这一基金热点找思路，超赞数据库帮大忙

在国自然中有这么一个热点。

可变剪接或者叫选择性剪接（Alternative Splicing），就是由pre-mRNA在形成mRNA的过程当中，通过不同的剪接模式，形成不同的RNA变异体的过程，大家所感兴趣的lncRNA也可以关联到这个热点哦哦哦哦（1.孙树汉最新的18分文章说了什么？2.这篇文章可能颠覆你对lncRNA的理解……），在RNA水平调控着蛋白的翻译比例。

（一）国自然：Alternative Splicing

我们看看国自然当中和可变剪接有关的一部分基金吧：

项目名称	依托单位	项目类别
Par-4调控T淋巴细胞白血病细胞中染色质重塑子CHD4基因Pre-mRNA选择性剪接的机制及其抗白血病效应	南京医科大学	面上
RGR可变剪接RGR-d在年龄相关性黄斑变性	北京大学	面上
Dis3L2和hnRNP U协同调控肿瘤细胞premRNA选择性剪接的机制研究	中国科学技术大学	面上
PCBP1介导的CD44可变剪接对前列腺癌细胞	上海交通大学	青年
剪接因子SF3B1突变影响FIR可变剪接促进胰腺癌有氧糖酵解的机制研究	上海交通大学	青年

（二）可变性剪接最近文章介绍：

题目：A novel functional splice variant of AKT3 defined by analysis of alternative splice expression in HPV-positive oropharyngeal cancers

期刊：Cancer research

影响因子：9.121

时间：2017.10.01

文章思路：利用自己做的芯片和TCGA数据库来寻找剪接变异体→寻找可能受甲基化影响的AS(alternative splicing)→qRT-PCR及qMSP验证AKT3 AS的存在→验证AKT3 AS的生物学重要性→验证ATK3 AS和PI3K/AKT通路的关系→口咽癌

（三）好赞的AS数据库啊啊啊啊啊啊

今天我们就来介绍一个用于可变剪接查询的数据库： TCGA Spliceseq。 看名字就知道这个数据库是基于TCGA的数据来分析可变剪接。

网站把可变剪接的模式分为了7种：

他们使用了一个叫做percent-splice-in（PSI）的概念来说明是否有可变剪接发生，这个PSI代表说一种可变剪接的方式发生的概率。如果一个外显子跳跃的PSI为0.8的话，代表这个外显子跳跃的概率为80%.通过这个值我们来界定可变剪接是否发生。下面我们来介绍这个网站怎么使用吧。

输入网址：http://projects.insilico.us.com/TCGASpliceSeq/

打开之后我们可以看到如下界面：

我们要做的就是1.选择肿瘤，2.输入基因或者找某一肿瘤的top事件。我们这里选择所有肿瘤，输入TP53，可以出现如下结果。

我们可以看到在肿瘤当中发生的可变剪接方式，相关的剪接模式和基因信息等等信息。

同样的我们可以看某一个肿瘤的发生可变剪接的top基因。很遗憾的是，这个功能现在网站出问题了，我们也只能通过他们的帮助文件来先简单的来看一下。等修复了大家可以再去使用。

通过上图可以看到，我们可以查找到肿瘤里面那个基因的可变剪接发生的最多。想要用到这个功能的小伙伴就祈祷这个网站赶紧修复吧。

好吧，今天讲到这里吧，希望对大家有用。

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