一转眼新的学期又要开始了,对于奋战在科研一线的硕博们来说,现在文章还没有投出去的话,压力山大。但是,在投稿之前,你们真的做好准备了么?笔者作为马上毕业大军里的一员,如今在SCI投稿中遇见一件着实令人头大的问题,那就是STR细胞分型!在生物医学研究领域,利用细胞实验作为体外验证的模型是最为常见的,细胞实验周期短,可验证机制与功能,并且可以传代冻存,但是细胞的交叉污染也是不可避免的。实验室新买了一株细胞,经小伙伴们传了几代,又或者储存方法不当被污染都是有可能的。然而没经过STR细胞分型鉴定的,或使用了交叉污染的细胞去做,导致后续实验无法重复,浪费了人力物力时间,论文无法发表,在组学研究方面,甚至有的用了被交叉污染的细胞进行组学检测,发现最后建库物种错误,后果更严重!下面简单介绍一下STR细胞分型,STR ( short tandemrepeats ) 短串联重复序列,其概念可以理解为简单重复序列,核心序列为2-6个碱基的短重复结构,细胞STR分型主要检测D19S433、D5S818、D21S11、D18S51、D6S1043、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、PentaD、vWA、D8S1179、TPOX、PentaE、TH01、D12S391、D2S1338和FGA等19个具有高度多态性基因座及一个性别基因位点Amelogenin对人源细胞进行STR分型检测。根据STR分型结果对细胞的生长状态(是否存在交叉污染)和细胞的株系进行确认的技术手段。据统计,约有15-20%实验室所使用的细胞系已经不是原始细胞系了,在经不同人操作不当传代或赠与给他人等不同方式使得细胞系交叉污染,极大地威胁着基于这些细胞而发表的论文的质量和研究发现的正确性。以笔者为例,笔者最近投了一篇SCI,在初审回来后,杂志编辑要求笔者出示文章中其中一株细胞BGC-823的细胞分型,因为目前有证据怀疑这株细胞在建系之初就被HeLa细胞污染,需要再提供BGC-823细胞的STR分型,要不然得删除文章手稿中的全部有关BGC-823的数据(如图1),笔者将细胞送去STR分型(如图2),返回杂志社后,编辑回复所测得的STR分型有98.25%与HeLa细胞相似(如图3),所以笔者最后把所有有关这个细胞所有的数据全部删除返回,生死未卜,而后续所得到的实验结果都不能发表,后悔莫及。图1. SCI杂志要求提供BGC-823细胞STR分型
图3. BGC-823细胞STR分型结果中发现98.25%与HeLa细胞相似在这里提醒奋战在一线的科研小伙伴们,一定要在实验之初,检查好自己的细胞系,尽量将自己的细胞系得到STR分型结果,切勿轻易借用别人的细胞,避免细胞交叉污染,在选择细胞系时最好查阅权威细胞库的详细资料,防止因小失大,后悔莫及。
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