《哪个蛋白调控这个lncRNA？| 基于CLIP/RIP/RBNS公共数据研究转录后调控》介绍了ENCODE产生的大量eCLIP-seq数据。

“手上掌握了这么多RNA-蛋白质结合数据，怎么用？”

除了上面提到的找哪个蛋白调控感兴趣的RNA以外，还能挖掘出哪些生物学特征？

ENCODE数据

应用案例

UCLA的Xinshu (Grace) Xiao, Ph.D.用ENCODE的RNA-seq找出622个GMAS （影响可变剪切的内含子SNV标签），又用ENCODE的eCLIP-seq数据阐释了GMAS的调控机理。

文章还没出来，听报告先睹为快。她在ENCODE·2016会议上的报告视频：

https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=r0549djdf31&width=500&height=375&auto=0

截图出自ppt，如果需要ppt文件，联系嘉因表观小助手，加微信ID：epigenomics，或长按下图，识别二维码

DNA序列的改变可能导致：本来应该结合的剪切因子无法结合

下面是研究RNA剪切加工的理想实验设计：

• 细胞核里带PolyA的RNA；

• 细胞质里带PolyA的RNA；

• 细胞核里不带PolyA的RNA；

• 细胞质里不带PolyA的RNA；

这些统统分开测

这样测得的RNA-seq数据，能明显看到intron被剪掉的过程。

从中鉴定出iGMAS：影响可变剪切的内含子SNV标签

貌似GMAS广泛存在于各种细胞类型，那么这种内含子上的变异有什么影响呢？

先预测，认为以下剪切因子可能结合这些GMAS位点。

再用ENCODE的eCLIP-seq数据验证：

期待paper的发表。希望这个案例能给您的课题带来启示。

视频来源：YouTube

ppt来源：ENCODE

编译：小哈

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XIAO LAB：

https://www.ibp.ucla.edu/research/xiao/Home.html

致力于研究RNA加工过程的调控，据UCLA的博士说他们组做的不错哦！正在招博士后和研究生，干实验、湿实验都需要。

RNA的转录后调控【研究思路】：

ENCODE相关视频：

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