刊】Nature（IF=43.1）【时间】2020-11-18【摘要】虽然单细胞RNA测序研究已经提供了细胞表达谱的报道，但要系统地识别和定位单个器官中的所有分子细胞类型以创建完整的分子细胞图谱一直是困难的。本研究中，研究者使用基于液滴和平板的单细胞RNA测序，对所有肺组织和循环血液中的大约75,000个人类细胞进行测序，结合多种细胞注释方法，创建了一份人类肺的广泛细胞图谱。研究者定义了人类肺中58个细胞群体的基因表达谱和解剖位置，包括45种已知细胞类型中的41种和14种以前未知的细胞类型。这份全面的分子图谱确定了肺细胞的生化功能以及转录因子和用于制造和监测它们的标记物；确定循环激素的细胞靶点，并预测了局部信号相互作用和免疫细胞归巢；并确定了直接受肺部疾病基因和呼吸道病毒影响的细胞类型。通过比较人类和小鼠的数据，研究者确定了17种在肺进化过程中获得或丢失的分子细胞类型，以及其他表达谱发生显著变化的分子细胞类型，这揭示了器官进化过程中细胞类型和细胞类型特异性基因表达的广泛可塑性和特定于细胞类型的基因表达。这份图谱为研究肺细胞的特性、功能和相互作用如何在发育和组织工程中实现，以及在疾病和进化中如何改变提供了分子基础。

【标题】头颈癌患者HPV特异性B细胞应答的确定【平台】10X【期刊】Nature（IF=43.1）【时间】2020-11-18【摘要】肿瘤通常含有B细胞和浆细胞，但这些肿瘤内B细胞的抗原特异性尚不清楚。本文中，研究者发现在人类乳头瘤病毒(HPV)阳性的头颈癌患者的样本中可以检测到HPV特异性的B细胞反应，并原位产生HPV特异性的IgG抗体。HPV特异性抗体分泌细胞(ASCs)存在于肿瘤微环境中，招募来的流感病毒特异性ASCs较少，提示有局部和抗原特异性的ASC反应。HPV特异性ASC反应与血浆IgG效价相关，并针对HPV蛋白E2、E6和E7，其中对E2的反应最明显。利用肿瘤内的B细胞和浆细胞，研究者产生了几种HPV特异性的人类单克隆抗体，这些抗体表现出高度的体细胞超突变，与慢性抗原暴露相一致。单细胞RNA测序分析检测到肿瘤微环境中激活的B细胞、生发中心B细胞和ASCs。与肿瘤实质相比，B细胞和ASCs优先定位于肿瘤基质中，并具有活化B细胞形成的簇，这表明生发中心反应正在进行。总的来说，研究者发现在肿瘤微环境中可以发现抗原特异性激活的生发中心B细胞以及浆细胞。这些发现为人类癌症中的体液免疫反应提供了更好的理解，并提示可以利用肿瘤浸润性B细胞开发治疗剂。

【标题】体内Perturb-Seq揭示与自闭症风险基因相关的神经元和神经胶质异常

【平台】10X

【期刊】Science（IF=41）

【时间】2020-11-27

【摘要】通过人类遗传学研究确定的疾病风险基因和位点的数量远远超过系统研究其功能的能力。研究者开发了一种体内大规模的遗传功能研究技术Perturb-Seq，这个方法检测了35个自闭症谱系障碍/神经发育延迟（ASD/ND）新发的丧失功能的风险基因。研究者利用CRISPR-Cas9在这个35个风险基因中引入移码突变，随后转染进子宫内发育的小鼠大脑中，

然后对出生后大脑中受到干扰的细胞进行单细胞RNA测序。研究者从神经元和神经胶质细胞分类中鉴定了细胞类型特异性和进化保守的基因模块。这些风险基因的扰动会影响到神经发育过程中反复出现的基因模块和细胞类型，证明这些风险基因对关键细胞过程的影响。体内Perturb-Seq使他们能够研究各种突变如何影响发育中生物的细胞类型和状态。

【标题】将畸胎瘤作为人类多谱系发育模型

【平台】10X

【期刊】Cell（IF=36.2）

【时间】2020-11-4

【摘要】研究者认为畸胎瘤是鉴定干细胞多能性的公认标准，可能是研究人类发育过程的一个很有前途的平台。对来自4个细胞系的23个畸胎瘤的179,632个细胞进行单细胞RNA测序(RNA-seq)，研究者发现畸胎瘤在所有3个胚层中可包含约20种细胞类型，畸胎瘤间细胞类型的异质性与器官系统相媲美，畸胎瘤肠道和脑细胞类型与相似的胎儿细胞类型非常吻合。此外，细胞条形码验证了注射的干细胞能够牢固地植入，并对所有谱系做出贡献。研究者利用CRISPR-Cas9进行基因敲除筛查，结果发现畸胎瘤可以同时分析所有胚层的遗传干扰的影响。此外，他们还证明，畸胎瘤可以通过microRNA(MiRNA)调节的自杀基因表达来形成分子模型，以丰富特定组织。总而言之，畸胎瘤是建模多谱系发育、泛组织功能基因筛查和组织工程的一个很有前途的平台。

【标题】揭示角质细胞的增殖和迁移对鼓膜维持的贡献

【平台】10X

【期刊】Cell Stem Cell（IF=21.6）

【时间】2020-11-11

【摘要】鼓膜(TM)对听力至关重要，需要持续清除细胞碎片，但对TM表皮的稳态机制知之甚少。研究者利用单细胞RNA测序、谱系追踪、全器官移植和活细胞成像技术，发现稳态TM表皮有别于其他表皮部位，具有离散的增殖区以及多个角质形成细胞群体的3D结构。TM干细胞散在分布于鼓膜，并产生长寿克隆和定形祖细胞(CP)。CP克隆表现侧向迁移，其增殖能力得到PDGFRA+成纤维细胞的调控产生迁移性。人类TM的单细胞测序揭示了相似的细胞类型和转录进程。因此，在稳态过程中，TM角质形成细胞通过增殖的CP状态，表现出侧向迁移。为理解TM疾病和建立角质形成细胞生物学模型奠定了基础。

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