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生信故事会之一个中医学生的生信之旅

寥廓江天万里霜 生信技能树 2022-06-06






大家最近可能看我的生信五周年巡讲会有审美疲劳了:

现在我们换个口味,分享一个朋友的故事,希望大家能有所收获!

趁中间有点空写了这个放松一下,毕竟,24/27还要考试

最最开始接触到生信,还得从高中说起。高中和华大基因颇有渊源,有幸去过华大的冬令营,虽然只有两周,但是,印象倒是很深刻。(尤其是华大的饭堂真的太好吃了,好吃到我曾经真的很想留在那里工作呢,但是为什么每天都有一道菜有炒猪肝)后来高考填志愿,生物技术总是被亮红灯,又更想读医,还是跑去读医了。(但是又没读成西医,读成了中医)

大一神仙日子太无聊了,大二想着基础科目也读了点了,决定干点事情,去参加实验室。有幸遇到很厉害的指导老师,开启学生信的日子。

这么多年后悔的事情多了去了,在实验室里学生信我倒从未后悔过。(生信真的不好学,开始的时候真的困难)希望这篇东西,能给后来的师弟师妹一点点的帮助,就足够了。我当然看了很多书,走了很多很多弯路,所以,看看参考就好。

——寥廓江天万里霜



统计最重要


  • 卫生统计学-人民卫生出版社-中山医方积乾教授

  • 医学统计学(研究生教材)-人民卫生出版社

  • 临床流行病学-(研究生教材)-人民卫生出版社

  • 循证医学-(研究生教材)-人民卫生出版社

  • 高等数学-同济大学7版

  • 线性代数-高等教育出版社

  • 概率论与数理统计-高等教育出版社

曾经为不用读数学开心了很久,最后发现逃不掉,并且,阻止我把文献看懂的不是英语,是数学~
众所周知,B站是学习网站,每天打完饭边吃饭边看数学放松一下。
一直看医学很累的嘛,写点数学放松一下(会有很好的放松效果)

这个时候必须强力推荐群主巡讲PPT推荐的课程及书籍





计算机系列


电脑

首先,一台好用的电脑。为了做生信专门换了电脑。虽然它现在一年崩一次,我还是很爱它的。

电脑配置:(目测要个6000多)

国内联想,国外戴尔,除此之外都不好用(惠普真的不好用,据说华硕还行?也见过用苹果的)

屏幕:14/15.6(大屏幕舒服一点咯,打代码小屏幕很难受)

CPU:i5 /i7 /i9 (土豪随意,我的用的i5)

内存:8G以上

硬盘:1T(看你有没有服务器了,没有服务器的话可以买容量 大一点的,毕竟工作和日常同一台电脑,大一点好)

显卡:(我会打游戏。。。所以,用的游戏显卡)我工作没做完没复习玩是不会打游戏的

其他零零碎碎的东西:鼠标垫,笔记本支架(保护颈椎和手腕,疼起来也真的很疼,影响效率影响情绪

电脑就是对象,好好爱护它,摔脸我都无所谓,摔电脑不行!!

关于个人计算机配置,群主写过教程:个人计算机推荐


编程语言

1. R语言

包打天下的R语言,如果你发现某个东西R语言做不出来,那么要么没找对包,要么不会用(自从用R 习惯了之后,我把SPSS给删了)但是R的版本更新问题,真的很烦啊。

  • R语言初学指南--人民邮电出版社

  • R语言数据分析与挖掘实战-机械工业出版社

  • 基于R的统计分析与数据挖掘--中国人民大学出版社

  • 生信技能树的R语言课程:https://www.bilibili.com/video/av25643438?from=search&seid=14973704595406328635(初中高级作业做完)

外加经历无数的报错,大神们的经验帖,R包说明书等等,很明显,群主的10个小时R教学视频必须强推:

https://www.bilibili.com/video/av25643438

2. python

这个我没怎么学(据说有些同学觉得比R简单,我是感觉刚开始简单,后面深入了也不简单)

某些情况下python会被比R好用一点,也有资源:赠送120集IT工程师级别python视频教程

3. Perl

这个真没学过,但是号称生信三大语言之一,还是放上来,毕竟这个是群主是强项,虽然没有怎么继续看到他分享perl了。

4. Linux

Linux其实挺好玩的,可以玩很多很多东西,而且,病毒比Windows少

运维可以不看啦,直接看命令运用

Linux命令行与shell脚本编程大全--人民邮电出版社

生信技能树:https://www.bilibili.com/video/av28813815?from=search&seid=14973704595406328635(有作业的,做完它)

其实,最重要的是要自己亲手打代码,自己梳理一次会清晰很多。

土豪自己用服务器,有个1T电脑的好处就是可以装双系统(有风险,要谨慎,一不小心就翻车的)



生信


生信技能树系列: https://space.bilibili.com/338686099

各种文献:这两年真的看了不少文献,本来对英语文献有恐惧的,现在已经无所畏惧了(除了数学)

GENE XII 这本书挺棒的,价钱也很好看,不过是个搞生物的同学送的,谢谢他送的这本书(GENE X也可以)

  • 分子生物学与生物化学-人民卫生出版社

  • 医学细胞生物学/细胞生物学--前者我用的人民卫生出版社

  • 生物信息学---人民卫生出版社(这本书,在很长一段时间里,虐我虐的一塌糊涂。当时对生信一窍不通。但是也算是强行读完,虽然没读透,也算是给后来做了铺垫。很久很久之后,看到这本书都心情复杂)

  • 陈巍学基因:讲测序原理的,没事就看看,算是生信基础的东西

  • 医学遗传学/遗传学--前者用的人民卫生出版社

  • 谷歌/百度/简书/GitHub

最最重要的:写个课题,直接开做。做一遍就会了,纸上谈兵永远都不会的



其他(啰嗦一下,科研跳过)


大概就这么多吧,归类一下好像也不多的样子,但真真切切地过去了两年。两年里学了不少东西吧,虽然东学一点西学一点,广而不专。两年里不辛苦是不可能的,但是,自己喜欢的东西,怎么辛苦都乐意。而且,最辛苦的还真不是做生信搞科研本身,而是生活本身。

最最重要的必备条件:

  • 强大的身体(必要的时候熬夜通宵,极少数的时候了,感谢自己能一个小时跑八公里的身体)

  • 强大的意志力和抗挫折能力(报错是常态,做不出来也是常态,做出来了结果不好也是常态,结果好也不等于真的就能发文章,发文章也可能被拒稿大修,习惯就好,心态要好。)对着课题一直做不出来也是很有可能的,不如出去打球运动,暂时放下课题开心一下

  • 疯狂的热爱(人生太短,要做自己喜欢的事,唯有兴趣才能让自己备受打击的时候坚持住)

  • 足够的耐心(做课题付出一定远大于回报的,有时候看似山穷水尽,努力一下向天借三分运气可能就做出来了)运气真的很重要哦,谁知道你到处找资料的时候戳一个网站进去也许正好解决问题呢

  • 踏踏实实,仔仔细细做事,但也要有点野心,定个小目标吧:离开实验室之前,一篇SCI+一个中标的课题。后生可畏,焉知来者不如今?再次感谢指导老师和师兄师姐们,谢谢你们。


这两年里,也就做了一个数据挖掘和一个国家级的大创,还有很多零零碎碎的东西。是我能力有限,中间近乎废掉大半年。(各位多关心一下家人咯,做科研大后方一定要安稳,不然,很辛苦)

曾经被课题卡住的时候也很焦虑,整日整夜睡不着。后来,学会做不出来的时候,只想解决问题,已经没那么焦虑了。最后怀念一下以前可以睡7个小时而且不怎么生病的神仙日子。

要对自己的课题负责,别做了一半跑掉坑队友。靡不有初,终鲜有克。能做课题做了一半跑掉的,估计做其他事也很容易做一半放弃

感谢远在太平洋对岸读统计和表演的兄弟(对的,统计专业+表演专业)在被数学困的山穷水尽的时候,发给了我美国版的数学教材。国外的教材真详细,适合自学。

感谢生信技能树,祝技能树团队越来越好,早日成为上市公司。

最后谢谢家里人的全力支持!

我罗嗦完了,距离考研还有214天,溜了溜了,复习期末考去了。(祝我上岸好吗 = =)

后记

看到后面的大段致谢,我以为是作者要毕业了,结果~~~

哈哈,我们的生信故事会其实很早以前就开始了:

当然,也欢迎你的投稿,相信十万粉丝肯定会有不少让人感动的故事!

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