手把手教你做单细胞测序数据分析（七）—— 基因集富集分析

准备工作

上一讲中我们已经教会了大家如何对多样本的数据做差异分析，拿到差异基因列表。通常情况下差异基因数量是非常多的，显然拿着这么长的list直接撰文是不科学的。这时就需要我们利用一定的“先验”通路，去评估我们获得的差异基因集，从而帮助大家更好的了解自己手中的数据，解释好数据背后的生物学意义，继续向文章迈进!

在线做富集分析DAVID：
https://david.ncifcrf.gov/当然，我不是很推荐这种，原因在这里：
都2022年了，还在用DAVID?


PPI同样有这个功能，视频里我们也演示了：
String：不仅仅是一个PPI分析平台


GSVA不用再多说了吧，花很多篇幅说过了：文献阅读系列（九）、一文了解GSVA原理
单细胞中应该如何做GSVA？

GSEA的内容也是更过的：
答读者问 （一）单基因究竟能否进行GSEA

正餐

大家最喜欢的视频环节，看完就可以自己动手啦：

B站同步播出：

https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z?p=8

代码和测试文件可以文末投微信豆或后台回复“基因集富集分析”获取。

往期回顾

单细胞数据分析系列教程：

B站视频，先看一遍视频再去看推送操作，建议至少看三遍：https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z/
单细胞测序基础数据分析保姆级教程，代码部分整理在往期推送之中：手把手教你做单细胞测序数据分析（一）——绪论
手把手教你做单细胞测序数据分析（二）——各类输入文件读取
手把手教你做单细胞测序数据分析（三）——单样本分析
手把手教你做单细胞测序数据分析（四）——多样本整合手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞类型注释
手把手教你做单细胞测序数据分析（六） 组间差异分析及可视化

如何联系我们

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大家可以阅读完这几篇之后添加笑一笑也就算了有关提高"Biomamba 生信基地"运行效率事宜

代码及测试数据：

链接：