我好像发现了一个miRNA各种软件的大本营……

在如果miRNA神器只能推荐一个，就是这个了！一文中，我们介绍了一个强大的miRNA的数据库：DIANA Tools，（网址：http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=site/page&view=software），说明了数据库的四个功能：

1. microT-CDS：预测microRNA靶基因；

2. LncBase v.2：根据miRNA预测lncRNA；

3. miRGen v.3：miRNA启动子和调节因子，比如转录因子；

4. mirpub：miRNA相关文章；

今天我们接着看另外几个强大的功能：

1. 根据多条miRNA来预测信号通路；

2. 通过查询别人的数据来寻找差异的miRNA分子；

下面我们分别展开说。

注意：为了保证网站、工具能使用顺畅，建议用Google Chrome浏览器打开。

一、根据多条miRNA来预测信号通路；

打开DIANA Tools链接，网址见上。选择MirPath v.3，如下图箭头所示：

打开以后出现下面的界面：

mirPath的强大之处在于可以选择多条miRNA和多个软件进行分析，下面我们用实例来说明，后面的软件选择TargetScan，还可以选择Tarbase和microT-CDS，先选择TargetScan，再输入hsa-mir-125，

好了以后，单击后面的加号，后面出现

这里我们选择hsa-miR-125b-5p（关于miRNA的命名可以看梦熊写的帖子：miRNA的名字，到底是什么意思？），选择方式是单击后面的箭头：

，

这样第一条miRNA就选择好了：

接下来我们用同样的方式再添加2条miRNA hsa-miR-135a-5p，hsa-mir-221-3p：

下面是分析的结果

包括信号通路，具体的靶基因信息。

另外，还可以选择预测的靶基因的交集和并集，信号通路的交集和并集：

也可以查看通路和miRNA之间的热图和簇：

热图结果：

上面这一部分我们说的是KEGG 信号通路富集，同样的方式我们还可以做GO功能注释，就在刚打开界面的旁边：

与通路一样看GO的结果：

可以看到每个GO条目的基因：

二、通过查询别人的数据来寻找差异的miRNA分子；

这部分功能介绍小张在视频直播课里面介绍过，今天给没有听课程的同学再说一遍。

这里用的工具是：MirExTra v2.0

打开后：

选择Differential expressoin analysis，即差异表达分析：

我们选择使用数据库储存的miRNA数据，即单击箭头的use stored：

弹出下面的界面：

这里选择物种 human，两组是Group A 和Group B，输入colon，在弹出的界面中选择正常：

GroupB 选择

选好后单击GO

在弹出的界面里面还是选择Differential expression analysis

就出来结果了：

还可以对miRNA通过mirpath进行通路分析，比如我们单击箭头处，分析下调最显著的10条miRNA（TOP-10 DOWN-regulated miRNAs）：

就可以了。

当然，用同样的方法还可以找差异的mRNA，找到了差异的miRNA或者mRNA，我们就可以用套路进行后续的研究了（如果你想刷几篇低分文章，可以看看这5个套路……）。

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