同样是做测序，为什么人家能发Nature？

在12月5号的Nature杂志上，刊登了一篇文章：

Genome-wide changes in lncRNA, splicing, and regional gene expression patterns in autism.

文章的通讯作者是UCLA的Daniel H. Geschwind，是研究自闭症的大佬。

Daniel H. Geschwind

Nature这篇文章说的是自闭症中lncRNA表达、可变剪接和转录调控的全局变化，文章今年5月11日收到，11月7日接收，12月5日online，对于Nature这种顶级期刊来说，半年接收，一个月online，还能更快的么！当然，这也从侧面反映了杂志社对这篇文章研究内容的认可，下面我们来聊一下这篇文章。

首先是主题：自闭症、lncRNA、可变剪接，自闭症是作者一直擅长的领域，所以临床问题问题选得好，有研究意义，而且从自闭症的病因来看，遗传因素的作用尚不明确；lncRNA与可变剪接是科研热点，好的临床问题配合基础科研的热点，研究团队真会选题！研究类型是我们以前说过的“一大片模式”（分子机制研究的两种模式，你的研究属于哪种？），而且题目是标志性的“Genome-Wide Change”，当然，换个说法用“Global Change”应该也可以。

研究团队做的事情是这样的：首先对48位ASD病人和49位对照人死后的251例组织样本（额叶和颞叶皮层以及小脑）中的转录组进行RNA-Seq，然后通过各种亚组比较分析，主要关注差异表达的编码基因、lncRNA、可变剪接因子以及转录调控因子，文章给出了关键的一些分子，比如lncRNA LINC00693和LINC00689，剪接调控因子Rbfox1 , SRRM4 和PTBP1，以及转录因子SOX5，做自闭症研究的朋友可以看一下，因为涉及面太窄，具体内容就不展开说了。

下面我们看为什么这篇文章能发Nature？

我们用lncRNA和autism为关键词检索pubmed，一共有17篇文章：

五分以上的文章有5篇，10分以上的有3篇，只有这篇是Nature是30+的。

我们看另外两篇最相关的文章：

这两篇文章分别是J Mol Neurosci杂志（IF 2.3分）和Transl Psychiatry杂志（IF 5.5分）上的。

第一篇Aberrant expression of long noncoding RNAs in autistic brain文章的内容非常简单，就是通过芯片对组织样本做了下筛选差异的lncRNA和mRNA，然后通过qPCR进行表达验证和功能注释；

第二篇5.5分的文章用的是自闭症病人的血液样本进行芯片检测，然后进行qPCR验证和功能注释，不同的是选取了一类功能上与突触囊泡运输有关的lncRNA进行进一步分析，并对与HOX基因相关的lncRNA进行重点讨论，因此尽管样本上用血液不是太好，但是胜在功能上有深入，所以发到了5分。

而这篇Nature文章则更为系统，不仅通讯作者是领域内的大佬，组织样本用的多，研究主题多样化：包括了lncRNA与mRNA表达，剪接调控因子等多个主题，分组多元化：不仅有自闭症和正常人的比较，还包括了自闭症亚型之间的比较；分析层次化：差异基因——基因组合（ACP）——基因模块——具体分子。

对大家来说，分析层次化正是最难的地方，这一部分不解决，测序数据只能停留在功能注释和qPCR验证这个层面，要解决这个问题，就需要生物信息学和实验团队的紧密合作，否则就像产品经理与程序员一样，频繁的改需求会让程序员崩溃的……

That's all. Thank you!

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