【AACR 2023】 世和基因大放异彩，中稿研究成果一文盘点
美国癌症研究协会（AACR）是世界上创立最早、规模最大的专业癌症研究协会，致力于癌症基础科学与临床研究。2023年114届 AACR年会将于4月14-19日在美国佛罗里达州奥兰多举办，世和基因14项研究成果以壁报形式在年会上亮相，内容涵盖cfDNA片段组学多场景应用、罕见亚型肿瘤分子图谱探究和分子临床特征全面揭示等方向。小编梳理汇总了各研究成果要点，希望能为您的临床实践和学术研究带来新启发。
百花齐放
cfDNA片段组学多场景应用
cfDNA片段组学的检测原理是肿瘤细胞活跃导致其释放的ctDNA片段特征与正常细胞存在差异，目前该技术在肿瘤早筛、MRD监测等方面都有广泛应用前景。世和基因与中国医科大学附属第一医院、海军军医大学第二附属医院等医院合作了多项研究，体现了cfDNA片段组学更为丰富的应用场景。
研究一（编号：5394）
Detecting pulmonary malignancy against benign nodules using non-invasive cfDNA fragmentomics assay
合作单位：中国医科大学附属第一医院许顺教授团队
研究亮点：基于世和基因MERCURY技术分析237例肺结节受试者（193例恶性肺结节和44例良性肺结节）血浆cfDNA片段组学特征并构建了良恶性肺结节鉴定模型，模型性能表现突出。
研究结果：
1) 基于4种cfDNA片段组学特征构建良恶性肺结节鉴别模型，独立验证集和外部测试集AUC分别为0.857和0.860；
2) 独立验证集在90%灵敏度时，特异性达68.2%，外部测试集性能同样优秀；
3) 模型性能稳定，不受临床因素（结节大小和吸烟史）影响，可保持较高灵敏性。
研究二（编号：6599）
Neomer and fragmentation profiles of cell-free DNA with low-pass whole genome sequencing to predict prostate cancer biopsy outcomes
合作单位：海军军医大学第二附属医院（上海长征医院）任善成教授团队、广州医科大学附属第一医院古迪教授团队
研究亮点：基于世和基因MERCURY 技术分析cfDNA片段长度、neomer特征并结合PSA水平构建前列腺癌早筛预测模型，区分前列腺癌、前列腺穿刺阴性受试者和健康人，性能良好。
研究结果：
1） 基于cfDNA片段长度和neomer特征构建前列腺癌早筛模型，鉴别癌与非癌的AUC达0.92；
2） 构建cfDNA特征联合PSA模型，性能进一步提高，区分癌与非癌的AUC提升到0.95，区分癌与前列腺穿刺阴性的AUC也高达0.92，区分癌与健康人的AUC更是高达0.998；
3） 非侵入性的cfDNA联合PSA模型可作为前列腺癌早筛补充手段，性能稳定，落地可行性高。
研究三（编号：5400）
Predicting Disease Progression in Inoperable Localized NSCLC Patients Using cfDNA Fragmentomics Assay
合作单位：中国医学科学院肿瘤医院王绿化教授、毕楠教授团队
研究亮点：前瞻性入组44例行放化疗治疗的局晚期NSCLC患者，采集治疗4周（TP1）、治疗后1个月（TP2）和3个月（TP3）血浆，基于世和基因MERCURY技术构建血浆cfDNA片段组学预测模型助力局晚期NSCLC精准放化疗。
研究结果：
1） 基于血浆cfDNA片段组学构建局晚期NSCLC放化疗复发风险预测模型，该模型在TP1、TP2和TP3均能预测疾病复发风险，性能良好；
2） 与ctDNA突变检测相比，cfDNA片段组学模型在TP1和TP3的复发风险预测性能更好；
3） cfDNA片段组学联合ctDNA突变，预测性能明显提高，疾病复发预测灵敏度和特异性分别是89%和80% 。
研究四（编号：765）
Early diagnosis of brain metastases using cerebrospinal fluid cell-free DNA-based breakpoint motif and mutational features in lung cancer
合作单位：山东省肿瘤医院袁双虎教授团队
研究亮点：前瞻性入组了81例肺癌疑似/诊断脑转移患者，收集脑脊液进行世和基因瑞递康®放疗大Panel检测，并基于世和基因MERCURY技术分析脑脊液cfDNA片段组学特征构建肺癌脑转移预测模型，模型预测脑转移性能优异。
研究结果：
1） 基于脑脊液cfDNA片段末端特征构建肺癌脑转移早期诊断模型，在训练集和验证集中AUC分别为0.929和0.944；
2） 脑脊液cfDNA片段末端模型预测性能稳定，不受脑脊液ctDNA释放及治疗情况影响；
3） 基于脑脊液ctDNA突变分析发现，RB1基因变异及EGFR基因扩增或可提示患者的无脑转移生存期。
吉光片羽
罕见亚型肿瘤分子图谱探究
罕见亚型肿瘤因病例数限制，其分子图谱往往并不十分明确。世和基因与南京大学医学院附属鼓楼医院、中国医学科学院肿瘤医院等医院合作，开展了多项罕见亚型肿瘤的分子图谱研究，涵盖基因变异、蛋白表达、表观遗传多个层面。
研究五（编号：112）
Multi-omics analysis of molecular landscape and heterogeneity in fetal adenocarcinoma of the lung
合作单位：中国医学科学院肿瘤医院郭威教授团队
研究亮点：首次绘制了胎儿型肺腺癌多组学图谱。
研究结果：
1） 与常规肺腺癌相比，胎儿型肺腺癌驱动基因突变频率较低；
2） 高级别和低级别胎儿型肺腺癌，其基因组和表观基因组学特征差异显著；
3） 较低的基因组瘤内异质性与更差的无复发生存期（RFS）和总生存期（OS）相关，而较低的甲基化瘤内异质性提示预后更佳。
研究六（编号：939）
Genomic characterization of PMBCL, cHL and DLBCL utilizing tissue and liquid biopsies
研究单位：世和研究院
研究亮点：揭示了原发性纵隔大B细胞淋巴瘤（PMBCL）、经典型霍奇金淋巴瘤（cHL）和弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）基因组学特征。
研究结果：
1） PMBCL和cHL患者ctDNA突变检出性能良好。
2） PMBCL和cHL突变图谱较为相似，最常发生突变的基因有：STAT6、SOCS1、ACTB、B2M和TNFAIP3。
3） DLBCL、PMBCL、cHL突变图谱差异较大，最常发生突变的基因有：MYD88、BCL6、BCL2和CDKN2A。
研究七（编号：1358）
Prognostic value of genetic aberrations and tumor immune microenvironment in primary acral melanoma
合作单位：南京大学医学院附属鼓楼医院邹征云教授团队
研究亮点：运用世和一号®大Panel和mIHC技术全面展示了中国人群肢端黑色素瘤（Acral Melanoma，AM）患者的分子特征和免疫微环境特征，探索出影响AM患者预后生物标志物。
研究结果：
1） CDK4扩增和PTPN11突变的AM患者预后显著更差；
2） 间质区M1型巨噬细胞高浸润的AM患者预后显著更佳；
3） 间质区M1型巨噬细胞低浸润可能是CDK4扩增患者预后差的原因。
厚积薄发
分子临床特征全面揭示
随着NGS应用的不断普及，基因组及临床数据日益积累，世和基因与山东省肿瘤医院、复旦大学附属中山医院等合作开展了多项研究，聚焦于特定患者人群，全面揭示其分子临床特征，为肿瘤精准诊疗提供更详实的证据支持。
研究八（编号：230）
Characterizing pathogenic germline variants in a large Chinese lung cancer cohort
合作单位：中国人民解放军总医院刘芳教授团队、南京鼓楼医院刘政呈教授团队等
研究亮点：中国肺癌致病性胚系突变图谱。
研究结果：
1） 研究共检测到87个肿瘤易感基因的1840个致病性胚系突变，人群发生频率为9.7%；
2） 致病性胚系突变发生频率最高的基因有：SBDS 、TSHR、BLM 、BRCA2 和ATM；FANCF、KIT等13个基因的致病性胚系突变在肺癌中首次报道；
3） 二次打击发生频率为4.74%，在肿瘤家族史人群中更常发生。
研究九（编号：940）
Comprehensive characterization of MET exon 14 skipping mutations in non-small cell lung cancer
研究单位：世和研究院
研究亮点：非小细胞肺癌MET 14外显子跳读全面分析。
研究结果：
1） NSCLC中MET 14外显子跳读突变频率为1.1%；
2） 常见与MET 14外显子跳读伴随突变的基因有：TP53、CDK4、MET扩增等；
3） MET 14外显子跳读可能是EGFR / ALK抑制剂继发耐药机制之一。
研究十（编号：2100）
Genomic profiles and immune cell infiltration landscapes for lymph node metastasis in T1 lung adenocarcinoma
合作单位：中南大学湘雅二医院吴芳教授团队
研究亮点：T1肺腺癌淋巴结转移的基因组和免疫微环境图谱。
研究结果：
1）25个基因与T1肺腺癌淋巴结转移风险相关，其中STK11, NOTCH2, RHBDF2, EGFR和CYP2D6经转录组测序确认；
2）通过多因素联合建模，可准确预测淋巴结转移（AUC=0.904）和2年复发与转移（AUC=0.700）；
3）肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）分别与淋巴结转移呈负相关和正相关。
研究十一（编号：2612）
Mutational pattern of SWI / SNF pathway genes in lung adenocarcinoma patients reveal uneven correlation with immunotherapy sensitivity
合作单位：中国医学科学院肿瘤医院王燕教授团队等
研究亮点：5条SWI / SNF主要通路突变图谱分析，揭示ARID家族基因突变患者对免疫治疗更敏感。
研究结果：
1） ARID家族基因突变在60岁以下的男性中发生频率更高；
2） ARID家族基因突变患者对免疫治疗更敏感；
3） SMARC家族基因突变人群其MTOR1C通路和未折叠蛋白反应途径相关蛋白表达上调，可能与免疫治疗耐药相关。
研究十二（编号：3309）
Genomic features, evolutionary patterns, and minimal residual disease at surgical margins as novel prognostic / predictive biomarkers in locally advanced rectal cancer
合作单位：山东省肿瘤医院于金明院士、袁双虎教授团队
研究亮点：采用世和基因瑞递康®放疗大Panel检测76例局晚期直肠癌新辅助放化疗（neoadjuvant chemoradiotherapy，nCRT）治疗前后组织样本和术后切缘样本，揭示nCRT疗效预测生物标志物和术后肿瘤复发相关生物标志物。
研究结果：
1） 基线KRAS突变和MYC扩增是nCRT疗效的独立预测因素，KRAS突变/MYC扩增患者nCRT疗效差且免疫浸润更低，增加放疗剂量可能提高nCRT疗效；JAK-STST通路基因突变在TRG3患者中显著富集，提示其可能是nCRT耐药机制；
2） 手术组织检出FBXW7突变的患者复发风险更高；
3） 治疗诱导的肿瘤分支进化模式和NGS检测手术切缘突变阳性的患者，nCRT治疗疗效更差且术后复发风险显著更高。
研究十三（编号：6079）
Comprehensive characterization of FBXW7 mutational and clinicopathological profiles in human colorectal cancers
合作单位：江苏省人民医院朱陵君教授团队等
研究亮点：直肠癌FBXW7基因突变和临床病理特征图谱。
研究结果：
1） 结直肠癌中FBXW7基因突变频率为17.9%，最常见突变位点为R505C、 R465H和R465C；
2） FBXW7基因突变的人群TMB和MSI较高，染色体不稳定性较低；
3） FBXW7基因突变的人群整体OS显著更长，但R465C突变位点与更差OS相关；
4） FBXW7基因突变的人群M1巨噬细胞 、CD8+ T细胞和调节T细胞浸润程度更高。
研究十四（编号：6080）
Comprehensive profiling of pathogenic / likely pathogenic large genomic rearrangements in pan cancer samples
合作单位：复旦大学附属中山医院徐蓓教授团队等
研究亮点：泛癌种胚系致病/疑似致病大片段缺失突变图谱分析。
研究结果：
1） 胚系大片段缺失突变在卵巢癌、肾癌、乳腺癌、胶质瘤和甲状腺癌中发生频率较高；
2） 胚系致病/疑似致病大片段缺失突变高发的基因有MSH2、FANCA和PMS2；
3） 携带胚系致病/疑似致病大片段缺失的患者，其TMB值、染色体不稳定性及MSI-H比例相对较高。
近年来，世和基因始终保持着强劲的发展势头，在肿瘤全周期学术探索道路上孜孜不倦，既着眼创新又脚踏实地，既引领最新技术又紧贴临床需求。未来，世和基因会继续秉承“学术为先，患者至上”的发展理念，一如既往与临床专家强强联手，为肿瘤诊治的不断革新上下求索！
作者：秦驼驼 审核：清如许 排版：Moro
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