肿瘤突变数据可视化神器-maftools

君子生非异也,善假于物也

——《荀子·劝学》

上游分析请看生信技能树的历史教程

假设你已经全面学习了肿瘤外显子测序数据的分析，得到了你所有配对样本的somatic mutation信息，而且制作成了还算标准的maf格式文件，那么就可以跟着这篇教程进行可视化啦。

全部流程在R里面运行，maftools提供了直接读取maf文件的接口，而且存储为S4对象，非常方便进行一系列可视化操作。

而且大部分都是一行代码出图，基本上不需要太高深的R语言知识，现学现用。

而且得到zuguan大神的complexHeatmap的oncoplot也被封装成了一行代码：

oncoplot(maf = laml, top = 10, removeNonMutated = TRUE)

即可出图如下：

还有以前我在生信菜鸟团博客介绍过的，MutationMapper on cBioPortal 的lollipopPlot

最近比较火的TMB也囊括进来了：

华而不实的词云也少不了咯：

还有探索MAF分布：

其实图并不重要，重要的是理解图背后的生物学医院。

生信技能树GATK4系列教程

我不想赚你的钱，不行吗？ （推荐阅读）

值得一提的是，对肿瘤外显子来分析CNV， 我测试过很多工具了，这个GATK的值得一试！

最重要的是：

马上就可以下载TCGA的maf文件，玩一下这个包吧，肯定对你有帮助的！！！