PLOS BIOLOGY | 塞恩斯伯里实验室Sophien Kamoun团队揭示植物免疫受体的参考数据集！

参考数据集在计算生物学中是至关重要的。它们有助于定义典型的生物特征，对基准研究至关重要。参考数据集对于定义基因和蛋白家族的序列和域特征特别重要。尽管如此，对于几个被广泛研究的基因和蛋白质家族来说，仍然缺乏经过实验验证的序列集合。一个例子是植物蛋白的核苷酸结合富含亮氨酸的重复（NLR）家族。NLRs构成了植物中最主要的抗病（R）基因类别。它们作为细胞内的受体，检测病原体并激活免疫反应，通常导致抗病。NLRs被认为与病原体和害虫进行了一场共同进化的拉锯战。因此，它们往往是植物基因组中多态性最强的基因之一，无论是在序列多样性还是拷贝数变化方面。自从20世纪90年代首次发现以来，数百个NLRs已经被描述出来，并与病原体和自我诱导的免疫反应有关。NLRs是研究最广泛和最有经济价值的植物蛋白之一，因为它们在培育抗病作物方面具有重要意义。

2021年10月20日，国际权威学术期刊PLOS BIOLOGY发表了英国东英吉利大学塞恩斯伯里实验室（Science is the lifestyle! 走进英国塞恩斯伯里实验室 (TSL)！）Sophien Kamoun（Plant Cell | 塞恩斯伯里实验室Kamoun团队揭示疫霉劫持植物细胞功能并操纵囊泡运输的机制 ！PLOS BIOLOGY | 塞恩斯伯里实验室Kamoun团队揭示病原体趋同进化以对抗植物免疫! PLOS GENETICS | 塞恩斯伯里实验室Kamoun团队揭示影响稻瘟病菌毒力的微型染色体！eLife | 塞恩斯伯里实验室Sophien Kamoun团队揭示植物免疫受体与真菌效应因子的高亲和力结合机制！Plant Physiology | 一种快速研究植物抗病小体的载体系统！塞恩斯伯里实验室Sophien Kamoun课题组解读植物如何诱骗病原菌）团队的最新相关研究成果，题为RefPlantNLR is a comprehensive collection of experimentally validated plant disease resistance proteins from the NLR family的研究论文。

在这篇文章，科研人员描述了一个经实验验证的植物核苷酸结合富含亮氨酸重复（NLR）免疫受体的综合参考数据集。RefPlantNLR由481个NLR组成，这些NLR来自于开花植物的11个目中的31个属。这个参考数据集有多种应用。科研人员用RefPlantNLR来确定经过功能验证的植物NLR的典型特征，并对5个NLR注释工具进行了基准测试。这表明，尽管NLR注释工具倾向于检索大多数NLR，但它们经常产生与RefPlantNLR注释不一致的域结构。在这一分析的指导下，科研人员开发了一个新的分析方法，NLRtracker，它根据RefPlantNLR数据集中的核心特征从蛋白质或转录本文件中提取并注释NLR。RefPlantNLR数据集也应该被证明有助于指导对广泛的植物多样性中的NLR进行比较分析，并确定未被研究的分类群。希望RefPlantNLR资源将有助于推动该领域超越对NLR结构和功能的统一看法。

图1.每个植物属实验验证的RefPlantNLR序列的数量

图2.RefPlantNLR氨基酸序列和提取的NB-ARC结构域的长度分布

图3.RefPlantNLRs的域结构

图4.RefPlantNLR序列的系统发育多样性

图5.使用RefPlantNLR对NLR注释工具进行基准测试

图6.NLRtracker是拟南芥、番茄和水稻RefSeq基因组上最敏感和准确的NLR提取工具

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