ChIP-seq策略视频 | 由MACS作者张勇亲自讲述

做ChIP-seq数据分析的都知道MACS，作者Yong Zhang，Tao Liu et. al.。生信领域同一年毕业了四位叫Yong Zhang的博士，此Yong是哪一位？在生信入门路 | 生物/医学人的生信启蒙一文中，扒出了MACS作者的本科毕业院校和专业，现在是同济大学教授。据说有人追星追到同济去了，已经不需要小丫来扒。那我们就来听Yong扒一扒ChIP的发展史和分析策略，以及他近几年的研究工作。

Yong开场说：生物信息是深度分析，什么不是深度分析呢？这次讲的都不是深度分析，这次讲的是常规的数据分析，常规的数据分析是做表观遗传的都该掌握的。

（做表观的都来认真听讲；假装做生信的假装没听见）

ChIP-seq数据分析不像RNA-seq那样照着pipeline就能做，Yong的常用词tricky，最适合形容ChIP-seq。在这个视频中，Yong对ChIP-seq实验设计和数据分析中的tricky问题做了详细解答：

1. ChIP实验需要做重复吗？

需要3次生物学重复，多了更好。像这种比较难做的实验，不是做3次实验，而是要做到3个好的为止。

2. 测多深？

测多深都不够，总有新发现。

推荐转录因子或H3K4me3这种比较窄峰的Factor测>20M；

像H3K27me3这种broad峰需要测多些~40M，H3K9me3这种测60-70M。

3. 需要做对照吗？

必须做。

4. 怎样评价抗体？什么样的数据代表ChIP实验是成功的？

有一系列质控（QC）评价指标：

1. 在IGV里看原始read分布、查看已知位点；

2. FRiP，评价抗体效率；

3. Cross-correlation，适用于TF；

4. 重复实验的一致性IDR；

5. motif跟factor的match程度如何；

6. sequence conservation，有功能的区域通常更保守。

5. 怎样找两个样品的差异？

ChIP-seq两组样品之间总会有一些peak处于阈值附近。

应该这样做：Call peak时，两组样品的cutoff有松有紧。A松B紧，找出的差异peak才是B special；反之，A紧B松，找出的差异peak是A special。

推荐定性分析差异peak。如果要定量分析，改进的实验方法iChIP更适合。

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下面转载视频

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表观遗传系列视频15 | 同济大学张勇：ChIP-seq及DNA甲基化分析策略（附PPT）

原创 2017-09-06 Epiview 

 去年 8 月，「表观基因组学暑期国际讲习班」于复旦大学召开。大会邀请了国内外表观基因组学顶尖的学者，为学员们分享表观基因组学的最新进展。讲习班持续 10 天，积累了大量的视频教学资源，经过漫长整理，系列视频终于跟大家见面了。

今天分享第 15 期视频。其他系列视频将陆续发布，敬请持续关注。

主讲人简介：

张勇博士，2001 年毕业于北京大学地球物理系，获学士学位。2006 年毕业于中国科学院生物物理研究所，获得博士学位。2006-2009 年，在美国哈佛大学和 Dana-Farber 癌症研究所从事博士后研究。自 2009 年起被聘为同济大学生命科学与技术学院教授。

主持多项基金委、科技部和上海市科研项目。在国内外学术期刊上发表论文六十余篇，文章总计被引用超过 5500 次，其中作为通讯作者在 Nature, Genome Research, Genome Biology, Cell Research, Nature Protocols, Nucleic Acids Research, Bioinformatics 等期刊发表论文 20 余篇。先后获得上海市科技启明星计划（2009年）、教育部新世纪优秀人才支持计划（2011年）、上海市科技“启明星”计划（跟踪）（2013年）、国家自然科学基金委优秀青年科学基金项目（2013年）、中组部“青年拔尖人才”（2015年）、中国干细胞学会“干细胞青年研究员奖”（2016年）、上海市优秀学科带头人（2017年）。目前担任 Genome Biology 期刊编辑委员会成员、中国细胞生物学学会功能基因组学与系统生物学分会委员、中国遗传学会青年委员会委员、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员、中国细胞生物学学会染色质生物学分会委员。

研究方向：针对高通量生物学数据，以发展生物信息学方法为核心，从核小体定位、组蛋白修饰、DNA甲基化等不同表观遗传层面，研究胚胎发育及干细胞分化中的表观遗传预编程机制。主要研究成果可以归纳成为三个方面：开发了包括 MACS 方法（被引用超过2300次）在内的一系列高通量生物学数据分析方法；揭示了脊椎动物在胚胎发育早期的表观遗传组建立过程及其与基因转录激活的关联；揭示了胚胎干细胞的表观遗传调控新机制。

演讲主题：ChIP-seq 及 DNA 甲基化分析策略

• 基因剪接的生物学意义与检测 ChIP-seq 常用分析策略及问题分析

• ChIP-seq 分析优化及标准化

• 全基因组 DNA 甲基化分析策略及问题解析

https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=j0540lwne0r&width=500&height=375&auto=0
▲ ChIP-seq 及 DNA 甲基化分析策略（2h 33min）

PPT 获取：在后台回复“ZY”，即可获得本讲PPT下载链接。

特别声明：本系列视频版权归复旦大学表观基因组学暑期国际讲习班组委会所有，不得用于任何商业用途。

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招聘启事

张勇老师正在招博后，dry lab和wet lab各两名，年薪>20万。点击左下角“阅读原文”直达招聘页面。

张勇课题组拟招聘博士后四名：其中生物信息方向博士后两名，课题是单细胞组学分析方法发展、早期胚胎发育中表观遗传信息的动态调控机制研究；分子生物学实验方向博士后两名，课题是在单细胞层面解析胚胎干细胞分化早期异质性建立和演进机制。应聘条件如下：

1、近期获得下列领域之一的博士学位：生物、物理、统计/数学、计算机；分子生物学实验方向的申请者应具有分子生物学、细胞生物学等相关研究背景；

2、对生命科学研究有浓厚的兴趣；

3、具有较好的英文读写能力，能够独立开展科研工作；

4、做事认真踏实，责任心强，有良好的与人相处和沟通的能力及团队合作精神；

5、国际学术刊物上发表过相关论文者优先考虑。

课题组将提供宽松的科研环境和理想的工作条件，全职博士后年薪不低于20万元。

博士后申请人请将简历电子版发至：[e-mail]，邮件标题注明“应聘博士后”。本招聘启事长期有效。

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