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清华大学鲁志实验室内部生物信息学培训教材

生信技能树 生信技能树 2022-08-10

咱们《生信技能树》的学徒兴冲冲的发给我了一份学习资料,希望我推荐给大家。我浏览了一下,确实不错,值得广而告之。

Bioinformatics Tutorial - Basic

  • https://lulab2.gitbook.io/teaching/

生物信息学实践教程 - 基础篇 (2020版),内容目录如下:

 

授课的配套PPT都是共享在清华大学校园网盘:

  • Bioinfo 2020
  • Bioinfo 2019
  • Bioinfo 2018

我看了看,确实可以下载,无法打包全部下载,只能是一个个下载。

2020课件

可能是因为PPT都有点大吧?

2018年课件

Bioinformatics Tutorial - Advanced

生物信息学实践教程 - 进阶篇 (2019版)

  • https://lulab1.gitbook.io/training/

目录如下:

 

与我们《生信技能树》马拉松课程类似

都是注重编程基础;

再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过,我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理

把R的知识点路线图搞定,如下:

  • 了解常量和变量概念
  • 加减乘除等运算(计算器)
  • 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
  • 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)
  • 文件读取和写出
  • 简单统计可视化
  • 无限量函数学习

Linux的6个阶段也跨越过去 ,一般来说,每个阶段都需要至少一天以上的学习:

  • 第1阶段:把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅,主要目的就是去可视化,熟悉黑白命令行界面,可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。
  • 第2阶段:做到文本文件的表格化处理,类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余,查找,切割,替换,合并,补齐,熟练掌握awk,sed,grep这文本处理的三驾马车。
  • 第3阶段:元字符,通配符及shell中的各种扩展,从此linux操作不再神秘!
  • 第4阶段:高级目录管理:软硬链接,绝对路径和相对路径,环境变量。
  • 第5阶段:任务提交及批处理,脚本编写解放你的双手。
  • 第6阶段:软件安装及conda管理,让linux系统实用性放飞自我。

而且涉及多个组学课程:

B站免费NGS数据处理视频课程,目前,已经组建了微信交流群的有下面这些:

 

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