查看原文
其他

给你安排一个懂生信的工具人(七):不会有人真的只会做T检验吧

BIOMAMBA Biomamba 生信基地 2023-06-15


往期回顾

给你安排一个懂生信的工具人(一):火山图
给你安排一个懂生信的工具人(二):真-工具人
给你安排一个懂生信的工具人(三):凌波微课开发的在线版metacoder
给你安排一个懂生信的工具人(四):ggplot2"作弊器"
给你安排一个懂生信的工具人(五):手把手教你用在线 pheatmap 绘制热图
给你安排一个懂生信的工具人(六):再也不怕装不上packages了

给你安排一个懂生信的工具人(七):在线版相关性分析


理论基础



在我硕士期间,经常发现一些身边的朋友满心欢喜的拿着自己含辛茹苦做出的实验结果,打开电脑就是一通T检验。虽然这在某些情况下无伤大雅,但是作为科学研究来说,做统计推断前还是需要你对样本进行统计描述,在了解了数据特征后才能够进行统计推断。基本的医学统计学原理不可能三言两语就让大家精通,有时间的同学可以自行学习一下开源的中[1]英[2]文教程。
鉴于我的塑料统计学知识及记忆能力,我曾经也整理过一个简易版的统计检验思路,并分享了我的代码,可以点击链接跳转:知识都还给统计老师了怎么办?


统计推断及差异分析在线工具



考虑到之前的那篇推送不是很智能,一方面没有考虑到样本大小及分组信息,仅设计了告诉大家如何判断统计推断方法的模块,而没有真正能做统计检验及差异分析的功能;因此在这篇推送里我们将补充这部分代码功能,并制作成一个完整的在线工具https://biomamba-online-tools.shinyapps.io/statisticalinference/?_ga=2.40467554.1571955004.1640311027-1339037195.1639789372


如果你还不知道自己的文件如何转换成csv格式,请看这里:
最后,这个统计检验及差异分析在线工具的视频与图文教程:

第一步

按要求上传文件并查看提示信息

第二步

按照上一步得到的提示选择检验方法并下载差异分析结果

第三步

查看火山图并下载,如果对火山图的绘制有较高要求的,可以下载差异分析列表后前往我们火山图绘制的专题:给你安排一个懂生信的工具人(一):火山图

第四步

如果报错了记得看看自己的数据是不是上传成功了



最后,大家人均收到两斤🍎

MERRY CHRISTMAS



参考:

[1]https://bookdown.org/wxhyihuan/Notebook-of-medical-statistics-1605856202966/%E7%AC%AC%E4%BA%8C%E7%AB%A0-%E8%AE%A1%E9%87%8F%E8%B5%84%E6%96%99%E7%9A%84%E7%BB%9F%E8%AE%A1%E6%8F%8F%E8%BF%B0.html#%E6%8F%8F%E8%BF%B0%E7%BB%9F%E8%AE%A1

[2]https://www.huber.embl.de/msmb/index.html

[3]最后,感谢一下永和老哥的Debug (*^_^*)

您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存