Cytoscape十讲之网络图的认知
想了想还是写一个系列教程吧，问的朋友也太多了，主要是因为cytoscape跟python一样，经历了从2到3的进化阵痛过程，而且进化的面目全非了！！！很多人拿着2.x的说明书教程，视频，然后下载的却是3.x版本的cytoscape，真可怕！！！
已经从两万个芯片探测到的基因里面找到了近千个差异基因了，对它们做了GO/KEGG分析还是抓不住重点，看到文献上说可以用PPI数据库做network analysis之后找hub基因，也许可以说明一些问题！
提到 network analysis ，我想起来我以前总结过R语言画网络图的三部曲，里面讲到过网络分析的基本原理！
网络图是为了展示数据与数据之间的联系，在生物信息学领域，一般是指基因间的相互作用关系，或者通路之间的联系！
通俗点说，就是我有一些点，它们之间并不是两两相互联系，而是有部分是有连接的，那么我应该如何把这些点画在图片上面呢？由于没有X,Y坐标，只有连接关系，所以我们要根据一个理论来给它们分配坐标，这样就可以把它们画出来了，然后也可以对这些点进行连线，这就是网络图啦！！！
而给它们分配坐标的理论有点复杂，大概类似于物理里面的万有引力和洛仑磁力相结合来给它们分配一个位置，使得总体的能量最小，就是要达到最稳定的状态！而通常这个状态是逼近，并不是精确，所以我们其实对同样的数据可以画出无数个网络图，只要网络图合理即可！
看到这个图，就明白了，网络图，就是在画布上给出感兴趣的点一个坐标。
有两个统计方法可以获得坐标：
Fruchterman & Reingold’s force-directed placement algorithm
Kamada-Kawai’s
根据前面提到的大家应该明白网络图就是为了展现分子之间的连接关系，并不是一定要用cytoscape来做，只需要根据连接关系给我们的所有点安排一个坐标，然后把相应的线连接起来即可！
那么既然我们要学习cytoscape，肯定是要用cytoscape做好第一步，就是根据输入数据来做网络图。（如何安装，取决于操作系统，我们第二讲再教这个）
首先了解一下cytoscape定义好的输入数据，http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_User_Manual/Network_Formats
当然，其实木有意义！因为我们不可能凭空拿到cytoscape的输入文件（cys格式的），除非是你朋友传给你的，或者软件自带的例子。我们肯定是根据txt.csv等分割的文本文件来做网络图。
cytoscape里面有很多示例数据，请务必打开看看：C:\ProgramFiles\Cytoscape_v3.3.0\sampleData 了解它要求什么数据！！！（不同操作系统，不同软件版本，路径有点区别）
你可以打开cytoscape，然后直接点击菜单栏的file-->open-->然后选择示例数据的cys文件，就可以看到一个图啦！但是木有任何意义，还是那句老话，你不可能预先得到cys文件，必然是你自己有txt文本数据，然后做出cys的文件。
文本数据必须要有2列，就是 source node 和 target node，其余的都是可选！！！
source | target |
YKR026C | YGL122C |
YGR218W | YGL097W |
YGL097W | YOR204W |
YLR249W | YPR080W |
YLR249W | YBR118W |
YLR293C | YGL097W |
导入文本的方式如下：
其实已经有了这两列信息，在R里面就可以自己画网络图了，或者在html网页里面写js来做。实在是没必要用cytoscape，这也就是为什么像我这样的大神，到现在才开始使用cytoscape的原因。即使用cytoscape生成了网络图，还需要进行一大堆的细节调整，很烦人的。
关于软件安装我就不多说了（第二讲再教这个软件安装），直接去官网下载即可，请务必下载3.x版本，我讲的是最新版教程！
本次讲解如何给cytoscape安装插件，cytoscape本身是一个平台，学者可以在上面开发各种各样功能的插件实现不同的分析需求，类似于R语言这个平台，人们在上面安装包一样。R里面如何安装包我博客讲了4次，基本上看完的人都会懂。而cytoscape不一样，它的插件安装非常简单！非常简单！非常简单！
你只需要去cytoscape的APP中心找到包，如果你打开了cytoscape的界面，那么网页就会有install的字样，非常显眼，点击就自动安装了，这个时候会安装到C:\Users\jimmy1314\CytoscapeConfiguration\3\apps\installed 这个目录！！（不同操作系统，路径不一样，明天讲解MAC的）
如果你这个时候并没有打开cytoscape的界面，那么网页就会有download的字样，也是非常显眼，点击就可以下载， 下载之后你需要自己把下载的jar文件放到cytoscape的安装路径，一般默认是 C:\Program Files\Cytoscape_v3.3.0\apps （不同操作系统，不同软件版本，路径有点区别）
最后，cytoscape提供了APP中心，就跟苹果手机安卓手机安卓软件一样，直接在cytoscape软件的菜单栏app中心就可以点击安装！
一般来说每一个插件都会对应的文章发表，而且一定在cytoscape的APP中心有展示，如果没有，可能是冒牌的哦！
比如下面的插件（后期，我们会一一介绍这些插件的用法，做成最齐全的教程）
http://apps.cytoscape.org/apps/cytonca
http://apps.cytoscape.org/apps/mcode
http://apps.cytoscape.org/apps/clueGO
http://apps.cytoscape.org/apps/bingo
http://apps.cytoscape.org/apps/cykeggparser
http://apps.cytoscape.org/apps/metdisease
http://apps.cytoscape.org/apps/disgenetapp
我要说的就是这么多了，我安装了十几个插件了，都没有什么问题，如果大家有遇到安装不了的，随时报告我，我来更新教程！
联系jmzeng1314@163.com
下面的链接选择性观看：
http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_3/UserManual
http://apps.cytoscape.org/
http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_User_Manual/Network_Formats
http://www.nature.com/nprot/journal/v2/n10/box/nprot.2007.324_BX1.html
http://www.cytoscape.org/download.php
如果你看不懂上面的图，也不会制作，那么你可能需要下面的学习班：