给你安排一个懂生信的工具人（四）：手把手教你用在线 pheatmap 绘制热图

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前言

对于之前写过的一些东西自己也没有好好介绍过，可能大家 不了解 也就不感兴趣去使用这个东西。今天介绍一下使用在线版的 pheatmap 绘图。好久之前写的 shiny app，基本大部分功能都有，欢迎大家使用。

网址：https://junjunlab.shinyapps.io/heatmap11/

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又到了大家最喜欢的视频教学环节，回复“热图数据”可获得本次推送的测试文件。

视频教程

输入文件

主页面：

使用手册：

输入数据格式：

含有行名和列名的矩阵数据，可以是 txt 或者 csv 格式的，行名不能有重复：

行注释和列注释数据，行名列名必须保持一致，下面左边为行注释，右边为列注释，分别保存到 txt 或 csv 文件里即可：

上传数据

左边点击上传按钮 Browse 即可，table upload 为上传的数据内容，可以方便我们查看和检查，后面两个为上传的行注释和列注释数据的内容：

查看上传数据：

上传行注释数据和列注释数据：

画热图

我们只上传矩阵数据，默认画图看看，点击 submit 按钮：

绘图结果：

数据进行 scale，可按行按列进行 scale，默认按行进行 scale：

左侧面板调整是否行列聚类，是否显示聚类树，聚类方法，聚类树高度和宽度，是否显示行名列名等：

不显示聚类树：

可以调整颜色，有默认 20 种配好的颜色，颜色我自己命名的，哈哈：

换个颜色：

这里是一部分颜色搭配：

自定义颜色 搭配：

是不是有点像文献里那样了。

还可以对列和行进行切片：

行列切片（聚类时）：

随意切片（不聚类）：

还可以调整画图标题的字体大小，列名的旋转，是否显示数值，数值的颜色，字体大小，单元格高度和长度等等：

加大标题字体，列名旋转角度，显示数字：

改变单元格大小：

添加注释

我们加载行注释和列注释文件,可以看到我们的注释文件内容：

submit 默认画图：

切个片，去除边框颜色：

在图里注释不显示注释名称：

调整行名和列名字体大小：

不显示数值注释条：

不显示行列注释图例：

还可以提供 自定义改变注释颜色 ：

只需要把 对应列名 和 颜色 填进去即可，我们改变注释颜色看看：

下载保存绘图结果

我们可以下载保存绘图结果，pdf 格式文件：

下载看看，非常清晰：

结语

最后大家有什么建议或者问题，微信群里@我，也可以发邮件到我的邮箱：[e-mail] 。欢迎交流和讨论。

欢迎加入生信交流群。加我微信我也拉你进 微信群聊 老俊俊生信交流群 哦,数据已上传至 QQ 群文件夹。

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今天的分享就到这里了，敬请期待下一篇！

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