蛋白质组学第7期 复现文章数据- 预处理之Perseus 的使用

上个月我们公布了，蛋白质组学习小组起飞啦！  短短几天就获得了几百小伙伴的支持，让我们也更有信心的带领大家掌握一个蛋白质组学数据处理的实战，前面我们分享的是：

目录

一. Perseus二. 文章描述三.Perseus 下载四 .数据预处理1.所用数据2 .打开软件页面3. 上传数据 点击左上角的绿色箭头4.选择文件5. 预处理1）数据过滤过滤污染蛋白过虑unique peptide >1搜库时加了反库，可以过滤掉反库，本章没有提到2）数据转换：Basic-> transform3）缺失值替换五 .本期作业

一. Perseus

作为MaxQuant的后续分析工具

丰富的可视化功能与统计分析功能

–聚类分析

–差异蛋白筛选

–时序数据分析

–网络分析

二. 文章描述

大家从第七期的流程中获得了Maxquant 输出的结果，接下来进行数据分析。

文章数据预处理流程

1. 去除污染和unique peptide = 1的数据（Contaminants and protein groups identified by a single peptide were filtered from the data set. ）

2. 取 LFQ intensity 的 log2 进行归一化。（ProteingroupLFQintensitieswerelog2 transformed to reduce the effect of outliers）

3. 补充缺失值：缺失值被认为低于MS检测限的低丰度蛋白质，被认为“不是随机缺失的”。为了模拟低丰度LFQ值，用中值以下高斯分布中的随机值代替缺失值

三.Perseus 下载

网址https://www.maxquant.org/perseus/

四 .数据预处理

这次教程我们先针对 OVCA429 细胞的输出数据进行预处理.。结果数据放在微云链接，大家自行下载。

1.所用数据

2 .打开软件页面

3. 上传数据 

点击左上角的绿色箭头

4.选择文件

选择要用的列

5. 预处理

1）数据过滤

过滤污染蛋白

过虑unique peptide >1

搜库时加了反库，可以过滤掉反库，本章没有提到

2）数据转换

Basic-> transform

3）缺失值替换

五 .本期作业

把OVISE 细胞的6个文件输出的 proteinGroup 数据按照上面方法进行预处理。数据放在微云连接。大家自行下载，不用再次跑Maxquant搜库。

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