RNA测序分析，哪家公司适合我
先说结论：
差异基因筛选，选提供read count的
基因表达丰度，选提供read count或TPM的
定制化分析，选分析团队发表文章是本领域的
既做RNA-seq，又做ChIP-seq，选ChIP实验强的
手里一大堆测序公司的RNA-seq宣传册
都有各种fancy的图
都有质检、差异表达基因筛选
都有heatmap、GO、KEGG、富集分析、network
又不能拿标准分析报告里的图直接放文章里
选哪家有区别吗？
现在各家测序质量都很好
找个价格最低的？
销售小哥最帅，最nice的？
拜托，又不是在找对象，也不是在选老板
老板今天说要看差异表达基因
明天要检测表达丰度高的lncRNA
后天又要找哪种组织类型里某个基因的表达丰度最高
还要看lncRNA跟SNP，disease的关系
老板说从公司给的基因表达值列表入手，上面这些分析不用编程就能做。
老铁，没说错！
基因表达值是成功的关键！
另外，需要run代码才能做的分析、能用在文章里图交给谁来做呢？
差异表达基因筛选
公司甲给的是RPKM/FPKM
RPKM/FPKM丢失了原始信息，且没有实际的生物学意义，逐渐被学术界淘汰。
公司乙给的是read count
对比众多RNA-seq分析工具，用read count配合DESeq2或edgeR找差异表达基因，跟qPCR实验结果最相符。
知道啦！要选给read count的。
基因表达量（丰度）
某个样品里，哪个基因表达丰度高？
某个基因，在哪种组织类型里的表达丰度高？
read count、RPKM都不行，要用TPM
用read count可以算出TPM
用RPKM/FPKM换算成TPM、还原成read count会失真！
知道啦！谁提供read count或TPM选哪家
最好是read count、TPM都给我
要看lncRNA跟SNP，disease的关系，小丫之前写过技术贴：
你的lncRNA是否因SNP而发挥了不同的作用？导致预后的不同
怎样批量查看lncRNA跟疾病的关系
整合分析
跟已发表的文章里的某套RNA-seq数据一起比较分析
RNA-seq跟已发表的ChIP-seq整合分析
RNA-seq跟Exome-seq整合分析
RNA-seq跟DNA甲基化测序整合分析
这属于传说中的定制化分析
定制化分析怎么选？
要看哪家公司团队有这方面的人才
客户发表的文章里不一定有多少是测序公司做的，不好判断。
要看数据分析团队成员进公司之前发表的文章，公司网站上都有。
知道啦！哪家公司数据分析人员发表的文章是我领域内的，就选哪家。
整合分析之ChIP-seq
既要做RNA-seq，又要做ChIP-seq，然后整合分析
哪家公司能做好ChIP实验就选哪家
知道啦！选嘉因生物嘛！