TCGA&GEO生信高通量数据挖掘两天两晚精讲班【11月18-20日】

    TCGA&GEO生信高通量数据挖掘两天两晚精讲班

背景简介

2019年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目，批助金额总计441310万元。其中面上项目数量占45%，金额占57%；青年科学基金项目数量占43%，金额占20%。初步统计，这些项目中大部分都与编码基因有直接或间接的关联。其中，与通路（pathway）关联的有1349项，金额4.89亿；与miRNA相关的有630项，金额2.3亿；与lncRNA相关的有395项，金额1.45亿；如何获得有创新意义的疾病靶标基因（mRNA，Protein，lncRNA，circRNA，miRNA，Mutation等）是项目申请及文章写作时最常见的问题。基于这个目的，我们开展了该培训班：TCGA&GEO高通量数据挖掘。癌症是临床医学中非常重要的疾病方向。TCGA数据库中包含了常见了40种癌症方向（含30000个样本）的高通量数据及临床信息。大家对TCGA数据库的使用近几年也在逐渐增加！另外，其他疾病的研究可以通过GEO数据库进行。

项目类型	题目	金额/万元
重点项目	FXYD3介导的信号网络对肠道黏膜免疫稳态的调控研究	300
重点项目	基于蛋白-蛋白相互作用精准调节转录因子Nrf2活性及探索其作为肝细胞癌治疗的新靶标	298
重点项目	miR-23b/24-1簇防治烧伤后脓毒症所致MODS的系统研究	297
面上项目	LZTR1基因突变导致的RAS/MAPK通路过度激活以及Noonan综合征相关肥厚型心肌病的机制研究	60
面上项目	SUGP2基因及其突变在遗传性血色病中的致病作用及其机制研究	60
面上项目	WDR73基因突变在Galloway-Mowat综合征中的致病机制研究	60
面上项目	STAG2通过ERK/AKT/GSK3β/c-Myc反馈通路调节甲状腺癌谷氨酰胺代谢的机制研究	60
面上项目	LncRNA FOXF1靶向调控动力相关蛋白1表达在缺氧诱发肺动脉内皮细胞焦亡中的作用及分子机制	55

会议预期

通过三天的学习，我们了解生信分析思路对项目及文章的帮助，以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。

讲师简介：宋伟博士

成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。

培训经历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场培训班。

主办方：上海循掘生物科技中心

会议时间：2022年11月18-20日（2天2晚）

          18日 晚上19:00-22:00

          19日 白天9:00-18:00   晚上19:00-22:00

          20日 白天9:00-18:00

会议地点：线上：腾讯网络会议室，

会务费用：3200元/人

优惠政策：

1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料

2.三人组团报名，每人优惠100元

3.四人组团报名，每人优惠200元，

4.六人组团报名缴费，可免1人参会费！ 

可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。 

注意事项：必须使用win7以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。

另外需安装腾讯会议软件。

交费方式：

A：银行转账

账户名称：上海循掘生物科技中心    账户号：1001064709100016561

开 户 行：中国工商银行上海市永泰路支行

B：支付宝转账

收款人：[e-mail]     户  名:金永红

C：公务卡微信支付

报名方式

日程表

TCGA&GEO高通量数据挖掘分析实操强化研讨会
时间安排	课程表	介绍
第一天夜间	19:00-20:30	生信简介	生物信息介绍
高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。
经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。
20:30-20:45	休息
20:45-22:00	TCGA数据库 NCBI GEO数据库	TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)
TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据）
GEO数据库介绍：数据量最大的高通量公共数据库。
GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。
第二天上午	8:30-10:00	R语言学习	R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。 R语言基础：元素、向量、矩阵、数组 R语言函数：计算函数、统计函数等 R语言路径确认及修改 R语言文件（图、表）的导入和导出
10:00-10:20	休息
10:20-12:00	R语言学习	R语言包：包的下载安装 R语言：差异分析limma包使用、火山图制作
	12:00-13:30	午餐及午休
第二天下午	13:30-15:00	TCGA相关的下载工具	TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载 TCGA数据书库癌症数据的处理，获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。
15:00-15:20	休息
15:20-17:30	TCGA相关的分析工具	TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。 Cbioportal数据库学习 R语言做生存曲线KM图（批量）
	17:30-19:00	晚餐
第二天夜间	19:00-22:00	数据的后续高级分析工具实战	DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析
通路map图构建
聚类热图制作 R语言pheatmap包做聚类热图
蛋白与蛋白互作分析（PPI）——STRING数据库
第三天全天	8:30-12:00	数据的后续高级分析工具实战	cytoscape软件（上）：网络图构建与美化
cytoscape软件（下）：插件使用
GSEA软件的实操：全基因集富集分析
12:00-13:30	午餐及午休
13:30-16:00	思路讨论	基于GEO数据库多套数据整合（meta）分析思路演练
基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练
基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路演练
基于TCGA的基因组与转录组整合分析思路演练
串讲	思路大串讲
备注：讲师使用windows10系统讲解，建议携带同样系统的电脑
上课软件为：Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio

通过本次学习，您可以学会以下作图（包括但不限于）

示例图 通路富集分析结果图

示例图 聚类热图分析

示例图 网络图

示例图 pathway map图

示例图 关键基因的KM生存曲线图

示例图 柱状图与venn图

示例图关键基因的KM生存曲线图

示例图 venn图

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