跟着jimmy学docker系列之第2讲：一个软件一个容器
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回过头来看当初在生信技能树发布的docker教程已经是2017-07-07的事情了，那是一个好日子👇：
其实当时只是为了写教程而学习和分享，一直没有找到docker的实际应用场合，当初带我入docker坑的胡博士也离开北大毕业去了华为工作。
而为什么我会重新捡起来docker，可能也是机缘巧合吧，华为生信容器负责人唐博士一直想要合作，我却找不到跟他们的合作接入点，既然是基于docker的合作，我如果都不真正使用它，也的确说不过去，正好最近安装lancet软件各种make报错，缺的系统动态库太多，而它是没有conda源的，这个时候docker是最佳方案。
jimmy的docker教程——第2讲
一个软件一个容器
首先需要复习几个docker指令：
docker
docker info ## 可以查看目前机器上面的docker里面有多少容器或者镜像。
docker version
sudo docker search ubuntu
sudo docker run hello-world
## 上面代码下载了一个镜像，启动了一个容器，下面就可以查看它们
docker ps -a ## 查看目前所有没有被销毁的容器进程。
docker images -a ## 查看目前所有的本地镜像
docker volume ls
docker network ls
1. 根据需求下载docker镜像
在服务器上，GitHub里面的软件(https://github.com/nygenome/lancet)安装非常困难
于是想求助于docker版本：https://hub.docker.com/r/seandavi/lancet/
docker run seandavi/lancet
可以看到：
jmzeng$ docker images -a
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
seandavi/lancet latest 1a83521f4492 12 days ago 490MB
的确是有了这个本地镜像，现在可以启动该容器来处理自己的数据。
2. 启动镜像
首先
可以用交互式命令行进入该镜像：
docker run -it seandavi/lancet /bin/bash
简单查看配置还有该容器的路径，接下来就可以把本地数据盘挂载进入进行处理。这样在容器启动后，容器内的虚拟电脑会自动创建被添加的目录。
-v参数中，冒号 " : " 前面的目录是宿主机目录，后面的目录是容器内目录。详见：http://blog.csdn.net/magerguo/article/details/72514813
docker run -it -v /Users/jmzeng/tmp:/work_dir seandavi/lancet /bin/bash
----------------- -------------------------
↓ ↓
宿主机目录 容器内目录
这样docker能访问本机的/Users/jmzeng/tmp的内容，同时对镜像容器里面的/work_dir目录的修改等同于对本机的/Users/jmzeng/tmp的修改
3. 处理数据
软件示例代码很简单：
lancet --tumor T.bam --normal N.bam --ref ref.fa --reg 22:1-51304566 --num-threads 8 > out.vcf
有趣的是作者制作的镜像其实也有错误，lancet软件安装是失败的，不过docker的好处是里面可以使用root权限。
apt-get install libbz2-dev
apt-get install zlib1g-dev
apt-get install liblzma-dev
apt-get install libssl-dev
apt-get install libbamtools-dev
apt-get install libcurl4-openssl-devlancet镜像呢？◆ ◆ ◆ ◆ ◆
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