如果你研究外泌体和miRNA,又缺思路,用这个数据库就对了!
关于外泌体我们已经介绍了很多期,比如外泌体的分离和储存(收藏|外泌体分离和储存方法汇总,你都知道吗?),鉴定和示踪(收藏|外泌体鉴定+外泌体示踪方法,你都知道吗?),也介绍了外泌体研究的几个常见思路:(1)外泌体中分子作为疾病的标志物(从外泌体研究看biomarker类课题设计套路);(2)外泌体作为细胞间对话的载体参与疾病发生发展((文章篇)S5E60:DC细胞外泌体与疾病相关研究和(文章篇)S5E58:外泌体研究案例)。关于外泌体的数据库也介绍过几个(从疾病出发找血液外泌体的RNA,这个数据库你知道吗?和(工具篇)S5E46:神器之——外泌体数据库大揭秘!)。
今天我们来继续介绍一个数据库——EVmiRNA: a database of miRNA profiling in extracellular vesicles.(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA)
这个数据库是收录胞外囊泡中miRNA的,我们可以通过样本(sample)和miRNA进行查看:
比如我们以数据库自带的miR-126-5p为例:
检索结果里面包括了基本信息,比如miR-126-5p的序列、在染色体上的位置等:
表达(expression),既可以根据来源(source)也可以查看肿瘤:
pathway和功能:
小分子药物和文章:
以及靶基因:
下面我们换个角度来用,比如我们想通过这个数据库来设计一个课题:以外泌体中的某条miRNA作为疾病的标志物
就可以选择specific miRNA这个功能:
我们可以看到在左侧可以选择疾病,比如前列腺癌prostate cancer:
在右侧就可以看到两条miRNA——miR-1224-5p和miR-9-5p,分别单击后就可以查看表达的情况:
我们看到miR-9-5p在前列腺癌和尿液里面特异性高表达,那么我们就可以在自己的样本里面进行验证。
我们看到关于miR-9与前列腺癌有文章已经发表了:
然后
这是结果:
ref:
EVmiRNA: a database of miRNA profiling in extracellular vesicles.Nucleic Acids Res. 2018 Oct 18.
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