（文章篇）S5E29：这样也能发Cell Reports？

前两天我们交流了两篇miRNA的文章，有吐槽的有觉得很牛的。那么我们再看看今天的这篇，主角依旧是miRNA。

miRNA-Mediated KHSRP Silencing Rewires Distinct Post-transcriptional Programs during TGF-β-Induced Epithelial-to-Mesenchymal Transition.（Cell Reports July 26, 2016）

下载链接：http://pan.baidu.com/s/1i4Onxop    密码：39jq

关于EMT，最近一期Cell刊登了题目为：EMT：2016  的Review，有需要关注的可以去查看一下，http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2016.06.028

这是来自于Cell Reports上的一篇最新miRNA相关文献，大家可以对比一下之前的两篇：（文章篇）S5E25：在microRNA和肿瘤研究的红海中，如何杀出一条血路发8分文章？；（文章篇）S5E28：同一个miRNA发5分和8分差距真的这么大么？，确认他们之间的真的有三分的差距嘛？

这是本文的主要思想，大家看这个图就能对全文有所了解。TGF-β是公认的EMT最最重要的诱导因子。在这基础上，作者发掘出了其中的调控途径。但作者只是简单阐述了调控作用，其中机制部分还有很多内容可做。

在乳腺细胞中，TGF-β能够诱导（上调）miR-27b-3p，随后该miR-27b-3p沉默（下调）KHSRP。而KHSRP能促进miR-192-5p成熟并作用许多EMT因子，且KHSRP能够控制很多pre-RNAs选择性剪切，以维持细胞上皮表型状态，从而抑制EMT作用。

直接看主要内容：

1、剪切调控蛋白KHSRP能结合单链RNA，是TGF-β/BMP通路的组成部分。而在TGF-β促进乳腺细胞EMT作用时KHSRP是下调的。

这部分内容里，我们最需要关注的是图C。虽然是阴性结果，这确定了整个实验内容研究方向。

如果图C是阳性结果，TGF-β显著改变KHSRP的mRNA水平，那么转录水平的改变就要考虑上游，如转录因子，甲基化作用等。既然图C是阴性结果，那么就考虑了下游的miRNA调控作用，当然下游还有蛋白水平的调控，这边没有体现。

2、过表达KHSRP能引发细胞转录组重编程，且能抑制TGF-β诱导的EMT作用

Snai1、Fn1为EMT过程中的标志蛋白。CDH2为间质细胞maker。过表达KHSRP能下调Snai1、Fn1、CDH2。

细胞过表达KHSRP后，作者对RNA进行测序，随后分子功能的GO分析发现，KHSRP调控的转录组参与了大量的细胞进程，如侵袭迁移，粘附等。

3、敲减KHSRP能诱导EMT

这个就是第二部分实验的反向验证了。确认了敲减KHSRP能促进EMT标志蛋白的表达。并且作者发现了一个miRNA，miR-27b-3p其过表达也能起到上述作用。看上去KHSRP与miR-27b-3p呈现负相关。

其中图C细胞表型实验中，可以增加两个rescue实验，即通过沉默或过表达KHSRP以及TGF-β来观察细胞的形态差异。

4、KHSRP能促进miR-192-5p成熟，后者能抑制一些EMT因子的表达

mRNA的产生过程：转录出来的是的mRNA前体,需经过剪切,拼接,加帽,加尾,以及其他一些修饰后出核成为成熟的mRNA。

作者发现，沉默了KHSRP后并不影响前体miR-192的水平，但是成熟的miR-192-5p水平却显著下调，这表明KHSRP影响了前体miR-192的成熟，具体的作用作者并未阐述。另外，作者还做了另一条miRNA-194，在前体阶段就有显著的表达差异，所以作者就没有选择。

作者随后验证了miR-192-5p的功能，发现其调控作用与KHSRP一致。

这部分实验作者使用了锁核酸技术LNA，这是一种经过修饰的RNA。由于LNA与DNA/RNA在结构上具有相同的磷酸盐骨架,故其对DNA、RNA有很好的识别能力和强大的亲和力.

5、KHSRP参与多个pre-mRNA的选择性剪切

那么研究一个分子影响选择性剪切需要做哪些实验呢？通过过表达或敲减分子，去检测其不同剪切体的形成比例，当然这中间可以再添加上游调控分子的作用条件。

6、KHSRP与hnRNPA1对维持上皮表型的pre-mRNA选择性剪切起共同作用

首先验证了hnRNPA1的作用，它与KHSRP结合，其次沉默该分子能上调EMT过程中标志蛋白的表达，且一些维持上皮表型的pre-mRNA剪切出现差异。

本文整体没有太多试验内容，也无动物实验，其机制部分深入也很薄弱。但思路很清晰，实验内容应该也做了不少前期工作吧。

That’s all. Thank you!

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