生信故事会之菜鸟跑半年

大家最近可能看我的生信五周年巡讲会有审美疲劳了！

现在我们换个口味，分享一个朋友的故事，希望大家能有所收获！

生信故事会之一个中医学生的生信之旅 （昨日精彩故事）

今年2月份在导师岑洪老师的邀请下，生信技能树团队来到美丽的广西南宁，我们有幸跟随健明老师及其团队：孙小洁，慧美老师进行R语言学习。2天封闭式强化学习，从早到晚的课程满满当当，只挤出吃饭喝水的时间，满满的干货，让我们一群生信小白，完成了生信学习的入门，对生信的理解如醍醐灌顶，真真体会了一句话：“高手一指点抵菜鸟跑半年”。

在课程学习结束之后，生物技能树团队老师们，一直督促并指导我们学习，在生信学习的道路上为我们一群菜鸟保驾护航，提供给我们学习资源，鼓励我们的记录学习心得，现在的自己从一个完全不懂的小白变成能做一些分析的初级小白，对生信R语言的学习也有了一些小小的心得分享给大家。

一．认识R语言：R语言是什么

初学者对于R语言的概念理解可能像看天书一样困难，但其实我们简单来理解，R语言其实可以简单理解为一个大型的数据计算处理器，通过编程写代码实现各种目的，输入你书写或者现有的代码，软件就会运行帮你完成之后输出你想要的结果（可以理解为你通过代码命令这个软件做什么事情。这个过程有点类似你妈妈让你去买盐（代码：命令），她给你钱（文件：数据），你去了（R语言执行操作），然后回来给她一包盐（输出你想要的分析结果或者图形））。

二. 认识R语言：R语言的两大基础

我们把R语言作为数据计算处理器理解后，设想当我们进行一个数据计算时需要输入什么：

① 我们需要计算的数据（等同于R语言中数据的概念，这个数据可以来源于我们实验的原始数据，读取原始数据进入R语言的过程其实就是我们输入计算数据的过程）

② 我们需要对这个数据进行的计算方法（等同于R语言中函数的概念，多数情况下是多个函数组合，R包可以理解为多个函数组合成的一个固定的计算方法)

当我们在R语言中输入数据（需要计算的数据）及函数（数据的处理方法）后，计算机会输出一个结果，这就是我们要达到的目的。

所以初学者对R语言理解的两大基础为理解数据和理解函数

理解数据

数据的类型，数据组合后赋值给向量，向量的类型（见下图）

理解函数：

1. 常见函数的意义：

（此处学习技巧是：对于初学者来说，常见函数往往不记得其功能，找的时候也很难找，建议自己列一个常见函数合集，备注好功能，以后随手取用）

getwd()#找寻当前运行默认文件夹

setwd("../")#更改当前运行默认文件夹

#光标在/后按住tab出来上一级文件夹，只有英文的能识别，选好后运行

typeoff()#判断数据类型的的函数

length()#长度

dev.off()#关闭画板；dev.new()#打开画板：通常不出图时可以用这个

dim()#查看维度

class（）#查看数据类型

head()#查看数据头几行

.libPaths()#查看R包安装的位置

apply(exprSet,1,sum(x>1)>5)#对数据中每一行进行一个什么运算，1代表行，

2.理解为特殊的函数：R包

R包可以理解为多个函数组合成的一个固定的计算方法，大神编辑的各种R包可以理解为自己编辑的R语言程序，我们就不用编辑可以直接安装后拿来用，但是每次都要加载

（此处初学者小知识：初学者使用R包时很容易出现错误，出现错误时主要找以下几个原因：1.R包没有安装2.R包没有加载3.R包名字拼写错误4.安装源安装方法错误，试一试其他的方法5.我们很容易把函数误以为是R包，结果无法下载下来，用？？函数名查看函数，可以显示其位于哪个R包，再下载相应的R包）

常见的R包：

1. tidyr包的三个重要函数：gather（聚合），spread（扩展），separate（分离）的用法和举例，（对于方差分析等统计学手段处理数据时，整理数据很有用）

2. dplyr的几大重要函数：（主要是对数据进行排序，分类，整合，连接等）

3. stringr：主要是对字符串进行处理

4. loop：主要目的为实现循环，for等，which等，自动多次运算，算完结果

5. apply：用于处理矩阵或数据框，可直接对之中数据选择进行处理

三：实际开始操作R语言：输入数据输入命令进行处理

输入数据：对于已经存在的文件数据，要处理时要打开进入R语言里面读取导入文件，打开文件类型格式不同，具体的代码不同，但是原理差不多，详细可见简书一文：《初学者R语言：外部数据导入》

（此处初学者小知识：打开文件要注意的一点就是一定要把文件放在默认文件夹中，不然R语言找不到，还有文件名不能错!）

输入命令：输入代码或者现有R包

（此处初学者小知识：当我们要需要达成一个目的，输入一个命令时候，我们有时候不知道命令的具体R包或者代码是什么，我们可以去百度谷歌可能的R包或者GITHub里面去找别人写好的代码）

（此处初学者小知识2：你找到R包之后不会用，或者找到代码后不理解里面的函数怎么办，输入？R包名字，则可以出来R包的详细解释，用？？函数名查看函数详细的解释）

四：根据R语言个性化达到你要的目的：做分析/数据挖掘或者图表等等

R语言分析作图，为更加复杂的代码，但基础原理是一样的，只要查找到相应代码，按照代码格式修改你源文件，直接运行就可以得到结果

R语言数据挖掘：详见如下简书文章

• 《怎么实现ID转换》

• 《R语言GEO数据挖掘：步骤三：进行基因差异分析》

• 《R语言GEO数据挖掘：步骤四：富集分析KEGG,GO》

R语言分析方法：详见如下简书文章

• 《用R语言分析：RNAseq表达矩阵样本的差异性》

• 《用R语言分析：表达矩阵样本的相关性及可视化》

• 《用R语言进行差异化分析：可自定义选取指定数据分别进行分析》

• 《用R语言进行相关性分析：画出散点图、拟合线及标注相关系数和P值》

• 《利用R语言分析基因表达量和临床特征之间的关系》

• 《利用R语言分析基因表达量和预后的关系》

•  R语言作图方法：详见如下简书文章

• 《初学者R语言：热图基础画法及个性化调整详解》

（此处初学者小知识：R语言学习中，与别人的交流相当重要，多和别人交流你可以发现自己的很多问题迎刃而解，而且当了解学习到一个东西了之后，一定要把这个学习心得和步骤记录下来！！像这样写成文，一来你的理解更为透彻，二来不容易忘记，就算忘记了还能随时翻出来）

此文算是这几个月学习的一个总结，能从一个菜鸟到现在入门，非常感谢jimmy的生信技能树团队！感谢导师岑洪老师！感谢健明、孙小洁，慧美等生信技能树团队的老师！谢谢老师们一路以来的指导和鼓励！

后记

哈哈，我们的生信故事会其实很早以前就开始了：

当然，也欢迎你的投稿，相信十万粉丝肯定会有不少让人感动的故事！